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- PDB-6s6w: Crystal Structure of human ALDH1A3 in complex with 2,6-diphenylim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s6w
タイトルCrystal Structure of human ALDH1A3 in complex with 2,6-diphenylimidazo[1,2-a]pyridine (compound GA11) and NAD+
要素Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / ALDH1A3 GA11 Glioma 2 / 6-diphenylimidazo[1 / 2-a]pyridine Retinaldehyde dehydrogenase inhinitor ALDHs
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / embryonic eye morphogenesis / retinoic acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / embryonic camera-type eye development / thyroid hormone binding / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity ...nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / embryonic eye morphogenesis / retinoic acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / embryonic camera-type eye development / thyroid hormone binding / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway / aldehyde metabolic process / righting reflex / retinal metabolic process / Developmental Lineage of Mammary Stem Cells / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / inner ear morphogenesis / neuromuscular process controlling balance / face development / Developmental Lineage of Mammary Gland Myoepithelial Cells / NAD+ binding / locomotory behavior / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-diphenylimidazo[1,2-a]pyridine / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Retinaldehyde dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Gelardi, E.L.M. / Quattrini, L. / LaMotta, C. / Ferraris, D.M. / Garavaglia, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationFAR_2016 イタリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Imidazo[1,2-a]pyridine Derivatives as Aldehyde Dehydrogenase Inhibitors: Novel Chemotypes to Target Glioblastoma Stem Cells.
著者: Quattrini, L. / Gelardi, E.L.M. / Coviello, V. / Sartini, S. / Ferraris, D.M. / Mori, M. / Nakano, I. / Garavaglia, S. / La Motta, C.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4097
ポリマ－107,6272
非ポリマー1,7815
水19811
1
A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,81814
ポリマ－215,2554
非ポリマー3,56310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area23380 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area61370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.557, 89.357, 159.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3 / Aldehyde dehydrogenase 6 / Retinaldehyde dehydrogenase 3 / RalDH3


分子量: 53813.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A3, ALDH6
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P47895, retinal dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-KXT / 2,6-diphenylimidazo[1,2-a]pyridine


分子量: 270.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4M NaMalonate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日 / 詳細: Rontec Xflash X-ray fluorescence detector
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→48.017 Å / Num. all: 18877 / Num. obs: 18877 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.144 / Rsym value: 0.128 / Net I/av σ(I): 5.7 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 88980
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.25-3.434.60.78711243326900.3990.8870.7872.199.7
3.43-3.634.90.4611.71264225570.2250.5160.4613.699.7
3.63-3.884.90.292.61198824560.1420.3240.295.499.8
3.88-4.24.80.1794.21054122160.0890.2010.1798100
4.2-4.64.60.1076.8957821020.0540.120.10711.899.8
4.6-5.144.90.0888.1930419060.0440.0990.08813.9100
5.14-5.934.70.0997.4802816950.050.1110.09912.699.8
5.93-7.274.40.0799.1639914460.0410.0890.07913.599.8
7.27-10.284.60.03617.8530611520.0190.0410.03625.299.8
10.28-48.0174.20.02919.227616570.0160.0330.02926.597.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.48 Å48.02 Å
Translation5.48 Å48.02 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSOSX_64データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FHZ

5fhz


解像度: 3.25→48 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 --
Rwork0.1773 --
obs-18877 99.8 %
原子変位パラメータBiso max: 160.89 Å2 / Biso mean: 78.2344 Å2 / Biso min: 33.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7458 0 121 11 7590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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