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万見
- PDB-6vz9: Structure of proline utilization A with the FAD covalently modifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vz9
タイトルStructure of proline utilization A with the FAD covalently modified by L-thiazolidine-2-carboxylate
要素Bifunctional protein PutA
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / : / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase ...Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / (2S)-1,3-thiazolidine-2-carboxylic acid / Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Campbell, A.C. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061068 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Covalent Modification of the Flavin in Proline Dehydrogenase by Thiazolidine-2-Carboxylate.
著者: Campbell, A.C. / Becker, D.F. / Gates, K.S. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PutA
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,16120
ポリマ－263,9232
非ポリマー4,23818
水42,6232366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10950 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area78790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.961, 102.104, 126.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional protein PutA


分子量: 131961.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (strain SM11) (根粒菌)
株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

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非ポリマー , 8種, 2384分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-T2C / (2S)-1,3-thiazolidine-2-carboxylic acid


分子量: 133.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG-3350, 0.2M AMMONIUM SULFATE, REMARK 280 0.1M MGCL2, 0.1M HEPES, 0.1M NA FORMATE, 10MM NAD+, 50MM thiazolidine-2-carboxylate, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→48.44 Å / Num. obs: 708036 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 1321174 / Scaling rejects: 302
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.377 / Num. measured all: 53582 / Num. unique obs: 17048 / CC1/2: 0.354 / Rpim(I) all: 0.916 / Rrim(I) all: 1.663 / Net I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5KF6

5kf6


解像度: 1.52→48.44 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 22.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 35301 4.99 %
Rwork0.18 672735 -
obs0.181 708036 95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.19 Å2 / Biso mean: 24.44 Å2 / Biso min: 8.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.52→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18096 0 269 2366 20731
Biso mean--26.63 31.02 -
残基数----2434
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.52-1.53730.35229800.3386176581863875
1.5373-1.55540.345911370.3221208152195288
1.5554-1.57430.326511500.3125235152466599
1.5743-1.59430.322913230.3001232782460199
1.5943-1.61520.310111790.2948234532463299
1.6152-1.63740.311811780.2879233312450999
1.6374-1.66080.286712760.2758234472472399
1.6608-1.68560.293712250.2713233512457699
1.6856-1.71190.297612350.2654229862422197
1.7119-1.740.268811380.2535222262336494
1.74-1.770.274312350.2453220862332194
1.77-1.80220.258711700.2398221532332394
1.8022-1.83680.266211660.2352222452341194
1.8368-1.87430.244211610.2221219952315694
1.8743-1.91510.245610780.2151220712314993
1.9151-1.95960.239211940.2049221282332294
1.9596-2.00860.236411740.1942231752434998
2.0086-2.06290.236712170.192229622417997
2.0629-2.12360.20711710.1803231812435298
2.1236-2.19220.20112510.1683230292428098
2.1922-2.27050.204712330.1669226432387696
2.2705-2.36140.198312330.1645229652419897
2.3614-2.46890.206412050.1619229622416797
2.4689-2.59910.196211230.1646228492397296
2.5991-2.76190.196112180.1656224802369895
2.7619-2.97510.182411670.1608223032347095
2.9751-3.27440.182310870.1625220402312793
3.2744-3.74810.169510940.1474216172271191
3.7481-4.72160.140812020.122216052280792
4.7216-48.440.15911010.1335221862328794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7301-0.02170.22790.0776-0.0410.1548-0.0436-0.11080.01370.02870.03630.019-0.0236-0.03760.00510.1430.02050.01560.10710.00090.1196-25.592465.448492.938
20.1901-0.00110.07860.2304-0.04440.39830.0161-0.035-0.00870.0460.00110.00350.0417-0.0865-0.01950.1006-0.00270.00290.1083-0.01060.1065.614530.83691.7888
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND PEPTIDEA14 - 1223
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND PEPTIDEB14 - 1223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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