PDB-6ytm: Human Brd2(BD2) L383V mutant in complex with ET-JQ1-OMe

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ytm

タイトル

Human Brd2(BD2) L383V mutant in complex with ET-JQ1-OMe

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / Epigenetics / Bump and Hole / Brd2 / second bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / histone H3K14ac reader activity / chromatin looping / histone H4K5ac reader activity / RUNX3 regulates p14-ARF / histone H4K12ac reader activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / nucleosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Bond, A.G. / Ciulli, A. / Cowan, A.D.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Stereoselective synthesis of allele-specific BET inhibitors.
著者: Bond, A.G. / Testa, A. / Ciulli, A.

履歴

登録	2020年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / software / Item: _software.name
改定 1.2	2020年10月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2023年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ytm.cif.gz	135.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ytm.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ytm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6ytm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6ytm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o3dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1a5q-d 4j6a-d 5ueu-1 4s0q-1 4rte-d 5ek9-1 4j67-d 4uyg-3 2apq-d 5o3g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

B: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	34.050, 50.530, 130.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13361.383 Da / 分子数: 2 / 変異: L383V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-PMW / methyl (2R)-2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]butanoate 分子量: 442.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃ClN₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PXN / (2S)-1-[3-{[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}-2,2-bis({[(2R)-2-hydroxypropyl]oxy}methyl)propoxy]propan-2-ol / PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH) 分子量: 368.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₆O₈
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.75 詳細: 0.1 M Tris pH 8.75, 55% pentaerythiol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→65.24 Å / Num. obs: 32946 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 405808 / Scaling rejects: 2547

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.56-1.64	11.1	1.489	51526	4662	0.63	0.463	1.563	3.1	98
4.92-65.24	10.4	0.076	12563	1209	0.997	0.024	0.08	29.7	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5O3D

5o3d

解像度: 1.56→47.12 Å / SU ML: 0.1467 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4285
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	1608	4.9 %
R_work	0.1727	31239	-
obs	0.1743	32847	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→47.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1799	0	76	186	2061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	1982
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8879	2681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0499	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.8029	739

