PDB-6x1y: Mre11 dimer in complex with small molecule modulator PFMI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x1y

タイトル

Mre11 dimer in complex with small molecule modulator PFMI

要素

Nuclease SbcCD subunit D

キーワード

HYDROLASE / DNA REPAIR MRE11 THERMOPHILIC NUCLEASE / DNA DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Arvai, A.S. / Moiani, D. / Tainer, J.A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	5R01CA117638-15	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	5P01CA092584-19	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	5R35CA220430-02	米国

引用

ジャーナル: Prog.Biophys.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Fragment- and structure-based drug discovery for developing therapeutic agents targeting the DNA Damage Response.
著者: Wilson 3rd, D.M. / Deacon, A.M. / Duncton, M.A.J. / Pellicena, P. / Georgiadis, M.M. / Yeh, A.P. / Arvai, A.S. / Moiani, D. / Tainer, J.A. / Das, D.

履歴

登録	2020年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x1y.cif.gz	333.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x1y.ent.gz	228.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6x1y_validation.pdf.gz	1008.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x1y_full_validation.pdf.gz	1020.9 KB	表示
XML形式データ	6x1y_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	6x1y_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/6x1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/6x1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x1zC 4nzvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nzv-d 6asc-d 4o24-d 4o4k-d 6x1z-d 4o43-d 2q8u-d 4o5g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Nuclease SbcCD subunit D

B: Nuclease SbcCD subunit D

ヘテロ分子

78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclease SbcCD subunit D

ヘテロ分子

B: Nuclease SbcCD subunit D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.199, 109.147, 75.996
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.934, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	A	-2 - 158
1	2	1	(chain 'A' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	A	160 - 324
1	3	1	(chain 'A' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	A	501
1	4	1	(chain 'A' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	A	801
2	1	1	(chain 'B' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	B	-2 - 158
2	2	1	(chain 'B' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	B	160 - 324
2	3	1	(chain 'B' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	B	501
2	4	1	(chain 'B' and (resid -2 through 158 or resid 160 through 801 or resid 501))	B	801

#1: タンパク質	Nuclease SbcCD subunit D 分子量: 38575.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: sbcD, TM_1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X0
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-UKV / (5Z)-5-[(3-methoxyphenyl)methylidene]-2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one 分子量: 251.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉NO₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M CaCl2, 1% PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.11585 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11585 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→44.1 Å / Num. obs: 58497 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.72 Å² / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 1542 / CC_1/2: 0.636

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NZV

4nzv

解像度: 2.35→44.1 Å / SU ML: 0.2929 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.2966

