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- PDB-6tom: Crystal structure of human BCL6 BTB domain in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tom
タイトルCrystal structure of human BCL6 BTB domain in complex with compound 1
要素B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / Cancer / Lymphoma / Inhibitor / Degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / pyramidal neuron differentiation / regulation of immune system process / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / heterochromatin formation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / protein localization / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NQZ / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rodrigues, M.J. / Le Bihan, Y.-V. / van Montfort, R.L.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC309/A11566 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: AchievingIn VivoTarget Depletion through the Discovery and Optimization of Benzimidazolone BCL6 Degraders.
著者: Bellenie, B.R. / Cheung, K.J. / Varela, A. / Pierrat, O.A. / Collie, G.W. / Box, G.M. / Bright, M.D. / Gowan, S. / Hayes, A. / Rodrigues, M.J. / Shetty, K.N. / Carter, M. / Davis, O.A. / ...著者: Bellenie, B.R. / Cheung, K.J. / Varela, A. / Pierrat, O.A. / Collie, G.W. / Box, G.M. / Bright, M.D. / Gowan, S. / Hayes, A. / Rodrigues, M.J. / Shetty, K.N. / Carter, M. / Davis, O.A. / Henley, A.T. / Innocenti, P. / Johnson, L.D. / Liu, M. / de Klerk, S. / Le Bihan, Y.V. / Lloyd, M.G. / McAndrew, P.C. / Shehu, E. / Talbot, R. / Woodward, H.L. / Burke, R. / Kirkin, V. / van Montfort, R.L.M. / Raynaud, F.I. / Rossanese, O.W. / Hoelder, S.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1945
ポリマ－16,4991
非ポリマー6954
水1,71195
1
A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子

A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,38810
ポリマ－32,9982
非ポリマー1,3908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area5100 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.279, 67.279, 166.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 16498.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / プラスミド: pET48b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P41182
#2: 化合物 ChemComp-NQZ / 5-[[2-[(3~{S},5~{R})-4,4-bis(fluoranyl)-3,5-dimethyl-piperidin-1-yl]-5-chloranyl-pyrimidin-4-yl]amino]-1-methyl-3-(3-methyl-3-oxidanyl-butyl)benzimidazol-2-one


分子量: 508.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31ClF2N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 microliter of BCL6-BTB at 10 mg/mL plus 1.5 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Tris pH 7.5 and 0.80 M Na/K Tartrate, against 300 microliter of crystallisation solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.72 Å / Num. obs: 18447 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 41.91 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 221388 / Scaling rejects: 153
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.9412.72.0211471511590.5580.5852.1060.9100
9.11-47.72100.03523142320.9990.0110.03642.499.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BIM

3bim


解像度: 1.9→18.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU R Cruickshank DPI: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 944 5.15 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.198 18347 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.37 Å2 / Biso mean: 49.9 Å2 / Biso min: 24.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1784 Å20 Å20 Å2
2---1.1784 Å20 Å2
3---2.3568 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→18.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 0 47 102 1179
Biso mean--66.04 60.7 -
残基数----131
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d409SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes210HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1138HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion152SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies11HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1456SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1138HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1542HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.98
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1787 21 5.37 %
Rwork0.1961 370 -
all0.1951 391 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.02344.2995-1.14233.2979-3.84246.934-0.02560.29410.1033-0.18380.0315-0.4694-0.07910.2721-0.0059-0.1184-0.0614-0.00530.02750.09850.0257-19.468530.15311.9681
24.91071.5967-0.73192.2332-1.07813.88230.217-0.28810.39910.34480.010.3972-0.3702-0.1625-0.2270.01550.02680.0117-0.0450.02850.0654-36.150625.282118.3297
33.83980.8198-3.84511.75431.130200.0538-0.5804-0.07420.48830.0840.28910.1724-0.2651-0.1378-0.0193-0.0510.0508-0.02170.0613-0.0649-39.503313.762729.8376
44.1411.5876-0.73115.0924-2.6125.326-0.07890.2171-0.3522-0.14440.040.00360.48820.01340.03890.0268-0.0173-0.0226-0.09490.01720.0344-31.89599.554718.864
51.07720.10071.83232.20792.59450.70460.0487-0.0681-0.1183-0.1287-0.0815-0.01960.1344-0.33760.03280.2146-0.0954-0.1367-0.01990.05550.0586-38.99151.689216.4818
62.83020.7611-0.71773.2524-0.77122.70160.2698-0.2732-0.07910.6737-0.1250.06830.0947-0.0059-0.1447-0.0416-0.0774-0.0412-0.16010.0425-0.1098-32.368813.283129.595
72.5224-0.49170.464-1.22043.62852.09970.2409-0.36770.35230.2795-0.2005-0.4085-0.0401-0.0875-0.04030.1156-0.1422-0.1156-0.02690.04020.0256-21.804821.862833.3366
82.4392.0854-0.83774.9809-0.8092.37690.0837-0.2634-0.25590.5822-0.381-0.46170.13450.32280.2973-0.0689-0.0416-0.117-0.18620.1079-0.0557-23.423410.09330.7709
910.0488-0.9702-1.65846.4763-2.33410.0203-0.06830.2318-0.19670.0595-0.0536-0.4682-0.0580.07730.12190.02450.0075-0.08140.03370.12850.2708-13.384414.436530.8167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|-1 - 13}A-1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2{A|14 - 33}A14 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3{A|34 - 46}A34 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4{A|47 - 61}A47 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5{A|62 - 68}A62 - 68
6X-RAY DIFFRACTION6{A|69 - 92}A69 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7{A|93 - 101}A93 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8{A|102 - 114}A102 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9{A|115 - 129}A115 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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