PDB-6vyn: N-terminal domain of mouse surfactant protein B with bound lipid,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vyn

タイトル

N-terminal domain of mouse surfactant protein B with bound lipid, wild type

要素

Pulmonary surfactant-associated protein B

キーワード

SURFACTANT PROTEIN / Lipid-binding / Lipid transfer / Saposin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

Surfactant metabolism / alveolar lamellar body / sphingolipid metabolic process / respiratory gaseous exchange by respiratory system / multivesicular body / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Rapoport, T.A. / Bodnar, N.O.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Lamellar Body Formation by Lung Surfactant Protein B.
著者: Sever, N. / Milicic, G. / Bodnar, N.O. / Wu, X. / Rapoport, T.A.

履歴

登録	2020年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vyn_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vyn_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	6vyn_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vyn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vz0C 6vzdC 6vzeC 6w1bC 7mbkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eyc-1 2czt-d 4orw-1 4ory-3 2czu-1 3k8y-d 3i0a-2 4orx-1 6w1b-3 6vzd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

D: Pulmonary surfactant-associated protein B

F: Pulmonary surfactant-associated protein B

H: Pulmonary surfactant-associated protein B

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

G: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

88.2 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Pulmonary surfactant-associated protein B

E: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The dimer binds lipids and is active in lipid transport in vitro.
22 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Pulmonary surfactant-associated protein B

C: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Pulmonary surfactant-associated protein B

F: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 2 ポリマー
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4

H: Pulmonary surfactant-associated protein B

G: Pulmonary surfactant-associated protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.707, 108.156, 114.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	A	8 - 52
1	2	1	(chain 'A' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	A	54 - 83
2	3	1	(chain 'B' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	B	8 - 52
2	4	1	(chain 'B' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	B	54 - 83
3	5	1	(chain 'C' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	C	8 - 52
3	6	1	(chain 'C' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	C	54 - 83
4	7	1	(chain 'D' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	D	8 - 52
4	8	1	(chain 'D' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	D	54 - 83
5	9	1	(chain 'E' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	E	8 - 52
5	10	1	(chain 'E' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	E	54 - 83
6	11	1	(chain 'F' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	F	8 - 52
6	12	1	(chain 'F' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	F	54 - 83
7	13	1	(chain 'G' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	G	8 - 52
7	14	1	(chain 'G' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	G	54 - 83
8	15	1	(chain 'H' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	H	8 - 52
8	16	1	(chain 'H' and (resid 8 through 52 or resid 54 through 83))	H	54 - 83

