PDB-6u09: Discovery of Lysine-Targeted eIF4E Inhibitors through Covalent Docking

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6u09

タイトル

Discovery of Lysine-Targeted eIF4E Inhibitors through Covalent Docking

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION/INHIBITOR / cap-binding site / anti-neoplastic / inhibitor / translation initiation blocking / TRANSLATION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Wan, X.B. / Shoichet, B.K. / Taunton, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Lysine-Targeted eIF4E Inhibitors through Covalent Docking.
著者: Wan, X. / Yang, T. / Cuesta, A. / Pang, X. / Balius, T.E. / Irwin, J.J. / Shoichet, B.K. / Taunton, J.

履歴

登録	2019年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6u09.cif.gz	316.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6u09.ent.gz	257.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6u09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6u06C 4dt6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u06-2 6md3-1 6md3-2 5gw6-d 1ejh-3 5m81-1 6md3-4 2fbe-2 2j0v-4 1ayk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

90.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

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3

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.100, 38.240, 147.790
Angle α, β, γ (deg.)	95.500, 87.280, 101.850
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: covalent lysine inhibitor / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物	ChemComp-EI9 / 3-{(1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-7-yl)[(pyridin-4-yl)methyl]sulfamoyl}benzene-1-sulfonyl fluoride 分子量: 473.497 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₆FN₃O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.2 / 詳細: HEPES, MPD, PEG 6K, NDSB-256

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12011 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.12011 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.13→146.99 Å / Num. obs: 202752 / % possible obs: 66.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 28.59 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 674897 / Scaling rejects: 13

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all	CC_1/2
1.13-1.15	1.7	2.293	270	158	1.981	3.047	0.4	1
6.17-146.99	3.8	0.027	6827	1816	0.016	0.031	32.8	97.4	0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	phenix-1.13-2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DT6

4dt6

解像度: 1.79→73.525 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2383	3466	4.83 %
R_work	0.1908	68306	-
obs	0.193	71772	93.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.01 Å² / B_iso mean: 43.6788 Å² / B_iso min: 15.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.79→73.525 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5896	0	124	243	6263
B_iso mean	-	-	79.58	41.74	-
残基数	-	-	-	-	730

