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万見
- PDB-6uiy: Artificial Iron Proteins: Modelling the Active Sites in Non-Heme ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uiy
タイトルArtificial Iron Proteins: Modelling the Active Sites in Non-Heme Dioxygenases
要素Streptavidin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Biotin binding artificial metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-QG1 / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.-S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. ...Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.-S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sauter, N.K. / Kern, J. / Yano, J. / Green, M.T. / Ward, T.R. / Borovik, A.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM120349 米国
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: Artificial Iron Proteins: Modeling the Active Sites in Non-Heme Dioxygenases.
著者: Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sauter, N.K. / ...著者: Miller, K.R. / Paretsky, J.D. / Follmer, A.H. / Heinisch, T. / Mittra, K. / Gul, S. / Kim, I.S. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Sutherlin, K.D. / Brewster, A.S. / Bhowmick, A. / Sauter, N.K. / Kern, J. / Yano, J. / Green, M.T. / Ward, T.R. / Borovik, A.S.
履歴
登録2019年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1964
ポリマ－16,5531
非ポリマー6433
水2,126118
1
A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,78216
ポリマ－66,2124
非ポリマー2,57012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.740, 57.740, 184.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

ACT

21A-301-

HOH

31A-331-

HOH

41A-404-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 16552.965 Da / 分子数: 1 / 変異: E101Q, S112E, K121A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-QG1 / {5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-N-(2-{[(pyridin-2-yl)methyl][(pyridin-2-yl-kappaN)methyl]amino-kappaN}ethyl)pentanamide}iron(2+)


分子量: 524.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32FeN6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 26 mg/mL protein, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月12日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→55.1 Å / Num. obs: 27259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 21.6 / Num. measured all: 351473 / Scaling rejects: 745
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.499.60.5011263713170.9280.170.5294100
8.04-55.110.20.0521862150.9970.0170.05335.998.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QCB

2qcb


解像度: 1.47→55.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.057
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1768 1383 5.1 %RANDOM
Rwork0.1528 ---
obs0.154 25837 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.08 Å2 / Biso mean: 17.436 Å2 / Biso min: 6.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→55.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 75 118 1128
Biso mean--22.87 31.27 -
残基数----125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0131096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0380.018877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4341.7271499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7251.5722027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9765136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.29822.15751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0815143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.426156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02239
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.506 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 102 -
Rwork0.204 1879 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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