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- PDB-6sii: T. brucei FPPS in complex with 1-((1H-indol-3-yl)methyl)-N-(3-chl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sii
タイトルT. brucei FPPS in complex with 1-((1H-indol-3-yl)methyl)-N-(3-chlorobenzyl)piperidin-4-amine
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / sterol biosynthesis / homodimer / farnesyl pyrophosphate synthase / Trypanosoma brucei
機能・相同性
機能・相同性情報


prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LEZ / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Jahnke, W.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Other government675899 スイス
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: T. brucei FPPS
著者: Muenzker, L. / Jahnke, W.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6153
ポリマ－42,1691
非ポリマー4462
水00
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2306
ポリマ－84,3382
非ポリマー8924
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.631, 61.631, 342.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GP is an expression tag
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86C09
#2: 化合物 ChemComp-LEZ / ~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-1-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)piperidin-4-amine


分子量: 353.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24ClN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 % / 解説: needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.12 M CsCl 12 % w/v PEG 3350, 12 % v/v DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.326→57.041 Å / Num. obs: 17624 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 79.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 326497
反射 シェル解像度: 2.326→2.366 Å / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 12.631 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. measured all: 48808 / Num. unique obs: 2512 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 1.983 / Rrim(I) all: 8.823 / Rsym value: 12.631 / Net I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_TRA
最高解像度最低解像度
Translation3 Å57.04 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XDS20180126データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4ryp

4ryp


解像度: 2.33→57.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.429 / SU Rfree Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.261
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 832 5.01 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.252 16603 93.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 228.35 Å2 / Biso mean: 121.49 Å2 / Biso min: 64.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1842 Å20 Å20 Å2
2---4.1842 Å20 Å2
3---8.3684 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→57.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 31 0 2650
Biso mean--119.51 --
残基数----328
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d949SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes471HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2702HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion338SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3115SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2702HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3648HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.44
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.6311 17 4.2 %
Rwork0.3485 388 -
all0.3606 405 -
obs--36.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.4606 Å / Origin y: 11.916 Å / Origin z: -11.451 Å
111213212223313233
T0.3582 Å2-0.0271 Å2-0.0133 Å2--0.1289 Å20.0896 Å2---0.3311 Å2
L1.0762 °20.245 °2-1.2262 °2-2.5632 °21.3147 °2--12.6176 °2
S-0.367 Å °0.1769 Å °0.0524 Å °-0.3433 Å °0.5399 Å °0.1587 Å °-1.2298 Å °-0.0469 Å °-0.1729 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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