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- PDB-6tl9: CRYSTAL STRUCTURE OF LECTIN-LIKE OX-LDL RECEPTOR 1 IN COMPLEX WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tl9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LECTIN-LIKE OX-LDL RECEPTOR 1 IN COMPLEX WITH BI-0115
要素Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LOX-1 / OLR1 / CTLD / C-TYPE LECTIN LIKE DOMAIN / SCAVENGER RECEPTOR / OXLDL BINDING / PPI STABILIZATION / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex ...low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / blood circulation / leukocyte cell-cell adhesion / immune system process / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / carbohydrate binding / receptor complex / inflammatory response / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ly49-like, N-terminal / Ly49-like protein, N-terminal region / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NJT / Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.734 Å
データ登録者Nar, H. / Fiegen, D. / Schnapp, G.
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: A small-molecule inhibitor of lectin-like oxidized LDL receptor-1 acts by stabilizing an inactive receptor tetramer state
著者: Nar, H. / Fiegen, D. / Schnapp, G.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
B: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
C: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
D: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
E: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
F: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
G: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
H: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,27913
ポリマ－123,0368
非ポリマー1,2435
水3,423190
1
A: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
B: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
C: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
D: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1857
ポリマ－61,5184
非ポリマー6683
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
F: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
G: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
H: Oxidized low-density lipoprotein receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0936
ポリマ－61,5184
非ポリマー5752
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.816, 62.211, 116.331
Angle α, β, γ (deg.)90, 93.99, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Oxidized low-density lipoprotein receptor 1 / Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / ...Ox-LDL receptor 1 / C-type lectin domain family 8 member A / Lectin-like oxidized LDL receptor 1 / hLOX-1 / Lectin-type oxidized LDL receptor 1


分子量: 15379.451 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLR1, CLEC8A, LOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P78380
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-NJT / 9-chloranyl-5-propyl-11~{H}-pyrido[2,3-b][1,4]benzodiazepin-6-one


分子量: 287.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7.5, 30% PEG MME 2000 and 0.15 M KBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.734→75.225 Å / Num. obs: 27991 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.734→2.743 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 305 / Rpim(I) all: 0.216 / Rrim(I) all: 0.388 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (3-OCT-2019)精密化
autoPROCデータ削減
XDSMarch 1, 20データ削減
autoPROC1.1.6データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ypu

1ypu


解像度: 2.734→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.368
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 1424 -RANDOM
Rwork0.2218 ---
obs0.2231 27986 97.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9211 Å20 Å21.4334 Å2
2--7.6788 Å20 Å2
3----19.5999 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.734→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8352 0 86 190 8628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0068749HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7511907HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2856SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1446HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8749HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1062SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6174SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.24
LS精密化 シェル解像度: 2.734→2.752 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3967 22 -
Rwork0.2888 --
obs--99.82 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.19271.1054-0.5497.0138-2.56848.7134-0.0167-0.0217-0.5688-0.02170.12520.4338-0.56880.4338-0.1085-0.3478-0.1544-0.0293-0.283-0.0281-0.085625.5455-31.7258-44.8195
22.4036-1.6939-1.82118.7517-0.75132.9868-0.08860.02670.58570.02670.070.13350.58570.13350.0186-0.092-0.0307-0.0739-0.33020.12810.208214.5908-58.0961-39.3009
38.3628-2.14161.37497.44981.75585.57680.0320.0576-0.38080.0576-0.0577-0.2028-0.3808-0.20280.0257-0.1946-0.05930.00310.0188-0.0006-0.3055-7.5793-37.264-39.9985
47.47561.5312-0.20035.66461.4467.09380.04580.0630.57340.0630.1298-0.33320.5734-0.3332-0.1755-0.2374-0.2203-0.1185-0.34890.06430.2317-18.2631-63.4599-46.4737
58.23930.8536-1.40855.34383.47787.88550.0151-0.018-0.5959-0.018-0.0708-0.5347-0.5959-0.53470.0557-0.3355-0.0458-0.0060.35810.078-0.3419-63.7513-59.8623-11.5638
66.9732-0.5842-0.56256.79010.55853.19810.01450.13440.26070.13440.0373-0.01730.2607-0.0173-0.0518-0.2789-0.0784-0.08450.25350.0648-0.3032-37.7534-70.9366-18.0474
75.4253-1.39381.62977.2913-0.30993.714-0.0443-0.1912-0.1869-0.19120.0579-0.1909-0.1869-0.1909-0.0136-0.19730.0361-0.03570.12890.0577-0.222-36.8285-40.2856-18.5466
88.75431.79792.14454.0672-2.52958.31320.0246-0.30.4738-0.30.06830.19670.47380.1967-0.0929-0.344-0.0487-0.01990.2004-0.0391-0.2957-10.5095-51.2083-13.0136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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