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- PDB-6yoj: FOCAL ADHESION KINASE CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH 6-[4-(3-Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yoj
タイトルFOCAL ADHESION KINASE CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH 6-[4-(3-Methanesulfonyl-benzylamino)-5-trifluoromethyl-pyrimidin-2-ylamino]-3,4-dihydro-1H-quinolin-2-one
要素Focal adhesion kinase 1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN TYROSINE KINASE / ATP BINDING / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / JUN kinase binding / signal complex assembly / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of macrophage proliferation ...netrin-activated signaling pathway / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / JUN kinase binding / signal complex assembly / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of macrophage proliferation / DCC mediated attractive signaling / growth hormone receptor signaling pathway / Signal regulatory protein family interactions / regulation of osteoblast differentiation / MET activates PTK2 signaling / regulation of focal adhesion assembly / establishment of cell polarity / positive regulation of wound healing / regulation of GTPase activity / negative regulation of cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of epithelial cell migration / regulation of cytoskeleton organization / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of cell adhesion mediated by integrin / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of anoikis / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase activity / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of cell adhesion / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / stress fiber / EPHB-mediated forward signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / Integrin signaling / SH2 domain binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ciliary basal body / protein tyrosine phosphatase activity / molecular function activator activity / axon guidance / integrin-mediated signaling pathway / cell motility / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-specific protein-tyrosine kinase / regulation of protein phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / placenta development / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / cell migration / actin binding / regulation of cell population proliferation / regulation of cell shape / cell cortex / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / protein autophosphorylation / Extra-nuclear estrogen signaling / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain ...Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P4N / Focal adhesion kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.361 Å
データ登録者Musil, D. / Heinrich, T.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Structure-kinetic relationship reveals the mechanism of selectivity of FAK inhibitors over PYK2.
著者: Berger, B.T. / Amaral, M. / Kokh, D.B. / Nunes-Alves, A. / Musil, D. / Heinrich, T. / Schroder, M. / Neil, R. / Wang, J. / Navratilova, I. / Bomke, J. / Elkins, J.M. / Muller, S. / Frech, M. ...著者: Berger, B.T. / Amaral, M. / Kokh, D.B. / Nunes-Alves, A. / Musil, D. / Heinrich, T. / Schroder, M. / Neil, R. / Wang, J. / Navratilova, I. / Bomke, J. / Elkins, J.M. / Muller, S. / Frech, M. / Wade, R.C. / Knapp, S.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Focal adhesion kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7962
ポリマ－32,3041
非ポリマー4911
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.525, 48.396, 129.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Focal adhesion kinase 1 / FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit ...FADK 1 / Focal adhesion kinase-related nonkinase / FRNK / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 71 / PPP1R71 / Protein-tyrosine kinase 2 / p125FAK / pp125FAK


分子量: 32304.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK2, FAK, FAK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q05397, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-P4N / 6-[[4-[(3-methylsulfonylphenyl)methylamino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino]-3,4-dihydro-1~{H}-quinolin-2-one / PF-573228


分子量: 491.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20F3N5O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M TRIS, pH 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.361→45.33 Å / Num. obs: 360917 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 13.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.361→1.442 Å / Num. unique obs: 2385 / CC1/2: 0.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.11.7 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GU6

4gu6


解像度: 1.361→45.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.067
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1984 2435 5.1 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
obs0.1719 47762 89.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 58.51 Å2 / Biso mean: 16.96 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7258 Å20 Å20 Å2
2--0.0112 Å20 Å2
3----0.737 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.361→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2081 0 34 365 2480
Biso mean--10.03 28.54 -
残基数----259
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d835SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes401HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2316HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion291SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2690SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2316HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3164HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.69
LS精密化 シェル解像度: 1.361→1.41 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 46 4.81 %
Rwork0.2492 910 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.8878 Å / Origin y: -1.0604 Å / Origin z: 16.4463 Å
111213212223313233
T-0.0125 Å20.0008 Å2-0.0003 Å2--0.0117 Å2-0.0006 Å2---0.0234 Å2
L0.1958 °20.1957 °2-0.2082 °2-0.6903 °2-0.4746 °2--0.6013 °2
S0.0068 Å °-0.0096 Å °-0.0118 Å °0.0228 Å °-0.0468 Å °-0.0162 Å °0.0148 Å °0.0426 Å °0.04 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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