#1: タンパク質	Pulmonary surfactant-associated protein B / SP-B / Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe) 分子量: 9949.576 Da / 分子数: 8 / 断片: N-terminal residues, 61-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sftpb, Sftp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 / 参照: UniProt: P50405
#2: 化合物	ChemComp-RXY / (7Z,19R,22R)-25-amino-22-hydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacos-7-en-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate 分子量: 715.981 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₄NO₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 17% PEG3350, 0.1M citrate buffer pH 5.4, 0.15 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7712 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→78.7 Å / Num. obs: 112655 / % possible obs: 95.15 % / 冗長度: 16 % / B_iso Wilson estimate: 56.5 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 24.77
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.42 / Num. unique obs: 7105 / CC_1/2: 0.236 / CC star: 0.618 / % possible all: 61.16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		data processing
PHENIX		位相決定
XDS		データ削減
PHENIX		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→78.7 Å / SU ML: 0.3425 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.2068
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	3748	3.44 %
R_work	0.2238	105088	-
obs	0.2243	108836	95.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→78.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5087	0	588	187	5862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0156	5954
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3335	7874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	845
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.2613	2752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.4177	51	0.4407	1891	X-RAY DIFFRACTION	45.72
2.23-2.26	0.5923	100	0.4624	2615	X-RAY DIFFRACTION	63.54
2.26-2.29	0.4036	114	0.4015	3381	X-RAY DIFFRACTION	82.22
2.29-2.32	0.3969	151	0.38	3638	X-RAY DIFFRACTION	91.02
2.32-2.36	0.3384	113	0.3748	4028	X-RAY DIFFRACTION	96.19
2.36-2.39	0.332	137	0.3445	4019	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.39-2.43	0.3477	161	0.3164	3989	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.43-2.47	0.3271	154	0.3133	4082	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.47-2.52	0.3742	117	0.2998	4030	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.52-2.57	0.3045	156	0.2904	4068	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.57-2.62	0.3099	147	0.2777	4050	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.62-2.68	0.2999	139	0.2684	4112	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.68-2.74	0.2716	160	0.2669	4059	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.74-2.81	0.2676	143	0.2559	4084	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.81-2.88	0.2565	143	0.2559	4068	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.88-2.97	0.3385	143	0.2815	4130	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.97-3.06	0.271	161	0.2706	3985	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.06-3.17	0.2734	139	0.2393	4111	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.3	0.2193	157	0.2216	4082	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.3-3.45	0.1784	162	0.2165	4094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.63	0.2415	120	0.2212	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.86	0.2322	166	0.1983	4069	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.86-4.16	0.221	144	0.1757	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.58	0.1649	134	0.1653	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-5.23	0.1742	152	0.1697	4086	X-RAY DIFFRACTION	99.95
5.24-6.6	0.2951	137	0.2485	4098	X-RAY DIFFRACTION	99.6
6.6-78.7	0.2178	147	0.2093	4036	X-RAY DIFFRACTION	98.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.32290138356	2.16268801967	-0.835326971208	7.21806893014	-0.0932868413608	3.72162188819	0.219801443839	-0.304577428552	-0.163758539377	1.06337123548	-0.226388252587	0.746252331979	0.293167478723	0.0624170248576	0.0458057788171	0.699819914311	0.000371910213817	5.62826156047E-5	0.673486343804	-0.025883819914	0.571515700955	-7.46371959201	49.3107863835	19.7118090573
2	6.17239854895	0.549422807502	-4.23176459835	3.37853717037	1.17887462855	3.76812268697	0.325443284539	-0.273065301922	0.336026958713	0.0333711314856	-0.211990644923	0.284141144072	-1.60545786942	0.902578950683	-0.197974268367	0.778281405498	-0.119565698756	-0.0499644962097	0.631045488618	-0.055406508385	0.665361559244	1.73716273918	61.5400611914	6.35198603776
3	7.64211116165	1.20251364766	1.74446088816	2.12318963902	1.49431110182	5.22929453948	0.3008233992	0.896696092986	-0.0951615027656	-0.254204014701	0.267362653974	-0.103344089813	-0.612759111125	0.148324886838	-0.603984903959	0.540099869342	-0.042178113412	0.0289580010809	0.589104456934	-0.092606694935	0.520804078105	4.29573240176	52.1463936774	-5.93426376641
4	5.40116765792	0.6481937429	-1.60824210157	3.7438100894	-1.16320826689	2.80103892715	-0.0938385819422	-0.0387419854148	0.415568875816	0.0289074717272	0.0920446274825	0.0921453937609	-0.933696586584	-0.104614815593	0.0535392556453	0.667719502972	-0.0127913300193	0.0185449874234	0.587106147027	-0.00691636512604	0.568057266916	-7.70426680103	58.2943403715	3.35076560645
5	4.73852423328	-3.95480432486	-1.09713382439	5.73370296738	0.190924449657	5.27301810633	0.0962214194455	0.00058931765091	-0.268778686594	0.0490088008932	-0.0540137262762	0.438746273073	0.401708806643	-0.185110115773	-0.0843543430117	0.640606200677	-0.0369503764049	0.00742494191096	0.56464614752	-0.0165271817082	0.505708328076	-15.1914133765	43.1816632537	14.7059335143
6	3.53668229814	-1.57623893879	-2.67116292707	2.84326674672	0.759518749881	4.27384759598	-0.124867163515	-0.334501052585	-0.179143308877	-0.14414643992	-0.0246715403791	-0.29695077149	0.46005277035	0.496012181079	0.0301212481485	0.513173888111	-0.0560236114395	-0.0941671454942	0.680449026031	-0.0276711328693	0.514343822492	-17.6552533322	47.6319495031	35.5543435094
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29	4.72256593193	-1.1327123756	-1.12359200836	2.06685756929	-0.423022709042	5.11489346805	0.289109452454	0.0906830721804	-0.311065681406	-0.300151498295	-0.0471241330126	-0.0126974764135	1.01338455038	0.352810317625	-0.18677272136	0.577618994474	-0.0292261572548	0.0224094436857	0.502151111373	-0.0149904946489	0.540597661666	0.278188437813	41.6695888596	0.373401540385
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32	8.93403568863	2.25322783016	0.892990661408	3.13211275039	-0.794095011012	3.29146901662	-0.0484914391816	0.964895580004	0.230591283087	-1.36079620752	0.2283315073	0.743679398597	0.2948504001	0.147425376962	-0.111921912355	1.10744326178	0.0842629728471	-0.327308479484	0.716525407206	0.0481530622266	1.07149814085	45.1041558192	36.370931965	16.3607280631
33	3.12661270203	-0.385752447852	1.82473481923	7.52957058851	-1.94728014126	6.29711535419	0.0148694400626	0.759811519209	0.558797704853	0.246931341341	-0.498508713288	-0.327846958458	-2.12097015206	-0.32972045587	0.404075527234	1.01095757303	-0.0153872092237	-0.130651638702	0.653181349173	-0.030901983078	0.731787702138	58.405504543	38.193345967	25.0075783217
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35	2.97869590289	0.275856955603	-0.85675012691	1.64761274954	-0.410381585799	3.96272027561	0.676013259513	0.124706752472	-0.186406524456	0.322580842724	-0.447130007328	0.947392058638	1.77494161428	-1.71529979216	-0.348689315388	1.01523855367	-0.19242715109	0.103087296304	1.13143762791	0.054015322805	1.61913168085	36.3378867847	20.4601085265	33.2738119442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 85 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 6 through 41 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 42 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 6 through 24 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 25 through 41 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 42 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 52 through 68 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 69 through 84 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 7 through 24 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 25 through 41 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 42 through 51 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 52 through 84 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 6 through 24 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 25 through 41 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 42 through 51 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 52 through 68 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 69 through 84 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid 7 through 24 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 25 through 41 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid 42 through 51 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resid 52 through 68 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'H' and (resid 69 through 83 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 6 through 24 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 25 through 41 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 42 through 68 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 69 through 85 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 8 through 24 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 25 through 41 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 42 through 51 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 52 through 68 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 69 through 84 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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