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万見
- PDB-6y8p: Crystal structure of SNAP-tag labeled with a benzyl-tetramethylrh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y8p
タイトルCrystal structure of SNAP-tag labeled with a benzyl-tetramethylrhodamine fluorophore
要素O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant
キーワードTRANSFERASE / SNAP-tag / self-labeling protein / tetramethylrhodamine / synthetic fluorophore
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / methylation / DNA repair / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OGQ / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gotthard, G. / Tanzer, T. / Johnsson, K. / Hiblot, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of the Self-Labeling Protein Tags HaloTag7, SNAP-tag, and CLIP-tag.
著者: Wilhelm, J. / Kuhn, S. / Tarnawski, M. / Gotthard, G. / Tunnermann, J. / Tanzer, T. / Karpenko, J. / Mertes, N. / Xue, L. / Uhrig, U. / Reinstein, J. / Hiblot, J. / Johnsson, K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Kinetic and structural characterization of the self-labeling protein tags HaloTag7, SNAP-tag and CLIP-tag
著者: Wilhelm, J. / Kuhn, S. / Tarnawski, M. / Gotthard, G. / Tunnermann, J. / Tanzer, T. / Karpenko, J. / Mertes, N. / Xue, L. / Uhrig, U. / Reinstein, J. / Hiblot, J. / Johnsson, K.
履歴
登録2020年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6144
ポリマ－18,9521
非ポリマー6623
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.515, 65.515, 97.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase mutant


分子量: 18951.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET51b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pLysS / 参照: UniProt: E5BBQ0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-OGQ / [9-[2-carboxy-5-[(4-methylphenyl)methylcarbamoyl]phenyl]-6-(dimethylamino)xanthen-3-ylidene]-dimethyl-azanium


分子量: 534.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H32N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 % / 解説: Red hexaedral crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Na HEPES pH 7.5 25% PEG 8000 10 mg/mL protein 100 nl:100 nL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.98 Å / Num. obs: 11154 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 1087 / CC1/2: 0.193

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3l00

3l00


解像度: 2.3→48.98 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 557 4.99 %
Rwork0.2356 --
obs0.2374 11154 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.77 Å2 / Biso mean: 73.1096 Å2 / Biso min: 31.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 45 50 1308
Biso mean--60.68 62.41 -
残基数----158
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.530.42221350.399425992734
2.53-2.90.36861370.333825952732
2.9-3.650.31491400.256626512791
3.65-48.980.22241450.181427522897
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.4644 Å / Origin y: -5.4937 Å / Origin z: 2.3287 Å
111213212223313233
T0.337 Å20.0286 Å20.0696 Å2-0.4242 Å2-0.122 Å2--0.607 Å2
L3.8415 °2-2.3714 °20.1666 °2-4.1022 °20.239 °2--3.0876 °2
S0.2629 Å °0.3946 Å °-0.401 Å °-0.2289 Å °-0.1815 Å °-0.708 Å °0.3591 Å °0.4522 Å °-0.0575 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 179
2X-RAY DIFFRACTION1allA180 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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