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- PDB-6t0h: Crystal structure of CYP124 in complex with 1-alpha-hydroxy-vitamin D3 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t0h | |||||||||
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Title | Crystal structure of CYP124 in complex with 1-alpha-hydroxy-vitamin D3 | |||||||||
![]() | CYP124 in complex with inhibitor carbethoxyhexyl imidazole | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome / P450 / CYP / 124 / CYP124 / vitamin / D3 / vitaminD3 / 1 alpha-hydroxy / 1-alpha-hydroxy / alfacalcidol / calciferol / cholecalciferol / tuberculosis / mycobacterium tuberculosis | |||||||||
Function / homology | ![]() methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bukhdruker, S. / Marin, E. / Varaksa, T. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Metabolic Fate of Human Immunoactive Sterols in Mycobacterium tuberculosis. Authors: Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kavaleuski, A. / Gusach, A. / Kovalev, K. / Maslov, I. / Luginina, A. / Zabelskii, D. / Astashkin, R. / Shevtsov, M. / Smolskaya, S. ...Authors: Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kavaleuski, A. / Gusach, A. / Kovalev, K. / Maslov, I. / Luginina, A. / Zabelskii, D. / Astashkin, R. / Shevtsov, M. / Smolskaya, S. / Kavaleuskaya, A. / Shabunya, P. / Baranovsky, A. / Dolgopalets, V. / Charnou, Y. / Savachka, A. / Litvinovskaya, R. / Hurski, A. / Shevchenko, E. / Rogachev, A. / Mishin, A. / Gordeliy, V. / Gabrielian, A. / Hurt, D.E. / Nikonenko, B. / Majorov, K. / Apt, A. / Rosenthal, A. / Gilep, A. / Borshchevskiy, V. / Strushkevich, N. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
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Data in CIF | ![]() | 46.5 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6t0fSC ![]() 6t0gC ![]() 6t0kC ![]() 6t0lC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 48838.930 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] |
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-Non-polymers , 7 types, 742 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/M9B.gif)
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![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/M9B.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-HEM / | ||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-M9B / | ||||||||
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-PGE / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M Magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.05→20 Å / Num. obs: 186877 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 10.87 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6T0F Resolution: 1.18→19.72 Å / SU ML: 0.1406 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.0532
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.18→19.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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