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- PDB-5m87: Crystal structure of Eremococcus coleocola manganese transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m87
タイトルCrystal structure of Eremococcus coleocola manganese transporter
要素Divalent metal cation transporter MntH
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / cadmium ion transmembrane transporter activity / manganese ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / symporter activity / metal ion binding / plasma membrane / Divalent metal cation transporter MntH
機能・相同性情報
生物種Eremococcus coleocola ACS-139-V-Col8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Manatschal, C. / Ehrnstorfer, I.A. / Arnold, F.M. / Laederach, J. / Dutzler, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic basis of proton-coupled metal ion transport in the SLC11/NRAMP family.
著者: Ehrnstorfer, I.A. / Manatschal, C. / Arnold, F.M. / Laederach, J. / Dutzler, R.
履歴
登録2016年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent metal cation transporter MntH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1112
ポリマ－56,6291
非ポリマー4831
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.200, 81.650, 96.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Divalent metal cation transporter MntH


分子量: 56628.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eremococcus coleocola ACS-139-V-Col8 (バクテリア)
遺伝子: mntH, HMPREF9257_1603 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E4KPW4
#2: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.46 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.6 22,8% PEG 400 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0, 0.9794, 0.9796, 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97941
30.97961
40.91731
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 16757 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1441 / CC1/2: 0.865 / Rrim(I) all: 1.646 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHARP位相決定
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.3→12 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 795 4.87 %
Rwork0.2322 --
obs0.2344 16334 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3780 0 33 0 3813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5295298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6051368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.5020.46531140.40022573X-RAY DIFFRACTION99
3.502-3.76460.39021330.3362563X-RAY DIFFRACTION99
3.7646-4.12940.29551360.26542567X-RAY DIFFRACTION99
4.1294-4.69530.28631370.21782593X-RAY DIFFRACTION100
4.6953-5.8020.32051370.23782596X-RAY DIFFRACTION100
5.802-11.99990.21691380.19392647X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16840.3177-0.70861.49670.64430.6803-0.0383-0.0626-0.1016-0.18470.17880.37950.51781.85010.00081.4172-0.39620.0421.76730.0311.2077-9.809-8.6389-18.339
23.27660.57662.066-0.46370.21631.727-0.2786-0.6207-0.10440.1914-0.12970.2889-0.28070.2636-01.54350.20060.1230.9563-0.05161.1295-20.7199-16.1949-17.4513
30.8369-0.7404-0.09920.4555-0.0570.23180.1034-0.537-0.51211.2077-0.2647-0.94820.31551.784201.87390.492-0.18481.5403-0.06621.4477-3.5882-31.931-21.4707
42.9556-0.4076-0.23581.5033-0.42241.8644-0.0375-0.01310.4616-0.37690.2344-0.1053-0.59160.61101.118-0.29450.03561.3539-0.08991.2664-11.7488-9.0172-29.1873
52.3805-1.09521.61972.4994-0.23140.92810.128-0.6695-0.0180.78050.10590.1466-1.04821.7790.0020.86520.036-0.18081.327-0.04321.0941-8.5197-21.363-23.527
61.78520.2614-1.0460.5453-0.45250.5971-0.08640.2586-0.33250.80630.0489-0.98922.96881.784301.99170.6170.00921.37860.05851.5557-15.1466-35.6172-25.5196
70.4677-0.64811.53141.145-1.27371.5224-0.3826-0.238-0.0717-0.40210.3769-0.0335-0.99410.577101.2821-0.05780.01891.1034-0.12261.2317-25.327-13.907-18.7219
80.5696-0.87041.71761.1849-1.74852.3709-0.5340.404-0.1295-0.17980.5529-0.85040.01650.57910.00171.2190.1478-0.04631.2433-0.03481.4449-31.6487-12.9705-27.0838
92.8001-1.77891.01451.0139-0.62110.4170.328-0.98280.26030.04370.074-0.32490.9931-1.0725-01.4079-0.20810.21891.5031-0.13121.6895-39.5587-19.8473-19.903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 67 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 140 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 164 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 316 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 317 through 364 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 365 through 394 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 395 through 438 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 439 through 473 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 474 through 506 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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