PDB-6w4r: Structure of Tdp1 catalytic domain in complex with inhibitor XZ633p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w4r

タイトル

Structure of Tdp1 catalytic domain in complex with inhibitor XZ633p

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / phosphodiesterase / inhibitor / cancer drug target / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.819 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R. / Waugh, D.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tdp1 catalytic domain
著者: Lountos, G.T. / Waugh, D.S.

履歴

登録	2020年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w4r.cif.gz	213.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w4r.ent.gz	166.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w7jC 6dhuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dih-2 6dim-1 1rg1-2 6n17-2 6n0d-1 6djd-1 6w7k-1 6n0r-2 3qry-1 6mj5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.719, 105.624, 194.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SZV / 4-{[2-(2-hydroxyphenyl)imidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl]amino}benzene-1,2-dicarboxylic acid 分子量: 390.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₄N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 10% W/V PEG 8000 20% V/V ETHYLENE GLYCOL 0.03M SODIUM FLUORIDE 0.03M SODIUM BROMIDE 0.03M SODIUM IODIDE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.819→50 Å / Num. obs: 92596 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.112 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.819-1.85	5.8	0.935	4592	0.744	0.424	1.029	0.787	99.9
1.85-1.89	6.7	0.91	4561	0.851	0.381	0.987	0.777	100
1.89-1.92	6.7	0.911	4579	0.777	0.382	0.989	0.874	100
1.92-1.96	6.8	0.761	4530	0.915	0.315	0.824	0.817	100
1.96-2	6.8	0.589	4623	0.913	0.245	0.639	0.819	100
2-2.05	6.7	0.513	4548	0.921	0.215	0.557	0.822	100
2.05-2.1	6.7	0.397	4573	0.958	0.166	0.431	0.845	100
2.1-2.16	6.6	0.355	4627	0.961	0.15	0.386	0.852	99.9
2.16-2.22	6.6	0.301	4538	0.977	0.126	0.327	0.852	99.9
2.22-2.29	6.4	0.329	4596	0.924	0.141	0.358	1.2	99.8
2.29-2.37	6.4	0.208	4646	0.988	0.088	0.227	0.881	100
2.37-2.47	6.3	0.178	4575	0.972	0.078	0.195	0.932	99.8
2.47-2.58	5.5	0.145	4577	0.973	0.069	0.161	0.938	99.3
2.58-2.72	6.8	0.122	4626	0.994	0.051	0.132	1.009	99.9
2.72-2.89	7.1	0.102	4628	0.993	0.041	0.11	1.072	100
2.89-3.11	7	0.078	4675	0.996	0.032	0.085	1.142	100
3.11-3.43	6.9	0.063	4652	0.996	0.026	0.068	1.276	100
3.43-3.92	6.7	0.052	4714	0.996	0.022	0.056	1.329	99.9
3.92-4.94	5.8	0.038	4744	0.997	0.017	0.042	1.09	99.5
4.94-50	6.5	0.034	4992	0.998	0.015	0.037	0.858	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DHU

6dhu

解像度: 1.819→48.164 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	4438	4.88 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.1836	90975	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.2 Å² / B_iso mean: 24.1507 Å² / B_iso min: 4.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.819→48.164 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7002	0	91	698	7791
B_iso mean	-	-	32.4	32.92	-
残基数	-	-	-	-	876

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8195-1.8401	0.32	125	0.2451	2258	77
1.8401-1.8618	0.2553	130	0.2218	2438	86
1.8618-1.8845	0.2555	133	0.2226	2646	91
1.8845-1.9083	0.2617	144	0.2144	2775	95
1.9083-1.9334	0.2594	132	0.2176	2819	98
1.9334-1.9599	0.2504	146	0.2215	2889	99
1.9599-1.9879	0.2402	149	0.2154	2948	100
1.9879-2.0176	0.2642	141	0.2169	2851	100
2.0176-2.0491	0.3002	140	0.2211	2936	100
2.0491-2.0827	0.2498	153	0.2021	2917	100
2.0827-2.1186	0.2307	160	0.2031	2876	100
2.1186-2.1572	0.254	137	0.2022	2970	100
2.1572-2.1987	0.2041	162	0.1921	2871	100
2.1987-2.2435	0.2348	148	0.1956	2899	100
2.2435-2.2923	0.2363	163	0.2027	2910	100
2.2923-2.3456	0.2583	152	0.1939	2907	100
2.3456-2.4043	0.2357	160	0.1932	2897	100
2.4043-2.4693	0.242	158	0.189	2924	100
2.4693-2.542	0.2377	146	0.1916	2909	99
2.542-2.624	0.235	140	0.1906	2937	100
2.624-2.7178	0.2303	135	0.1816	2954	100
2.7178-2.8266	0.2263	155	0.19	2908	100
2.8266-2.9552	0.1992	148	0.1916	2984	100
2.9552-3.111	0.2739	159	0.1928	2960	100
3.111-3.3059	0.2272	170	0.1788	2942	100
3.3059-3.561	0.1998	134	0.1719	2994	100
3.561-3.9193	0.178	148	0.1592	2977	100
3.9193-4.486	0.1538	143	0.136	3028	100
4.486-5.6505	0.1571	161	0.1403	3017	99
5.6505-48.164	0.163	166	0.1733	3196	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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