PDB-6w6d: Crystal Structure of Human Protein arginine N-methyltransferase 6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w6d

タイトル

Crystal Structure of Human Protein arginine N-methyltransferase 6 (PRMT6) in complex with SGC6870 inhibitor

要素

Protein arginine N-methyltransferase 6

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / PRMT6 and SGC6870 inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AR3 methyltransferase activity / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / regulation of megakaryocyte differentiation / histone arginine N-methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / regulation of mitochondrion organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Halabelian, L. / Zeng, H. / Dong, A. / Jin, J. / Shen, Y. / Kaniskan, H.U. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: A First-in-Class, Highly Selective and Cell-Active Allosteric Inhibitor of Protein Arginine Methyltransferase 6.
著者: Shen, Y. / Li, F. / Szewczyk, M.M. / Halabelian, L. / Chau, I. / Eram, M.S. / Dela Sena, C. / Park, K.S. / Meng, F. / Chen, H. / Zeng, H. / Dong, A. / Wu, H. / Trush, V.V. / McLeod, D. / ...

履歴

登録	2020年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w6d.cif.gz	88.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w6d.ent.gz	62.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6w6d_validation.pdf.gz	837.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w6d_full_validation.pdf.gz	837.9 KB	表示
XML形式データ	6w6d_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	6w6d_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/6w6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/6w6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wcfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wad-1 4qqk-1 6sqh-d 4hc4-1 5e8r-d 6sq4-d 5hzm-1 6sq3-d 4qpp-3 5fqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein arginine N-methyltransferase 6

ヘテロ分子

42.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein arginine N-methyltransferase 6

ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.603, 94.603, 108.094
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Protein arginine N-methyltransferase 6 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein methyltransferase-like protein 6 / Histone-arginine N- ...Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein methyltransferase-like protein 6 / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT6 分子量: 42074.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT6, HRMT1L6 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96LA8, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-T9A / (5R)-4-(5-bromothiophene-2-carbonyl)-5-(3,5-dimethylphenyl)-7-methyl-1,3,4,5-tetrahydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one 分子量: 469.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁BrN₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 % / Mosaicity: 0.862 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 12% (w/v) PEG3350, 4% (v/v) Tascimate TM pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 36823 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 1.75 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 230004

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.91-1.94	6.1	0.976	1831	0.586	0.43	1.068	0.67	99.9
1.94-1.98	6	0.773	1831	0.694	0.343	0.847	0.633	99.9
1.98-2.02	5.9	0.624	1834	0.807	0.281	0.686	0.657	100
2.02-2.06	5.3	0.514	1861	0.826	0.243	0.571	0.693	99.7
2.06-2.1	5.3	0.43	1819	0.86	0.203	0.477	0.786	99.6
2.1-2.15	6.5	0.364	1851	0.93	0.155	0.396	0.783	100
2.15-2.2	6.6	0.301	1840	0.949	0.126	0.327	0.832	100
2.2-2.26	6.7	0.264	1812	0.961	0.11	0.286	0.959	100
2.26-2.33	6.6	0.22	1827	0.971	0.093	0.239	0.98	99.9
2.33-2.41	6.6	0.191	1844	0.979	0.08	0.207	1.063	100
2.41-2.49	6.5	0.162	1860	0.982	0.069	0.176	1.223	100
2.49-2.59	6.5	0.135	1821	0.988	0.057	0.146	1.343	100
2.59-2.71	6.3	0.114	1853	0.991	0.049	0.124	1.673	99.9
2.71-2.85	6.1	0.098	1836	0.991	0.043	0.107	1.948	99.9
2.85-3.03	5.3	0.085	1821	0.991	0.041	0.094	2.475	99.6
3.03-3.27	6.9	0.073	1867	0.996	0.03	0.079	2.908	99.8
3.27-3.59	6.9	0.065	1853	0.996	0.027	0.071	3.659	99.9
3.59-4.11	6.6	0.056	1840	0.996	0.024	0.061	3.745	99.5
4.11-5.18	6.1	0.05	1831	0.997	0.022	0.055	3.641	98.9
5.18-50	6.2	0.052	1891	0.997	0.022	0.056	3.714	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5WCF

5wcf

解像度: 1.91→47.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 3.042 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.113
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2094	1487	4 %	RANDOM
R_work	0.1811	-	-	-
obs	0.1822	35321	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.19 Å² / B_iso mean: 37.2 Å² / B_iso min: 22.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.91→47.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2520	0	55	132	2707
B_iso mean	-	-	35.5	43.9	-
残基数	-	-	-	-	328

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	1.634	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.318	1.579	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.847	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.926	20.889	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.032	15	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.938	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	601

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.958 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	96	-
R_work	0.263	2590	-
obs	-	-	99 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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