[日本語] English
万見
- PDB-6smo: AntDE:AntF (apo): type II PKS acyl-carrier protein in complex wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6smo
タイトルAntDE:AntF (apo): type II PKS acyl-carrier protein in complex with its ketosynthase bound to the hexaketide
要素
  • Acyl carrier protein
  • Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
  • PKS_KS domain-containing protein
キーワードPROTEIN BINDING / Natural Product Biosynthesis / Polyketides / Minimal PKS System / Anthraquinone / Chain Elongation / Catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,7,9,11-pentakis(oxidanylidene)dodecanal / Acyl carrier protein / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome; segment 15/17 / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome; segment 15/17 / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome; segment 15/17
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Braeuer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruehl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H. / Groll, M.
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural snapshots of the minimal PKS system responsible for octaketide biosynthesis.
著者: Brauer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruhl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H.B. / Groll, M.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年11月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
B: PKS_KS domain-containing protein
C: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
D: PKS_KS domain-containing protein
E: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
F: PKS_KS domain-containing protein
G: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,16913
ポリマ－275,2647
非ポリマー9056
水2,594144
1
A: Acyl carrier protein
B: PKS_KS domain-containing protein
C: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2434
ポリマ－98,9893
非ポリマー2541
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: PKS_KS domain-containing protein
E: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4385
ポリマ－88,1382
非ポリマー3003
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: PKS_KS domain-containing protein
G: Ketoacyl_synth_N domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4884
ポリマ－88,1382
非ポリマー3502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.650, 107.650, 201.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 7分子 ABDFCEG

#1: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 10850.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: C6H68_21855 / プラスミド: plasmid / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S8QL96, UniProt: Q7MZT5*PLUS
#2: タンパク質 PKS_KS domain-containing protein


分子量: 47350.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア)
遺伝子: plu4191 / プラスミド: plasmid / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT3
#3: タンパク質 Ketoacyl_synth_N domain-containing protein


分子量: 40787.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア)
遺伝子: plu4190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT4

-
非ポリマー , 4種, 150分子

#4: 化合物 ChemComp-LKZ / 3,5,7,9,11-pentakis(oxidanylidene)dodecanal


分子量: 254.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14O6
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.4 M (NH4)2SO4, 29% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 61596 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6401 / CC1/2: 0.663

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SM4, 1TQY

6sm4

1tqy


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 37.074 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 3077 5 %RANDOM
Rwork0.2257 ---
obs0.2289 58463 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.39 Å2 / Biso mean: 42.297 Å2 / Biso min: 18.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å2-0 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17923 0 7 144 18074
Biso mean--59.87 31.22 -
残基数----2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01318242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01716761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.63124653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11.57838915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.19652335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70223.292896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.664153051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9971588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.22427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0220716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023720
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.149335003
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 226 -
Rwork0.306 4309 -
all-4535 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6562-1.32781.06414.277-1.25992.88590.0744-0.30040.0217-0.4390.5596-0.5255-0.0585-0.2671-0.6340.0591-0.04990.11120.2266-0.14060.375-16.209397.96437.1171
20.29980.0607-0.16140.1936-0.03730.35780.01450.0188-0.0130.0444-0.0401-0.05010.013-0.03250.02570.1401-0.0117-0.02110.05140.01950.1519-36.618269.6449-5.5154
30.187-0.01010.06950.34840.00520.5742-0.02260.05250.0171-0.0404-0.0222-0.0457-0.06510.02330.04470.1182-0.0387-0.00520.08090.01430.1468-27.321682.7455-28.4766
40.3413-0.15780.13510.086-0.08730.4626-0.00740.0174-0.0034-0.0085-0.0014-0.0153-0.02320.00040.00880.1213-0.0109-0.01260.0790.00910.1425-52.099931.0576-3.7686
50.50940.1192-0.05520.0399-0.00510.62050.013-0.0522-0.01470.0042-0.0083-0.00150.0572-0.0095-0.00470.12970.01-0.01670.06520.00110.1387-54.536414.969619.1467
60.2311-0.1684-0.01690.20650.14780.5724-0.021-0.0006-0.0199-0.03180.02040.00770.062-0.02970.00050.0846-0.02910.03120.0861-0.0130.1659-107.825620.7008-1.1929
70.29050.09970.05370.2080.08190.4368-0.0023-0.0484-0.00030.01190.0181-0.0084-0.0239-0.0067-0.01580.099-0.00710.04130.0920.00290.1522-104.389638.776620.2177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 425
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 371
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 427
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 371
6X-RAY DIFFRACTION6F10 - 426
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 371

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る