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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6syw | ||||||
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タイトル | human Aldose Reductase in complex with SAR25 | ||||||
要素 | aldose reductaseアルドースレダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Diabetes (糖尿病) / transient binding pocket / diabetic late effects / polyol pathway (ポリオール経路) / osmotic and oxidative stress / cofactor / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / NADP+ (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / AKR1B1 / ALDR1 / ALR2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / アルドースレダクターゼ / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-レチノールデヒドロゲナーゼ ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / アルドースレダクターゼ / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-レチノールデヒドロゲナーゼ / アリルアルコールデヒドロゲナーゼ / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / electron transfer activity / carbohydrate metabolic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.93 Å | ||||||
データ登録者 | Sandner, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: human Aldose Reductase in complex with SAR25 著者: Sandner, A. / Heine, A. / Klebe, G. / Diederich, W. / Scheer, F.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6syw.cif.gz | 233.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6syw.ent.gz | 188.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6syw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4prtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: contains NADP https://www.carlroth.com/de/de/Chemikalien/A-Z-Chemikalien/N/NADP-Dinatriumsalz/NADP-Dinatriumsalz/p/000000050000428a00010023_de 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15121, アルドースレダクターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#4: 化合物 | ChemComp-M0K / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 6000, DTT, diammonium hydrogen citrate, NADP+ |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日 / 詳細: sagitally bended Si111-crystal |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.93→47.29 Å / Num. obs: 181142 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 0.93→0.99 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 19356 / CC1/2: 0.81 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 58.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PRT 解像度: 0.93→39.66 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 詳細: Phenix Refinement
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.93→39.66 Å
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