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万見
- PDB-6x3o: Co-structure of BTK kinase domain with L-005191930 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x3o
タイトルCo-structure of BTK kinase domain with L-005191930 inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / Bruton tyrosine kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / mesoderm development / Fc-epsilon receptor signaling pathway / B cell activation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (12/13) signalling events / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / G alpha (q) signalling events / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / membrane raft / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / : / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5WE / Chem-ULY / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fischmann, T.O.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Potent, non-covalent reversible BTK inhibitors with 8-amino-imidazo[1,5-a]pyrazine core featuring 3-position bicyclic ring substitutes.
著者: Liu, J. / Guiadeen, D. / Krikorian, A. / Gao, X. / Wang, J. / Babu Boga, S. / Alhassan, A.B. / Yu, W. / Selyutin, O. / Yu, Y. / Anand, R. / Xu, J. / Kelly, J. / Duffy, J.L. / Liu, S. / Yang, ...著者: Liu, J. / Guiadeen, D. / Krikorian, A. / Gao, X. / Wang, J. / Babu Boga, S. / Alhassan, A.B. / Yu, W. / Selyutin, O. / Yu, Y. / Anand, R. / Xu, J. / Kelly, J. / Duffy, J.L. / Liu, S. / Yang, C. / Wu, H. / Cai, J. / Bennett, C. / Maloney, K.M. / Tyagarajan, S. / Gao, Y.D. / Fischmann, T.O. / Presland, J. / Mansueto, M. / Xu, Z. / Leccese, E. / Zhang-Hoover, J. / Knemeyer, I. / Garlisi, C.G. / Stivers, P. / Brandish, P.E. / Hicks, A. / Kim, R. / Kozlowski, J.A.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
B: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3656
ポリマ－63,1972
非ポリマー2,1684
水6,197344
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6823
ポリマ－31,5981
非ポリマー1,0842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6823
ポリマ－31,5981
非ポリマー1,0842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.300, 72.010, 104.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 31598.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ULY / 4-{8-amino-3-[(6R,8aS)-3-oxo-3,5,6,7,8,8a-hexahydroindolizin-6-yl]imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl}-3-methoxy-N-[4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]benzamide


分子量: 565.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26F3N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-5WE / 4-[8-azanyl-3-[(2~{S})-1-[4-(dimethylamino)butanoyl]pyrrolidin-2-yl]imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl]-~{N}-(1,3-thiazol-2-yl)benzamide


分子量: 518.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N8O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS CL pH 7.5, 18%w/vPEG 20,000, 5mM 4-(8-amino-3-((6R,8aS)-3-oxooctahydroindolizin-6-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl)-3-methoxy-N-(4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)benzamide, 5mM (S)- ...詳細: 0.1M BIS-TRIS CL pH 7.5, 18%w/vPEG 20,000, 5mM 4-(8-amino-3-((6R,8aS)-3-oxooctahydroindolizin-6-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl)-3-methoxy-N-(4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)benzamide, 5mM (S)-4-(8-amino-3-(1-(4-(dimethylamino)butanoyl)pyrrolidin-2-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl)-N-(thiazol-2-yl)benzamide, 10% v/v deuterated-DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→34.79 Å / Num. obs: 44327 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 27.01 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 130298
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-2.120.3236585125800.8660.2210.3913.499.3
4.25-34.790.0351136039820.9960.0250.04325.197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→34.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9478 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9316 / SU R Cruickshank DPI: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2128 2215 5 %RANDOM
Rwork0.1794 ---
obs0.181 44309 98.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.84 Å2 / Biso mean: 33.5 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0895 Å20 Å21.2812 Å2
2--0.1546 Å20 Å2
3----2.2441 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.199 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→34.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4353 0 500 0 4853
Biso mean--39.42 --
残基数----532
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2027SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes112HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1284HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9042HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion558SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9805SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9042HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16266HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.11
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 156 4.89 %
Rwork0.2064 3033 -
all0.2082 3189 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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