[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6s5u: Strictosidine Synthase from Ophiorrhiza pumila in complex with N-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s5u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Strictosidine Synthase from Ophiorrhiza pumila in complex with N-[2-(1H-Indol-3-yl)ethyl]-3-methyl-1-butanamine | ||||||
Components | Strictosidine synthase | ||||||
Keywords | LYASE / alkaloid / C-C bond / Pictet-Spenglerase | ||||||
Function / homology | Function and homology information strictosidine synthase activity / vacuole / biosynthetic process / endomembrane system / hydrolase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ophiorrhiza pumila (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.03 Å | ||||||
Authors | Eger, E. / Sharma, M. / Kroutil, W. / Grogan, G. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Inverted Binding of Non-natural Substrates in Strictosidine Synthase Leads to a Switch of Stereochemical Outcome in Enzyme-Catalyzed Pictet-Spengler Reactions. Authors: Eger, E. / Simon, A. / Sharma, M. / Yang, S. / Breukelaar, W.B. / Grogan, G. / Houk, K.N. / Kroutil, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s5u.cif.gz | 369.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6s5u.ent.gz | 299 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s5u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6s5u_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6s5u_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | 6s5u_validation.xml.gz | 40.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6s5u_validation.cif.gz | 60.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6s5jC 6s5mC 6s5qC 2fp9S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
|