PDB-6uo7: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uo7

タイトル

Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 1 (CD1) K330L mutant complexed with AR-42

要素

Histone deacetylase 6

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Histone Deacetylase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39501316141 Å

データ登録者

Osko, J.D. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Catalysis and Inhibition of HDAC6 CD1, the Enigmatic Catalytic Domain of Histone Deacetylase 6.
著者: Osko, J.D. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2019年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uo7.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uo7.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6uo7_validation.pdf.gz	326.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6uo7_full_validation.pdf.gz	326.2 KB	表示
XML形式データ	6uo7_validation.xml.gz	1.4 KB	表示
CIF形式データ	6uo7_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/6uo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/6uo7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uo2C 6uo3C 6uo4C 6uo5C 6uobC 6uocC 5eefS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uo3-d 6uob-2 6pzo-1 6wyq-2 5eei-2 5eef-2 6tcy-2 6q0z-1 5ef7-2 6vnr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase 6

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.000, 60.670, 121.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Histone deacetylase 6 分子量: 40278.570 Da / 分子数: 1 / 変異: K330L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-QCP / AR-42 / N-hydroxy-4-{[(2S)-3-methyl-2-phenylbutanoyl]amino}benzamide / N-ヒドロキシ-4-[(S)-3-メチル-2-フェニルブチリルアミノ]ベンズアミド分子量: 312.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 % / 解説: Perfect Diamond Shape
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/ml HDAC6 CD1 2 mM Inhibitor 0.2 M magnesium formate dihydrate 20% PEG 3350 1:1 ratio protein to precipitant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39501316141→42.9865271785 Å / Num. obs: 81863 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 11.6388094639 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / R_merge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 8131 / CC_1/2: 0.977 / R_pim(I) all: 0.094

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EEF

5eef

解像度: 1.39501316141→42.9865271785 Å / SU ML: 0.114010057186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4103068614 / 位相誤差: 17.8017587333

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184402564344	4087	4.99248744854 %
R_work	0.166169430521	-	-
obs	0.167093471164	81863	99.941399812 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.2471834664 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39501316141→42.9865271785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2752	0	26	384	3162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00546740722157	2952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.836515219379	4038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0770374993891	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00589214792689	531
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.2521453406	1072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.39501316141-1.4114	0.227879495337	161	0.198498756422	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.8949947497
1.4114-1.4286	0.247062100314	125	0.194505838451	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.9633565409
1.4286-1.4467	0.233594906865	134	0.190991515589	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.9644886364
1.4467-1.4658	0.219893928055	145	0.194888883337	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.8557518933
1.4658-1.4858	0.214775998073	135	0.193555414818	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.9644760213
1.4858-1.5071	0.214255284878	131	0.185937037945	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.9636363636
1.5071-1.5296	0.212837421298	143	0.185817397929	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.9290276792
1.5296-1.5535	0.21589407242	151	0.179792438557	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.9278499278
1.5535-1.5789	0.209030469735	154	0.173312089991	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.9284948159
1.5789-1.6062	0.195656817429	148	0.168535551764	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.7855611151
1.6062-1.6354	0.189236378811	119	0.16975947108	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.6788008565
1.6354-1.6668	0.168089107275	144	0.166312310456	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.9290276792
1.6668-1.7009	0.182651953404	131	0.167195568336	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7009-1.7378	0.180726045129	132	0.169366726044	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7378-1.7783	0.161838623451	135	0.165903980896	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7783-1.8227	0.196298683441	135	0.168016177359	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8227-1.872	0.17638886083	141	0.166383329913	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.872-1.9271	0.174687850521	135	0.166743236069	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9271-1.9893	0.195457899643	143	0.174458730388	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9893-2.0604	0.187279708941	118	0.170336569745	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0604-2.1429	0.178141295477	139	0.166094237495	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.9286987522
2.1429-2.2404	0.201980598316	148	0.165908636481	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2404-2.3585	0.181497957052	149	0.169590629459	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3585-2.5063	0.191719554669	159	0.167447483984	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.9649491763
2.5063-2.6998	0.187735167824	147	0.17074738059	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6998-2.9714	0.197636624779	145	0.167420677041	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9714-3.4012	0.174398639814	128	0.168653687087	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4012-4.2846	0.165502219563	159	0.145946825151	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.8968717772
4.2846-42.9865271785	0.157271930094	153	0.148676302466	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.7714658831

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