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.79-1.8146	0.387	131	0.3269	2739	91
1.8146-1.8405	0.3592	112	0.3149	2625	91
1.8405-1.868	0.3419	144	0.3036	2619	91
1.868-1.8971	0.3316	131	0.2784	2760	92
1.8971-1.9282	0.2826	140	0.2758	2651	92
1.9282-1.9615	0.3027	143	0.2561	2625	92
1.9615-1.9972	0.2563	151	0.2407	2769	93
1.9972-2.0356	0.3073	161	0.2307	2623	93
2.0356-2.0771	0.2531	114	0.217	2691	92
2.0771-2.1223	0.2514	110	0.216	2854	94
2.1223-2.1717	0.257	149	0.2091	2637	93
2.1717-2.226	0.262	130	0.21	2778	94
2.226-2.2862	0.2302	131	0.1978	2740	94
2.2862-2.3535	0.2442	145	0.1945	2697	94
2.3535-2.4294	0.2365	152	0.1925	2748	95
2.4294-2.5163	0.2577	172	0.1982	2730	94
2.5163-2.617	0.2775	139	0.1948	2721	95
2.617-2.7361	0.2483	165	0.1895	2788	95
2.7361-2.8804	0.2488	117	0.1954	2772	95
2.8804-3.0608	0.2509	118	0.1828	2758	95
3.0608-3.2972	0.2286	137	0.1807	2790	95
3.2972-3.629	0.2097	128	0.1734	2774	95
3.629-4.1541	0.2121	156	0.1592	2805	96
4.1541-5.2335	0.194	141	0.1592	2773	96
5.2335-73.525	0.2271	149	0.1812	2839	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0671	0.6992	-2.8952	5.3586	0.3364	2.8957	-0.168	0.1108	-0.3446	-0.3574	0.2635	-0.6712	0.0737	0.7708	-0.1053	0.3227	0.0873	-0.0171	0.3752	-0.1061	0.4187	24.5491	-11.8262	7.3469
2	9.9529	-1.3575	-1.302	0.6136	0.4143	0.6321	-0.0795	0.3886	-0.2459	-0.0264	-0.128	0.3818	0.0518	-0.4415	0.1726	0.2571	-0.0021	-0.0121	0.3276	-0.0628	0.4325	-3.8139	-2.893	15.039
3	7.701	-0.4524	-4.2771	0.0681	0.1966	2.6172	0.0724	0.5102	0.1124	0.0256	-0.2437	0.5583	-0.2958	-0.6703	0.2336	0.2618	-0.041	-0.0337	0.2528	-0.136	0.5462	1.1537	-6.9852	12.0786
4	2.7375	-0.6995	-0.9348	2.705	0.3024	3.1442	-0.0239	0.1708	-0.1545	-0.1525	-0.0173	0.262	-0.1462	-0.1752	0.0266	0.2002	-0.0199	-0.0305	0.1627	-0.0247	0.2468	8.6493	0.4793	10.4727
5	6.7869	0.6974	-2.0322	3.5575	0.5678	2.264	-0.0637	-0.0713	-0.5168	0.593	0.0111	0.2895	0.5426	-0.6825	0.0421	0.3824	0.0144	0.0766	0.2466	0.0328	0.3031	2.6443	-10.9147	25.8141
6	1.7089	-0.1894	-0.5032	2.5913	-0.0976	3.0777	-0.0204	-0.2242	0.0618	0.3278	0.0439	-0.0015	-0.1244	0.1253	-0.0073	0.2114	-0.0033	-0.0102	0.1449	-0.0309	0.219	12.2217	3.8412	25.5615
7	0.9328	2.382	-0.0355	6.1739	0.612	4.2433	0.2501	-0.4991	0.8436	0.8388	-0.3587	1.1292	-0.276	-0.822	-0.0597	0.4124	0.0138	0.116	0.3081	-0.0625	0.4049	5.1775	1.0463	35.9222
8	4.6655	-0.9382	1.6749	5.229	-3.4389	4.2509	0.4116	-0.1168	-0.32	0.1198	-0.6095	-0.4952	0.7003	0.3775	-0.1521	0.2895	-0.004	-0.1023	0.3693	0.0422	0.4253	38.9964	4.4646	68.9868
9	1.3897	-2.033	-0.2987	6.4344	-0.2036	0.503	-0.0011	0.1381	0.4627	0.2073	-0.2131	-0.2212	-0.3133	-0.1166	0.2367	0.2598	0.0051	-0.0627	0.2907	-0.005	0.424	27.097	28.4005	62.5589
10	3.0392	-0.0139	0.2975	2.3097	-0.7658	3.4112	-0.0197	-0.2906	0.0316	0.2151	-0.0161	0.1042	-0.269	-0.19	0.0472	0.1573	-0.0009	-0.0314	0.212	-0.0237	0.2287	24.1768	17.0557	66.2749
11	2.3384	1.0007	0.1522	4.4343	-0.972	9.2359	-0.1596	0.1362	0.3971	-0.098	0.0726	-0.2308	-0.9928	-0.048	0.121	0.2602	-0.0634	0.0114	0.2742	0.0475	0.343	33.8765	24.9385	50.7605
12	2.877	-0.1511	-1.7866	0.8052	0.0497	2.4874	0.0226	0.1665	0.3615	-0.1843	0.0045	0.4807	-0.113	-0.5353	-0.0367	0.2072	-0.0405	-0.0332	0.4155	-0.023	0.3584	12.6298	16.169	53.5291
13	2.0044	0.1347	0.0447	2.7173	-0.4079	3.198	-0.0042	0.2344	0.0166	-0.2628	-0.0616	-0.0613	0.1143	-0.0256	0.0764	0.1421	-0.0144	-0.015	0.2127	-0.0022	0.2241	25.19	14.1955	53.1952
14	7.624	0.2778	-2.795	4.7504	-0.4003	5.2126	0.1018	0.9028	-0.2673	-0.3838	-0.0918	0.0559	0.4299	-0.5336	0.0917	0.3272	-0.0161	-0.0268	0.2756	-0.092	0.2	25.1348	7.103	45.1771
15	4.3332	2.5929	-0.8205	3.2929	-0.9467	3.6627	-0.1906	0.6737	0.2436	-0.5219	0.3438	0.2647	0.0998	-0.172	-0.1826	0.2781	-0.0381	-0.0578	0.3824	-0.0001	0.3029	19.6522	15.6772	42.6426
16	3.1995	0.2425	-0.2452	3.0754	-0.0745	3.9747	0.316	-0.6775	-0.3492	0.2408	-0.2543	0.0221	-0.0129	0.4154	-0.0357	0.2029	0.0645	-0.0419	0.4152	0.0207	0.3123	14.1771	9.8796	81.1133
17	3.9284	3.0713	0.6512	8.1236	0.3248	0.8103	0.0348	-0.2623	-1.0391	0.0986	-0.2231	0.1308	0.5716	0.4463	0.1067	0.3345	0.1052	0.0392	0.5783	0.0612	0.5822	10.4216	-2.0871	83.5981
18	1.9753	0.2588	-0.3125	2.017	-0.7716	2.7335	-0.0127	-0.1053	-0.3974	-0.0718	0.1415	0.0859	0.2448	-0.2298	-0.1144	0.2099	-0.028	-0.0186	0.4744	0.0591	0.2945	5.0372	8.12	81.0677
19	2.5189	-0.3807	-2.2301	5.3271	-0.8901	2.2458	0.0458	-0.4857	-0.2509	0.5227	-0.0418	-0.1217	0.6493	0.295	-0.0014	0.4211	-0.0251	-0.0913	0.7841	0.1685	0.3866	15.0439	0.1936	96.9479
20	5.9403	-1.2919	4.2239	1.9836	-1.3275	4.0208	0.1644	-0.5103	-0.1644	0.1952	0.0724	0.5075	0.2005	-0.4491	-0.2913	0.3441	-0.0222	0.0446	0.8175	0.0751	0.4068	-6.3551	9.0526	93.7887
