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万見
- PDB-6tl2: Crystal structure of Eremococcus coleocola manganese transporter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tl2
タイトルCrystal structure of Eremococcus coleocola manganese transporter in complex with an aromatic bis-isothiourea substituted compound
要素Divalent metal cation transporter MntH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NJZ / Divalent metal cation transporter MntH
類似検索 - 構成要素
生物種Eremococcus coleocola ACS-139-V-Col8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Manatschal, C. / Dutzler, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Mechanistic basis of the inhibition of SLC11/NRAMP-mediated metal ion transport by bis-isothiourea substituted compounds.
著者: Manatschal, C. / Pujol-Gimenez, J. / Poirier, M. / Reymond, J.L. / Hediger, M.A. / Dutzler, R.
履歴
登録2019年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter MntH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0312
ポリマ－53,6981
非ポリマー3331
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, As shown by multi-angle-light scattering experiments reported in Ehrnstorfer IA. et al. Nat Commun. 2017 Jan 6;8:14033, the protein is monomeric in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.010, 81.650, 95.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter MntH


分子量: 53698.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eremococcus coleocola ACS-139-V-Col8 (バクテリア)
遺伝子: mntH, HMPREF9257_1603 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4KPW4
#2: 化合物 ChemComp-NJZ / [3-bromanyl-5-(carbamimidoylsulfanylmethyl)phenyl]methyl carbamimidothioate


分子量: 333.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13BrN4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 50mM Tris-HCl pH 8.5 24% PEG 400 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 21203 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 160.35 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / Num. unique obs: 1606 / CC1/2: 0.817

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M87

5m87


解像度: 3.8→12 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 --
Rwork0.2161 --
obs-10576 95.82 %
原子変位パラメータBiso mean: 171.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3780 0 17 0 3797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72795275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.45311365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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