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- PDB-6spj: A4V MUTANT OF HUMAN SOD1 WITH EBSELEN DERIVATIVE 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6spj
タイトルA4V MUTANT OF HUMAN SOD1 WITH EBSELEN DERIVATIVE 1
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / A4V SOD1 mutant / ebselen / ebselen derivatives
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to carbon monoxide / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide ...action potential initiation / response to carbon monoxide / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / superoxide anion generation / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / cellular response to ATP / cellular response to cadmium ion / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / thymus development / placenta development / positive regulation of cytokine production / response to amphetamine / determination of adult lifespan / regulation of mitochondrial membrane potential / response to nutrient levels / locomotory behavior / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of inflammatory response / small GTPase binding / regulation of blood pressure / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / gene expression / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-pyridin-2-yl-2-selanyl-benzamide / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Chantadul, V. / Amporndanai, K. / Wright, G. / Antonyuk, S. / Hasnain, S.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Ebselen as template for stabilization of A4V mutant dimer for motor neuron disease therapy.
著者: Chantadul, V. / Wright, G.S.A. / Amporndanai, K. / Shahid, M. / Antonyuk, S.V. / Washbourn, G. / Rogers, M. / Roberts, N. / Pye, M. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2019年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,93275
ポリマ－95,1346
非ポリマー6,79869
水17,799988
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,26628
ポリマ－31,7112
非ポリマー2,55426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area14480 Å2
2
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,76723
ポリマ－31,7112
非ポリマー2,05621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area14520 Å2
3
I: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
J: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,89924
ポリマ－31,7112
非ポリマー2,18822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area14430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)112.506, 194.658, 75.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-404-

HOH

21E-444-

HOH

31I-444-

HOH

41J-422-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABEFIJ

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15855.613 Da / 分子数: 6 / 変異: A4V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase

-
非ポリマー , 7種, 1057分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-LR2 / ~{N}-pyridin-2-yl-2-selanyl-benzamide


分子量: 277.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10N2OSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 988 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 2.6 M Ammonium sulphate, 100 mM Tris-HCl pH 7.6, 150 mM NaCl
PH範囲: 7.4-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→97.33 Å / Num. obs: 111785 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 24.333 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5292 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 0.564 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UXM

1uxm


解像度: 1.97→97.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 5748 5.1 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
obs0.1847 106012 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.9 Å2 / Biso mean: 30.599 Å2 / Biso min: 11.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.49 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---1.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→97.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6666 0 336 1015 8017
Biso mean--45.86 42.33 -
残基数----918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0137303
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.0176492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5661.6449911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4261.615193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.2185.2281007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.12824.683331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.681151152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2763.073763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2753.073762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3774.5914714
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 368 -
Rwork0.276 7533 -
all-7901 -
obs--95.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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