PDB-6ykz: Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_234

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ykz

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 with compound DHU_DC1_234

要素

YTHDC1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / m6A / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Huang, D. / Wiedmer, L. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem Rep / 年: 2022
タイトル: Structure-based design of ligands of the m6A-RNA reader YTHDC1
著者: Li, Y. / Bedi, R.K. / Nai, F. / von Roten, V. / Dolbois, A. / Zalesak, F. / Nachawati, R. / Huang, D. / Caflisch, A.

履歴

登録	2020年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ykz.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ykz.ent.gz	73.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ykz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ykz_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ykz_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6ykz_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	6ykz_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/6ykz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/6ykz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ykeC 6ykiC 6ykjC 6yl8C 6yl9C 6yniC 6ynjC 6ynkC 6ynlC 6ynmC 6ynpC 6yoqC 7p87C 7p88C 7p8aC 7p8bC 7p8fC 7pj7C 7pj8C 7pj9C 7pjaC 7pjbC 7pjpC 7pjqC 4r3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t01-1 6szn-1 6ym2-1 6t09-1 6zd8-1 6zcn-1 6sz7-1 6yl8-1 6t0x-1 6ym7-1 6ynp-1 6ynk-2 6yl0-1 6t0z-1 6yke-2 6we8-2 6zda-2 6ym8-1 6t01-2 6yoq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTHDC1

B: YTHDC1

ヘテロ分子

43 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTHDC1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.750, 103.610, 42.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.943, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTHDC1 分子量: 20967.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-OW8 / ~{N}-methyl-1,4,5,6-tetrahydrocyclopenta[c]pyrazole-3-carboxamide 分子量: 165.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.43 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M bis-tris, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→40.7 Å / Num. obs: 101149 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.31 % / B_iso Wilson estimate: 12.62 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.14
反射シェル	解像度: 1.2→1.27 Å / Num. unique obs: 15522 / CC_1/2: 0.501

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4r3h

4r3h

解像度: 1.2→40.68 Å / SU ML: 0.1494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.1109
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	5043	5 %
R_work	0.1897	95833	-
obs	0.1905	100876	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→40.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2560	0	64	676	3300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	2782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7675	3791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0757	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.3459	377

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.22	0.4115	146	0.3361	2781	X-RAY DIFFRACTION	86.42
1.22-1.23	0.2967	167	0.3214	3176	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.23-1.24	0.3001	170	0.3091	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.24-1.26	0.3201	167	0.3143	3167	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.26-1.28	0.3058	168	0.3137	3195	X-RAY DIFFRACTION	98.59
1.28-1.29	0.3474	167	0.2949	3161	X-RAY DIFFRACTION	98.99
1.29-1.31	0.3029	169	0.2919	3208	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.31-1.33	0.2767	168	0.2807	3193	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.33-1.35	0.3045	166	0.2667	3165	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.35-1.38	0.2826	170	0.2619	3216	X-RAY DIFFRACTION	99.18
1.38-1.4	0.275	167	0.2507	3176	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.4-1.42	0.2677	169	0.2529	3241	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.42-1.45	0.2839	169	0.2349	3203	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.45-1.48	0.232	167	0.2233	3171	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.48-1.51	0.249	170	0.2085	3231	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.51-1.55	0.2549	168	0.1949	3200	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.55-1.59	0.2128	171	0.1879	3234	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.59-1.63	0.1951	168	0.1889	3201	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.63-1.68	0.1983	169	0.1796	3209	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.68-1.73	0.2182	170	0.179	3221	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.73-1.8	0.2225	169	0.1849	3212	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.8-1.87	0.1794	170	0.1871	3221	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.87-1.95	0.1996	168	0.178	3200	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.95-2.06	0.1917	170	0.1704	3228	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.06-2.18	0.1754	169	0.1706	3210	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.18-2.35	0.2233	168	0.1814	3216	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.35-2.59	0.2106	169	0.1795	3195	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.59-2.96	0.1981	171	0.18	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.96-3.73	0.1698	170	0.1547	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.73-40.68	0.1547	173	0.158	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.63

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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