+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x7t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Allose-bound structure of Marinomonas primoryensis PA14 carbohydrate-binding domain | ||||||
![]() | Antifreeze protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Allose-MpPA14 complex / PA14 domain / carbohydrate-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, S. / Davies, P.L. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Ligand Selectivity by a Bacterial Adhesin Lectin Involved in Multispecies Biofilm Formation. 著者: Guo, S. / Vance, T.D.R. / Zahiri, H. / Eves, R. / Stevens, C. / Hehemann, J.H. / Vidal-Melgosa, S. / Davies, P.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 94.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 826.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 829.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6x7jC ![]() 6x7xC ![]() 6x7yC ![]() 6x7zC ![]() 6x8aC ![]() 6x8dC ![]() 6x8yC ![]() 6x95C ![]() 6x9mC ![]() 6x9pC ![]() 6xa5C ![]() 6xacC ![]() 6xaqC ![]() 5j6yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20603.902 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-VDS / | #4: 化合物 | ChemComp-VDV / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: ~0.2 M calcium chloride, ~0.1 M HEPES (pH 7), ~20% (v/v) polyethylene glycol 3350 and ~30 % (w/v) Allose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.96→42.41 Å / Num. obs: 106122 / % possible obs: 95.55 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 0.96→0.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.638 / Num. unique obs: 7281 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5j6y 解像度: 1→42.41 Å / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 9.556 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→42.41 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|