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2382	2561	4.95 %
R_work	0.2083	-	-
obs	0.2098	51691	83.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5240	0	56	87	5383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	5426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6565	7346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0428	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.8356	2044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4	0.3248	106	0.321	2199	X-RAY DIFFRACTION	67.67
2.4-2.45	0.3115	125	0.3128	2485	X-RAY DIFFRACTION	75.89
2.45-2.5	0.3274	144	0.3153	2544	X-RAY DIFFRACTION	77.42
2.5-2.56	0.3409	129	0.2905	2611	X-RAY DIFFRACTION	80.05
2.56-2.62	0.3275	129	0.3013	2632	X-RAY DIFFRACTION	78.13
2.62-2.69	0.3433	126	0.3379	2354	X-RAY DIFFRACTION	73.48
2.69-2.77	0.3043	137	0.2721	2574	X-RAY DIFFRACTION	77.55
2.77-2.86	0.3678	139	0.2622	2790	X-RAY DIFFRACTION	86.32
2.86-2.96	0.3183	154	0.2376	2979	X-RAY DIFFRACTION	89.41
2.96-3.08	0.2786	159	0.229	2947	X-RAY DIFFRACTION	90.71
3.08-3.22	0.2798	159	0.2294	3024	X-RAY DIFFRACTION	92.34
3.22-3.39	0.2265	159	0.2205	2941	X-RAY DIFFRACTION	89.26
3.39-3.6	0.2789	143	0.2257	2700	X-RAY DIFFRACTION	82.03
3.6-3.88	0.2311	145	0.22	2662	X-RAY DIFFRACTION	82.05
3.88-4.27	0.2047	151	0.1746	2853	X-RAY DIFFRACTION	86.5
4.27-4.89	0.1853	147	0.1434	2899	X-RAY DIFFRACTION	89.33
4.89-6.16	0.1795	158	0.1624	2974	X-RAY DIFFRACTION	90.91
6.16-44.1	0.1846	151	0.1683	2962	X-RAY DIFFRACTION	89.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.665834480144	0.0266845725571	-0.531748294988	0.170088287902	-0.361470118176	0.501579689364	-0.0720625806248	0.222695891676	-0.222710347321	-0.079368796459	0.115463805709	0.449463840944	-0.0299785295105	-0.204804357336	0.0747528717708	0.393694890884	0.145944567177	0.0492175938765	0.363744272762	0.0416758489868	0.314172896072	-30.3034343877	450.977363978	-112.910309899
2	0.781038868435	-0.26468351938	-0.162940361846	0.874464645429	-1.26990307895	1.68312663216	-0.00680204590703	0.0314421557275	-0.196507105046	-0.0323609371802	0.0907458250008	0.12150594847	0.00250917914282	0.108881092729	1.15518759848E-5	0.345492328465	0.105135369654	0.0231278207496	0.336083809604	0.0223569947251	0.352159558936	-32.1301225391	451.678321385	-106.493080963
3	1.05750522285	-0.112631570277	-0.161242452527	0.803046279534	0.315620012011	1.95352741634	0.106005788099	-0.264202402655	-0.024589715154	0.183965798392	-0.185238511772	-0.121083936345	0.0381683484509	0.798148873517	-0.000606450759201	0.323353228289	0.0888159106164	-0.000120699403899	0.610709676133	0.0877660335535	0.334759810535	-12.9299321553	451.998040505	-106.747657449
4	1.78849286631	-0.070435503632	0.272693432637	0.706798412192	0.209978062666	0.843121589468	0.092451170685	0.258151009253	0.276635116673	-0.564701006612	-0.251800936773	0.0151213545599	0.0620014625264	0.336810328829	0.00072174763124	0.448016341217	0.0930786816303	-0.0319847496111	0.468947047285	0.0684767238191	0.324202992582	-30.3879545031	463.091641291	-126.938308631
5	0.21010223349	-0.849527088114	-0.00160961794594	1.39859321447	-1.18064241169	0.889869676492	-0.021472742586	-0.0997691556023	0.0935046994942	0.0982925713962	0.128228863605	0.109437518452	-0.139866325086	-0.142505314839	-0.000441008041244	0.246103199641	-0.056118620459	-0.0110411322388	0.21211450716	-0.0231304898908	0.289349914118	-33.0914842037	506.025736116	-69.9631868218
6	1.39984790435	-0.269611403183	-0.498766571965	1.11466137406	0.485078804273	1.73041690902	0.0379930854718	-0.134418248944	0.125811204376	0.0300171165592	-0.140224745478	-0.282377372335	0.025456056023	0.467407303389	-0.00102033454899	0.244645207498	-0.0440466695918	-0.0221006993278	0.366719387586	0.0410375863179	0.376079663204	-14.5392941903	506.873405176	-68.1635455854
7	0.887307872542	-0.903626710539	-0.0420742422838	1.16748912308	-0.72709121341	0.564318999997	0.211347839849	0.195176962663	0.147665532558	-0.463769251951	-0.256938938221	-0.123458290872	0.208091253001	0.297355055727	-0.00039548371973	0.415541458709	0.0032621261459	-0.0209420430363	0.305824746751	0.0133808090793	0.368165880436	-32.0473559277	517.709953085	-88.4824430202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 110 through 215 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 216 through 324 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -2 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 110 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 216 through 324 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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