PDB-6rtn: Crystal structure of OXA-10 with VNRX-5133

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rtn

タイトル

Crystal structure of OXA-10 with VNRX-5133

要素

Beta-lactamase OXA-10

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / beta lactamase / antibiotic resistance / boronates

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Brem, J. / Schofield, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Bicyclic Boronate VNRX-5133 Inhibits Metallo- and Serine-beta-Lactamases.
著者: Krajnc, A. / Brem, J. / Hinchliffe, P. / Calvopina, K. / Panduwawala, T.D. / Lang, P.A. / Kamps, J.J.A.G. / Tyrrell, J.M. / Widlake, E. / Saward, B.G. / Walsh, T.R. / Spencer, J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2019年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rtn.cif.gz	215.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rtn.ent.gz	169.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rtn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rtn_validation.pdf.gz	977.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rtn_full_validation.pdf.gz	979.6 KB	表示
XML形式データ	6rtn_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	6rtn_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rmfC 5fq9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k6s-d 1fof-d 5mox-d 5mmy-d 2x02-d 2hp6-d 2hp9-d 2x01-d 3lce-2 2hpb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-10

B: Beta-lactamase OXA-10

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.879, 95.620, 126.269
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-10 / Beta-lactamase PSE-2 分子量: 27698.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla, oxa10, pse2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14489, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-KJK / (3~{R})-3-[2-[4-(2-azanylethylamino)cyclohexyl]ethanoylamino]-2-oxidanyl-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid 分子量: 389.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₈BN₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M MES, pH = 6.0, 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月18日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.17→76.25 Å / Num. obs: 32199 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.55 Å² / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.259 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.17-2.23	12.6	0.8	2354	0.883	0.261	0.931	100
9.7-76.25	10.3	0.1	429	0.997	0.032	0.106	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.28 Å	76.23 Å
Translation	4.28 Å	76.23 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FQ9

5fq9

解像度: 2.17→63.134 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	1614	5.02 %
R_work	0.1948	-	-
obs	0.1962	32125	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.74 Å² / B_iso mean: 22.4515 Å² / B_iso min: 3.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.17→63.134 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3758	0	68	304	4130
B_iso mean	-	-	25.49	28.59	-
残基数	-	-	-	-	491