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.61	0.3005	140	0.2659	2748	X-RAY DIFFRACTION	97.14
1.61-1.66	0.2683	136	0.2121	2755	X-RAY DIFFRACTION	98.03
1.66-1.73	0.2313	133	0.2	2789	X-RAY DIFFRACTION	97.53
1.73-1.81	0.2553	133	0.1811	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.16
1.81-1.9	0.2008	139	0.1742	2801	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.9-2.02	0.2426	151	0.1725	2823	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.02-2.18	0.1826	158	0.1549	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.18-2.4	0.1762	154	0.1638	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.4-2.75	0.1883	149	0.1726	2873	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.75-3.46	0.2052	155	0.1716	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.46-47.12	0.1895	160	0.1625	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.96765420032	1.27516961046	2.29493270505	8.82404265847	1.15312958666	4.23514216786	0.0898262384654	-0.768213096304	0.235152782465	0.263625688196	-0.243079512836	-0.335831295385	-0.313880923254	0.471033477661	0.0920517040995	0.135933277993	-0.0304432593388	-0.00871490517339	0.281826968446	-0.0429733979909	0.126640195025	15.4366623386	3.42425402819	-1.87231052974
2	4.05118976868	-0.0675388122002	-2.23666095213	4.34034376603	3.25775932776	8.87651481112	-0.100448030455	-0.425829643191	-0.218099451784	0.192364368514	0.0725190267507	0.151478414462	0.253984400181	-0.0709765892388	0.0461539047287	0.0813980279308	-0.00957990970829	-0.00388669615565	0.134791093736	0.0592684577199	0.109917912597	5.16848038083	-10.6537091337	-5.80303017787
3	4.28908552538	-0.0308723431892	1.02730862418	5.37616850574	1.42611984545	6.53977730949	0.0715010348793	0.268564688057	-0.307394490149	-0.232018082359	-0.0841351150822	-0.163387643758	0.411118867028	0.0648320071145	0.0182526477253	0.145307068316	0.00406151834696	0.0381765992686	0.132177354347	-0.0293466227111	0.131522547908	11.7407694555	-15.7083180147	-21.6728519707
4	7.39754121121	4.87134048578	5.581172728	3.762764413	3.73932570366	8.33806939103	0.252313231501	-0.456519652287	-0.0814645819424	0.0732302177588	-0.175161830119	-0.502385973008	0.0723750572293	0.318761673396	-0.105678200235	0.0740006187512	0.00727344010216	0.00175613978983	0.177307420089	0.0130926293666	0.153348276557	18.4600032078	-6.81926834136	-6.46653519321
5	5.27162793603	1.61477634458	2.48429130072	2.7975804706	1.27315285541	3.52285637808	0.047680353856	-0.0534823302481	-0.0789623270932	-0.0877904516988	0.00462247112517	-0.156584221921	-0.0390563458662	0.0207839244514	-0.0349326883884	0.057540597963	0.0136157075956	0.0305312714004	0.0761351294558	-8.17224953322E-5	0.0756805700172	11.7364221988	-3.50922903155	-15.6365242908
6	5.39940537315	2.37640775871	1.96365687733	3.40294118185	3.25650807111	5.21243179671	0.0248735956956	-0.111629764349	0.176441342278	-0.0302220211399	0.0221673567484	-0.0583799285347	-0.175148820696	-0.0573568858871	-0.00294404830381	0.0750692171162	0.0141296567075	0.0089052557341	0.120783144546	0.00367138179442	0.0795997917908	3.85318156176	1.49425850261	-10.1097372114
7	5.49111704483	-1.78316720254	-2.51574708951	2.60506461664	2.07098244575	4.11843503892	-0.089340577679	0.74440806399	0.0448088924162	-0.562192484718	0.0460200311537	-0.411519703085	0.187145772916	0.155464996389	0.0144450246932	0.330139861481	0.0428623630439	0.017737973468	0.290626826697	-0.0123209801645	0.188826308309	3.99594551655	5.39511957261	-33.0481536789
8	4.76587218609	1.6230012903	1.56413533063	3.96044609023	1.42282224971	5.31979707423	0.0651752208128	-0.0007240440072	0.304198615105	-0.253844781283	-0.120617004508	0.197860254961	-0.455697219829	-0.230230006927	0.0938524702675	0.177623687315	0.0663449353851	-0.00168588472357	0.147477879314	0.00696389616086	0.126896014214	-5.81492480693	17.4379078103	-19.9528389687
9	5.50806333138	0.0057793886145	-1.00739260287	1.76371775002	-1.59866681019	4.23689557052	0.182366397469	0.258919610249	0.349829051251	-0.53865073044	-0.0669862949219	-0.217126024554	-0.58537817102	0.19352130386	-0.0176228074812	0.311173866037	-0.00768808103947	0.0627214366333	0.0960865971975	0.0265830591574	0.177028123518	5.38205622623	19.3887980018	-22.0479754473
10	6.43507997376	4.91837223929	-3.34246136962	5.18884268666	-1.50269860368	8.94633598393	-0.206027876391	0.283842958073	-0.0624275845324	-0.306769218641	-0.124135547526	-0.771553329799	-0.825180466289	0.795595486167	0.282140432948	0.459454325538	0.0234801420609	0.221108286639	0.396938045414	0.140383130547	0.325979685517	13.6772124195	13.5694609839	-32.7195173986
11	4.78816382377	-2.70460871944	-2.72861054018	4.79699083367	3.36513332894	7.47250498251	0.194091787501	0.00024157889975	0.203073473184	-0.0732929049993	-0.0891022001096	-0.0562932309122	-0.230849723497	-0.150024223216	-0.0996523005092	0.140253075519	-0.0382000003872	0.0035053223225	0.0648774537608	0.00504910689268	0.106602203178	4.18033103753	11.7693456843	-15.6515623367
12	6.1456565518	-3.72892982	-3.90926687733	8.05544746311	4.65700991554	6.83458478895	0.200349398477	0.0673711929191	-0.0390684697227	-0.279091606815	-0.151469641434	0.0250932313813	0.0015389070641	-0.144313520363	-0.0288620476984	0.0847980605863	-0.018773378998	-0.0292463622838	0.0853056310865	0.0133296039987	0.0585796277476	-0.47917529064	3.6272228281	-20.1005748562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 345 through 360 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 361 through 377 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 378 through 395 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 396 through 404 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 405 through 433 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 434 through 454 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 347 through 360 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 361 through 385 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 386 through 404 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 405 through 410 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 411 through 433 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 434 through 454 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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