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- PDB-6ulx: Adenylation domain of a keto acid-selecting NRPS module bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulx
タイトルAdenylation domain of a keto acid-selecting NRPS module bound to keto acyl adenylate space group P43212
要素Amino acid adenylation domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / NRPS / Nonribosomal peptide synthetase / non-ribosomal peptide synthetase / adenylation / adenylation domain / depsipeptide / cereulide / valinomycin / natural product / adenylate / keto acid / ketoacid
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Non-ribosomal peptide synthase / ANL, C-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain ...Non-ribosomal peptide synthase / ANL, C-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QA7 / Amino acid adenylation domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stratosphericus LAMA 585 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Alonzo, D.A. / Chiche-Lapierre, C. / Schmeing, T.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of keto acid utilization in nonribosomal depsipeptide synthesis.
著者: Alonzo, D.A. / Chiche-Lapierre, C. / Tarry, M.J. / Wang, J. / Schmeing, T.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
#3: ジャーナル: J Appl Crystallogr / 年: 2007
タイトル: Phaser crystallographic software.
著者: McCoy, A.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Adams, P.D. / Winn, M.D. / Storoni, L.C. / Read, R.J.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid adenylation domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,02919
ポリマ－63,9361
非ポリマー2,09218
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area24510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.274, 103.274, 172.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-573-

CYS

21A-853-

HOH

31A-859-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Amino acid adenylation domain-containing protein / WP_007498213


分子量: 63936.355 Da / 分子数: 1 / 断片: first adenylation domain (UNP residues 83-649) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stratosphericus LAMA 585 (バクテリア)
遺伝子: C883_1060 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M5R382
#2: 化合物 ChemComp-QA7 / 5'-O-{(S)-hydroxy[(4-methyl-2-oxopentanoyl)oxy]phosphoryl}adenosine


分子量: 459.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22N5O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 22.5% v/v glycerol, 3% w/v trimethylamine N-oxide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→88.42 Å / Num. obs: 41902 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 43.67 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4027 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.593

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→73.03 Å / SU ML: 0.2767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4049
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 1905 4.56 %
Rwork0.2216 --
obs0.2228 41750 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→73.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 116 59 4471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.576119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.73312603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.360.34411340.30792782X-RAY DIFFRACTION99.02
2.36-2.430.31151320.28872785X-RAY DIFFRACTION99.12
2.43-2.50.31831330.26952770X-RAY DIFFRACTION99.18
2.5-2.580.30821350.26452806X-RAY DIFFRACTION99.12
2.58-2.670.26171320.24962790X-RAY DIFFRACTION99.62
2.67-2.780.29371360.24082818X-RAY DIFFRACTION99.53
2.78-2.90.29111330.23812778X-RAY DIFFRACTION98.48
2.9-3.060.2631350.23832848X-RAY DIFFRACTION99.63
3.06-3.250.27591350.2412838X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-3.50.27281370.22992848X-RAY DIFFRACTION99.93
3.5-3.850.24841370.20992883X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-4.410.22341380.19212871X-RAY DIFFRACTION99.57
4.41-5.560.19131400.18632936X-RAY DIFFRACTION100
5.56-73.030.23361480.22023092X-RAY DIFFRACTION99.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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