PDB-6xje: Triuret Hydrolase (TrtA) from Herbaspirillum sp. BH-1 C162S bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xje

タイトル

Triuret Hydrolase (TrtA) from Herbaspirillum sp. BH-1 C162S bound with triuret

要素

Cysteine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / TrtA / triuret / biuret / cysteine hydrolase / nitrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

amide catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Herbaspirillum sp. BH-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Tassoulas, L.T. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
United States Department of Agriculture (USDA)	2019-67019-29403	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM008347-28	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of an ultraspecific triuret hydrolase (TrtA) establishes the triuret biodegradation pathway.
著者: Tassoulas, L.J. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

履歴

登録	2020年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xje.cif.gz	192.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xje.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xje_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xje_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6xje_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	6xje_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xixSC 6xj4C 6xjmC 6xk1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xj4-1 6xix-1 4tt5-d 1f4u-1 6hqg-2 6h0h-2 6w0r-d 3b4x-d 1nth-d 1io8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine hydrolase

B: Cysteine hydrolase

C: Cysteine hydrolase

D: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

97.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine hydrolase

B: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cysteine hydrolase

D: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.530, 114.440, 142.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cysteine hydrolase / triuret hydrolase 分子量: 24196.664 Da / 分子数: 4 / 変異: C162S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herbaspirillum sp. BH-1 (バクテリア) 遺伝子: HBH1_00246 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N6JFX7
#2: 化合物	ChemComp-TIU / tricarbonodiimidic diamide / トリウレット分子量: 146.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₆N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1 uL 20 mg/mL protein + 1 uL 24% w/v PEG6000, 0.1 M Bis-Tris propane, 1 mM triuret, pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月27日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→60.62 Å / Num. obs: 150183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.47 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.99
反射シェル	解像度: 1.45→1.55 Å / 冗長度: 7.21 % / R_merge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / Num. unique obs: 26952 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	BUILT=20180409	データ削減
XDS	BUILT=20180409	データスケーリング
MOLREP	11	位相決定
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6XIX

6xix

解像度: 1.45→60.616 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.093 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1898	7510	5.001 %
R_work	0.172	142673	-
all	0.173	-	-
obs	-	150183	99.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.158 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.549 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.629 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→60.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6698	0	48	406	7152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	6994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	1.649	9521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.594	1.575	15274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.367	5	902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.706	21.003	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.733	15	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.324	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.02	7984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	6183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.703	1.823	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.696	1.822	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.356	2.729	4490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.359	2.73	4491
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.083	2.159	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.083	2.159	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.546	3.12	5031
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.546	3.12	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.318	22.254	7539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.318	22.258	7540
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.081	0.05	6956
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.079	0.05	6935
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.1	0.05	6849
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.087	0.05	6838
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.084	0.05	6856
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.093	0.05	6811

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.315	549	0.288	10425	0.289	10976	0.877	0.882	99.9818	0.257
1.488-1.528	0.297	536	0.257	10176	0.259	10714	0.886	0.901	99.9813	0.228
1.528-1.573	0.242	522	0.226	9916	0.227	10440	0.919	0.922	99.9808	0.198
1.573-1.621	0.226	506	0.197	9624	0.198	10130	0.929	0.934	100	0.173
1.621-1.674	0.212	492	0.182	9350	0.184	9843	0.94	0.946	99.9898	0.16
1.674-1.733	0.212	474	0.179	9007	0.181	9481	0.943	0.952	100	0.16
1.733-1.798	0.209	460	0.176	8740	0.178	9201	0.942	0.954	99.9891	0.16
1.798-1.872	0.195	443	0.173	8411	0.174	8855	0.949	0.957	99.9887	0.161
1.872-1.955	0.193	425	0.177	8072	0.178	8499	0.954	0.959	99.9765	0.17
1.955-2.05	0.21	408	0.177	7763	0.179	8173	0.947	0.957	99.9755	0.173
2.05-2.161	0.207	388	0.174	7370	0.176	7758	0.951	0.957	100	0.176
2.161-2.292	0.192	367	0.165	6960	0.166	7328	0.957	0.964	99.9864	0.171
2.292-2.45	0.172	346	0.16	6585	0.161	6934	0.965	0.967	99.9567	0.171
2.45-2.646	0.164	322	0.159	6109	0.159	6435	0.968	0.968	99.9378	0.174
2.646-2.898	0.184	298	0.165	5673	0.166	5974	0.959	0.962	99.9498	0.184
2.898-3.239	0.175	272	0.17	5168	0.17	5445	0.961	0.962	99.9082	0.194
3.239-3.738	0.172	240	0.161	4553	0.161	4800	0.966	0.968	99.8542	0.188
3.738-4.574	0.148	205	0.144	3901	0.145	4112	0.976	0.975	99.8541	0.178
4.574-6.45	0.186	162	0.169	3077	0.17	3242	0.97	0.976	99.9075	0.215
6.45-60.616	0.206	95	0.181	1794	0.183	1907	0.968	0.968	99.0561	0.246

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