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Yorodumi- PDB-6thc: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6thc | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis CoaB in complex with CTP and (4-hydroxyphenyl)(2,3,4-trihydroxyphenyl)methanone | ||||||
Components | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC | ||||||
Keywords | LIGASE / CoaBC / bifunctional Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate-cysteine ligase / phosphopantothenate-cysteine ligase / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine synthetase | ||||||
Function / homology | Function and homology information pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.033 Å | ||||||
Authors | Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Blundell, T.L. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Inhibiting Mycobacterium tuberculosis CoaBC by targeting an allosteric site. Authors: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. ...Authors: Mendes, V. / Green, S.R. / Evans, J.C. / Hess, J. / Blaszczyk, M. / Spry, C. / Bryant, O. / Cory-Wright, J. / Chan, D.S. / Torres, P.H.M. / Wang, Z. / Nahiyaan, N. / O'Neill, S. / Damerow, S. / Post, J. / Bayliss, T. / Lynch, S.L. / Coyne, A.G. / Ray, P.C. / Abell, C. / Rhee, K.Y. / Boshoff, H.I.M. / Barry, C.E. / Mizrahi, V. / Wyatt, P.G. / Blundell, T.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6thc.cif.gz | 344.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6thc.ent.gz | 280.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6thc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6thc_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6thc_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | 6thc_validation.xml.gz | 36.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6thc_validation.cif.gz | 50.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6thc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/6thc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6tgvC 6th2C 4qjiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 24773.990 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) / Gene: coaBC, MSMEG_3054 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) |
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-Non-polymers , 5 types, 309 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CTP / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-N9N / ( #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 20% w/v PEG 8000 0.1M MES pH 6.0 0.2M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97626 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97626 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.03→77.37 Å / Num. obs: 55496 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 35.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 360758 / Scaling rejects: 488 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4QJI Resolution: 2.033→72.176 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 136.75 Å2 / Biso mean: 48.9335 Å2 / Biso min: 18.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.033→72.176 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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