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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vv9 | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex with JEB300 | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / folate pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Ribeiro, J.A. / Chavez-Pacheco, S.M. / Dias, M.V.B. | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020 タイトル: Using a Fragment-Based Approach to Identify Alternative Chemical Scaffolds Targeting Dihydrofolate Reductase fromMycobacterium tuberculosis. 著者: Ribeiro, J.A. / Hammer, A. / Libreros-Zuniga, G.A. / Chavez-Pacheco, S.M. / Tyrakis, P. / de Oliveira, G.S. / Kirkman, T. / El Bakali, J. / Rocco, S.A. / Sforca, M.L. / Parise-Filho, R. / ...著者: Ribeiro, J.A. / Hammer, A. / Libreros-Zuniga, G.A. / Chavez-Pacheco, S.M. / Tyrakis, P. / de Oliveira, G.S. / Kirkman, T. / El Bakali, J. / Rocco, S.A. / Sforca, M.L. / Parise-Filho, R. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Abell, C. / Dias, M.V.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vv9.cif.gz | 86.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vv9.ent.gz | 62.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vv9_validation.pdf.gz | 551.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vv9_full_validation.pdf.gz | 558.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vv9_validation.xml.gz | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vv9_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vv9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vs5C 6vs6C 6vs8C 6vs9C 6vsdC 6vseC 6vsfC 6vsgC 6vv6C 6vv7C 6vv8C 6vvbC 1df7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17893.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌) 株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: dfrA, MRA_2788 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5U6B6, dihydrofolate reductase |
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-非ポリマー , 5種, 98分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM MES (2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid), pH 6.5, 10 mM CoCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.45 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,l,k / Fraction: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.18→46.64 Å / Num. obs: 16930 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 152267 / Scaling rejects: 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1df7 解像度: 2.18→38.963 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.71 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.84 Å2 / Biso mean: 41.4927 Å2 / Biso min: 22.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.18→38.963 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 95 %
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