21	1.878	-0.1419	-0.5235	2.8261	-0.5063	3.1672	0.0981	-0.7535	-0.1344	0.363	-0.0099	0.0447	-0.4569	-0.1591	-0.0481	0.2866	-0.0021	0.0299	0.5954	0.039	0.2453	7.3409	14.1658	92.0456
22	3.111	0.0651	0.8112	2.5303	-0.3771	3.0891	-0.0035	-0.8367	0.0536	0.6861	-0.0516	0.3257	-0.0578	-0.202	0.0125	0.3669	-0.0255	0.0647	0.7048	0.042	0.2777	3.3888	10.5511	101.8306
23	4.9179	0.2496	-3.0165	4.3571	-2.7199	3.8756	-0.242	0.122	-0.2818	-0.3961	0.2853	0.1215	0.4918	-0.7926	-0.114	0.4536	-0.0561	-0.0808	0.3409	-0.0289	0.2424	4.3965	3.1499	-1.3727
24	7.7313	3.4415	0.0944	5.6875	0.0705	3.6736	-0.0665	0.3894	0.2832	-0.7533	0.0037	-1.2504	0.1696	0.9601	-0.0454	0.3835	0.0724	0.1658	0.4102	0.029	0.598	26.1842	22.5711	-8.31
25	2.212	0.6417	-0.7263	3.5645	-0.5985	2.2529	0.0687	-0.1949	0.1012	-0.1408	-0.1031	-0.2487	-0.0989	0.2026	0.0166	0.4315	0.0472	0.0146	0.2053	-0.0085	0.2455	14.5889	19.8476	-4.165
26	5.9314	-0.2981	-0.5383	1.5843	0.3063	1.9329	-0.0724	0.5105	0.2771	-0.8459	0.1649	-0.7493	0.354	1.0318	-0.0921	0.7812	0.0471	0.2154	0.4446	-0.0329	0.4743	23.0984	12.9088	-20.2626
27	0.7986	0.023	-0.3712	1.0827	0.0401	2.0321	0.2589	0.1197	0.3174	-0.5652	-0.2768	-0.0837	-0.4064	-0.1768	-0.1014	0.8845	0.0426	0.0472	0.251	0.0245	0.3905	9.9335	31.9026	-17.0371
28	2.9628	-0.5084	0.2873	0.8973	0.8981	3.6913	0.0147	0.3445	-0.0685	-1.1578	0.0811	-0.1202	0.1657	-0.4826	-0.0126	0.6556	-0.0422	-0.01	0.2537	-0.0044	0.2155	7.9477	17.6526	-15.199
29	3.0667	-0.66	0.132	0.1732	0.053	1.1176	-0.0044	0.5474	0.472	-1.3599	-0.1763	-0.4921	0.1177	0.3307	-0.4393	1.1341	0.0005	0.2221	0.3315	0.0572	0.1379	15.7462	22.6354	-21.2309
30	3.341	0.5137	-1.7063	1.6998	1.0976	2.2002	0.5805	0.6949	0.1021	-1.4606	0.1316	0.764	0.4041	-0.9005	0.0732	0.9845	0.0633	-0.1899	0.4729	0.0655	0.2288	3.0046	21.7069	-24.4959
31	3.7547	-2.5677	1.9788	3.3841	-0.2196	1.9449	0.3196	0.5902	0.2187	-1.0686	-0.346	-0.7139	-0.2186	0.7723	0.0387	1.0355	0.048	0.108	0.5884	0.0883	0.259	16.0421	22.7317	-29.7538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 42 )	A	30 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 56 )	A	43 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 66 )	A	57 - 66
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 95 )	A	67 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 96 through 110 )	A	96 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 111 through 195 )	A	111 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 217 )	A	196 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 31 through 42 )	B	31 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 66 )	B	43 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 67 through 95 )	B	67 - 95
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 110 )	B	96 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 111 through 125 )	B	111 - 125
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 126 through 172 )	B	126 - 172
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 173 through 186 )	B	173 - 186
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 187 through 217 )	B	187 - 217
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 28 through 55 )	C	28 - 55
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 56 through 66 )	C	56 - 66
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 67 through 95 )	C	67 - 95
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 96 through 110 )	C	96 - 110
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 111 through 125 )	C	111 - 125
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 126 through 155 )	C	126 - 155
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 156 through 217 )	C	156 - 217
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 29 through 42 )	D	29 - 42
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 43 through 60 )	D	43 - 60
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 61 through 95 )	D	61 - 95
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 96 through 110 )	D	96 - 110
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 111 through 125 )	D	111 - 125
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 126 through 155 )	D	126 - 155
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 156 through 172 )	D	156 - 172
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 173 through 195 )	D	173 - 195
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 196 through 217 )	D	196 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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