PDB-6y34: Streptavidin wildtype with a biotC5-1 cofactor - an artificial ir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y34

タイトル

Streptavidin wildtype with a biotC5-1 cofactor - an artificial iron hydroxylase

要素

Streptavidin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Artificial Metalloenzyme / Iron Hydroxylase / Biotin-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.307 Å

データ登録者

Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

資金援助

スイス, European Union,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	200020_182046	スイス
Swiss National Science Foundation	NCCR MSE	スイス
European Research Council (ERC)	694424	European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)	ALTF 194-2017	ドイツ
European Research Council (ERC)	H2020-MSCA-IF-2016	European Union

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Enantioselective Hydroxylation of Benzylic C(sp3)-H Bonds by an Artificial Iron Hydroxylase Based on the Biotin-Streptavidin Technology.
著者: Serrano-Plana, J. / Rumo, C. / Rebelein, J.G. / Peterson, R.L. / Barnet, M. / Ward, T.R.

履歴

登録	2020年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y34.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y34.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y34_validation.pdf.gz	757.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y34_full_validation.pdf.gz	759.1 KB	表示
XML形式データ	6y34_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	6y34_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y25C 6y2mC 6y2tC 6y33C 6y3qC 3pk2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y25-1 4gjv-1 1lcz-1 1swr-d 1lcv-1 5cse-1 4cpe-1 2wpu-1 6auh-1 1i9h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

AAA: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, native gel electrophoresis
69.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.941, 57.941, 183.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-304- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16569.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-O7Q / biotC5-1 cofactor 分子量: 681.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₉FeN₇O₆S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Acetate, pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.307→45.998 Å / Num. obs: 38242 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 25.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 1.307→1.33 Å / 冗長度: 22.9 % / R_merge(I) obs: 2.702 / Num. unique obs: 1785 / CC_1/2: 0.552 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PK2

3pk2

解像度: 1.307→45.998 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / WR_factor R_free: 0.198 / WR_factor R_work: 0.178 / Average fsc free: 0.912 / Average fsc work: 0.9175 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1978	1873	4.917 %
R_work	0.1797	36218	-
all	0.181	-	-
obs	-	38091	98.915 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.282 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.179 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.179 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.359 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.307→45.998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	904	0	23	132	1059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.038	0.018	817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.235	1.669	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.69	1.572	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.136	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.134	22.727	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.093	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.243	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.309	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.177	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.807	1.752	498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.777	1.748	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.637	2.623	626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.636	2.627	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.993	1.975	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.99	1.979	479
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.505	2.848	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.502	2.851	713
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.027	21.351	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.817	20.499	1051

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.307-1.341	0.49	123	0.421	2577	X-RAY DIFFRACTION	96.532
1.341-1.377	0.298	137	0.333	2527	X-RAY DIFFRACTION	97.2263
1.377-1.417	0.357	138	0.299	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.417-1.461	0.307	110	0.246	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.461-1.509	0.275	119	0.235	2376	X-RAY DIFFRACTION	99.9199
1.509-1.562	0.204	122	0.183	2322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.621	0.183	130	0.173	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.621-1.687	0.186	120	0.157	2140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.687-1.762	0.196	121	0.165	2046	X-RAY DIFFRACTION	99.678
1.762-1.848	0.192	99	0.163	1909	X-RAY DIFFRACTION	96.2608
1.848-1.948	0.211	82	0.196	1836	X-RAY DIFFRACTION	96.9176
1.948-2.066	0.19	81	0.179	1807	X-RAY DIFFRACTION	99.9471
2.066-2.208	0.174	88	0.169	1682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.208-2.385	0.189	69	0.171	1537	X-RAY DIFFRACTION	96.9807
2.385-2.613	0.177	84	0.153	1455	X-RAY DIFFRACTION	99.8702
2.613-2.921	0.219	64	0.161	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.921-3.372	0.159	75	0.162	1145	X-RAY DIFFRACTION	98.0707
3.372-4.129	0.145	44	0.151	1028	X-RAY DIFFRACTION	99.5357
4.129-5.833	0.169	39	0.168	817	X-RAY DIFFRACTION	100
5.833-45.998	0.297	28	0.232	490	X-RAY DIFFRACTION	99.6154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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