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- PDB-6ufp: Structure of proline utilization A with the FAD covalently modifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ufp
タイトルStructure of proline utilization A with the FAD covalently modified by L-thiazolidine-2-carboxylate and three cysteines (Cys46, Cys470, Cys638) modified to S,S-(2-HYDROXYETHYL)THIOCYSTEINE
要素(Bifunctional protein ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / proline biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase ...Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / (2S)-1,3-thiazolidine-2-carboxylic acid / Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.737 Å
データ登録者Campbell, A.C. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061068 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Covalent Modification of the Flavin in Proline Dehydrogenase by Thiazolidine-2-Carboxylate.
著者: Campbell, A.C. / Becker, D.F. / Gates, K.S. / Tanner, J.J.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PutA
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,35318
ポリマ－264,3042
非ポリマー4,04916
水21,9601219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, see PDB 5KF6
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10440 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area79950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.424, 102.108, 126.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Bifunctional protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional protein PutA


分子量: 132113.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (strain SM11) (根粒菌)
株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
#2: タンパク質 Bifunctional protein PutA


分子量: 132190.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (strain SM11) (根粒菌)
株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 1235分子

#3: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-T2C / (2S)-1,3-thiazolidine-2-carboxylic acid / (2S)-2β-チアゾリジンカルボン酸


分子量: 133.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG-3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MgCl2, 0.1M HEPES, 0.1M Na formate, 10mM NAD+, 50mM T2C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.737→121.5 Å / Num. obs: 251763 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.74-1.773.51.21640513115590.4410.7421.431192.3
9.51-121.53.90.02617415960.9990.0110.02355.197.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3120精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5KF6

5kf6


解像度: 1.737→121.495 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1998 12306 4.89 %
Rwork0.1677 239367 -
obs0.1693 251673 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.63 Å2 / Biso mean: 40.5359 Å2 / Biso min: 19.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.737→121.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17656 0 251 1219 19126
Biso mean--47.06 42.07 -
残基数----2394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.737-1.75660.34853760.3108711089
1.7566-1.77720.33953850.3011799399
1.7772-1.79890.31114080.2857788198
1.7989-1.82170.29994220.26158039100
1.8217-1.84570.28454240.2388069100
1.8457-1.8710.28143890.248003100
1.871-1.89770.2764630.24077995100
1.8977-1.9260.31093920.2472803099
1.926-1.95610.26594140.22498007100
1.9561-1.98820.23093930.20428064100
1.9882-2.02250.24494280.19578005100
2.0225-2.05930.23864370.19638041100
2.0593-2.09890.23854170.1985789599
2.0989-2.14170.24474070.193799599
2.1417-2.18830.21744020.1855790098
2.1883-2.23920.23563880.18188069100
2.2392-2.29520.23234050.1827801299
2.2952-2.35730.21474010.17998109100
2.3573-2.42660.2384300.18218013100
2.4266-2.5050.22524390.17888015100
2.505-2.59450.21813880.18028062100
2.5945-2.69840.21323980.1772802399
2.6984-2.82120.21824180.1809795898
2.8212-2.96990.2134090.188015100
2.9699-3.1560.20144340.1786802599
3.156-3.39970.19394000.1698803599
3.3997-3.74190.18563890.153797798
3.7419-4.28340.15293970.1281793997
4.2834-5.39660.14534230.1214801898
5.3966-121.4950.15954300.1409807098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86570.00980.30470.24240.02770.3743-0.0392-0.0446-0.00760.05360.04880.0008-0.0121-0.0066-0.00920.26090.01180.02020.19940.01480.226-25.807966.221893.5077
20.2496-0.03520.11910.4771-0.08060.60380.0188-0.04190.00020.10310.0352-0.00440.0635-0.0839-0.05520.19020.0068-0.00630.2258-0.01570.20435.868331.311691.4244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 14 through 1231)A14 - 1231
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 14 through 1231)B14 - 1231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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