+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5m87 | ||||||
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Title | Crystal structure of Eremococcus coleocola manganese transporter | ||||||
Components | Divalent metal cation transporter MntH | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information manganese ion transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / intracellular manganese ion homeostasis / symporter activity / cellular response to iron ion / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Eremococcus coleocola ACS-139-V-Col8 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Manatschal, C. / Ehrnstorfer, I.A. / Arnold, F.M. / Laederach, J. / Dutzler, R. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Structural and mechanistic basis of proton-coupled metal ion transport in the SLC11/NRAMP family. Authors: Ehrnstorfer, I.A. / Manatschal, C. / Arnold, F.M. / Laederach, J. / Dutzler, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5m87.cif.gz | 208.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5m87.ent.gz | 169.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5m87.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5m87_validation.pdf.gz | 622.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5m87_full_validation.pdf.gz | 631.3 KB | Display | |
Data in XML | 5m87_validation.xml.gz | 19.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5m87_validation.cif.gz | 25.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m87 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56628.547 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Eremococcus coleocola ACS-139-V-Col8 (bacteria) Gene: mntH, HMPREF9257_1603 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E4KPW4 |
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#2: Sugar | ChemComp-DMU / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.01 Å3/Da / Density % sol: 75.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 50 mM Tris-HCl pH 8.6 22,8% PEG 400 (v/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.0, 0.9794, 0.9796, 0.9173 | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 22, 2016 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.3→50 Å / Num. obs: 16757 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 26.6 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1441 / CC1/2: 0.865 / Rrim(I) all: 1.646 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 3.3→12 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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