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1691-2.2329	0.2389	127	0.2209	2486	2613	99
2.2329-2.305	0.3043	125	0.246	2495	2620	100
2.305-2.3873	0.2336	122	0.2091	2522	2644	100
2.3873-2.4829	0.2426	103	0.209	2526	2629	100
2.4829-2.5959	0.2025	134	0.2025	2528	2662	100
2.5959-2.7328	0.2267	147	0.2008	2512	2659	100
2.7328-2.904	0.2487	136	0.2062	2527	2663	100
2.904-3.1282	0.2564	154	0.2017	2492	2646	100
3.1282-3.443	0.2063	128	0.1832	2561	2689	100
3.443-3.9412	0.21	139	0.1658	2549	2688	100
3.9412-4.9652	0.1572	145	0.1483	2595	2740	100
4.9652-63.1612	0.256	154	0.2285	2718	2872	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.873	-3.2685	-1.4337	4.4907	0.4177	4.1792	0.1081	0.4203	0.9734	-0.3299	-0.321	-0.7598	-0.5911	0.5633	0.0453	0.3091	-0.0489	0.0483	0.2417	0.0867	0.3068	22.0573	4.5198	-15.4682
2	0.8193	0.4888	-0.5738	2.1778	-0.6605	2.7524	-0.0168	0.0234	0.0624	0.0063	0.0061	0.0528	-0.0599	-0.0377	0.0338	0.0632	0.0361	-0.0232	0.143	-0.0184	0.1459	11.954	-7.3586	-2.8715
3	5.6379	-3.4124	0.718	2.6494	-1.7625	6.0369	-0.1571	-0.0183	-0.0277	0.4143	0.16	-0.2793	-0.1842	0.2801	-0.0377	0.1669	0.0122	-0.0022	0.1528	-0.0406	0.1525	19.3304	-17.7182	12.4067
4	3.4641	0.5832	2.2417	3.1724	-1.5102	5.0066	0.0355	-0.1562	-0.0899	0.0946	0.1259	0.0623	0.2071	-0.1652	-0.1497	0.103	0.0127	0.0207	0.0709	-0.0267	0.105	4.8276	-20.2401	2.4356
5	2.432	0.6901	0.7957	3.9122	-1.5578	5.1463	0.0267	0.1009	-0.2887	-0.3087	-0.0195	-0.0017	0.3847	0.3134	0.0103	0.1598	-0.0033	0.013	0.1702	-0.0045	0.1071	9.283	-18.5213	-6.7337
6	2.1035	-0.8363	-0.8752	1.8366	0.0794	2.551	-0.0495	-0.101	0.1009	0.1271	0.0675	0.0655	-0.2232	-0.0677	-0.002	0.1789	0.0199	-0.0206	0.1196	0.0113	0.1318	8.8151	-1.7167	3.0913
7	4.1339	-1.8021	-0.436	5.6644	1.0391	2.9322	-0.0513	0.1429	0.1321	-0.0251	0.0103	-0.344	-0.0534	0.0489	-0.004	0.1022	-0.0255	-0.0222	0.1334	0.0393	0.0577	19.0578	-4.1586	-5.7827
8	6.0926	-5.076	0.9647	4.4379	-1.0893	3.4052	0.0905	0.069	0.1483	0.1869	-0.1917	-0.5651	-0.2981	0.0631	0.0869	0.1606	-0.0518	-0.0042	0.1885	-0.0151	0.1968	25.4496	1.8151	-4.2857
9	1.3896	-0.0714	0.8751	1.3857	-0.0029	2.9802	0.0193	-0.052	0.0981	0.0646	-0.0382	-0.0752	-0.0188	0.2602	0.0067	0.1115	-0.0165	0.0273	0.1581	-0.0235	0.1328	13.2359	8.0117	30.0973
10	5.4892	1.7807	1.3229	2.1121	-2.2166	7.7469	0.073	0.291	0.19	-0.3079	-0.1941	-0.2024	-0.2429	0.1465	0.0552	0.2494	0.0343	-0.0018	0.1947	0.0124	0.1759	7.781	21.055	11.773
11	3.8178	-0.2346	-0.5078	2.0233	-2.0387	4.6479	0.0497	0.165	0.173	-0.0895	0.1155	0.3941	-0.2642	-0.3593	-0.109	0.1396	0.0261	-0.0117	0.1602	-0.0397	0.1906	-4.1722	15.2031	24.2809
12	3.6446	-1.2814	0.815	1.3265	-0.3139	3.4786	-0.2248	-0.2768	0.2902	0.2222	0.2793	0.2776	-0.6381	-0.2569	0.0739	0.2128	0.0197	0.0252	0.1855	-0.0595	0.2471	1.773	17.5999	32.6212
13	4.2449	0.2224	2.3949	3.0185	1.3247	4.5663	0.2033	-0.1597	-0.2163	0.2018	-0.1127	0.3007	0.3525	-0.1508	-0.1307	0.1178	-0.0144	0.0136	0.1269	0.0077	0.1261	5.1991	0.9061	27.9737
14	2.9618	0.4056	-0.0675	2.6564	-0.1208	2.4203	0.0627	0.2669	0.0351	-0.3064	-0.0055	0.0271	0.2043	0.2449	-0.0291	0.2063	0.0393	-0.0022	0.1439	-0.0056	0.1015	11.6209	3.9098	17.6025
15	3.1652	1.3007	0.2924	7.1382	1.0379	2.9375	0.0072	0.0112	0.2075	0.1372	0.0716	-0.1775	-0.1084	0.1904	0.0249	0.0778	-0.0081	0.0196	0.1763	0.0395	0.1197	17.3779	10.2529	28.9732
16	4.5595	-1.4445	-0.8559	9.5174	0.954	3.256	-0.1553	0.3124	0.0476	-0.1143	0.2314	-0.7614	0.0435	0.3212	-0.0215	0.1023	-0.003	0.0264	0.3068	0.0067	0.1645	25.3234	8.5614	26.4148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 35 )	A	20 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 89 )	A	36 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 116 )	A	90 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 117 through 138 )	A	117 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 139 through 162 )	A	139 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 163 through 208 )	A	163 - 208
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 209 through 243 )	A	209 - 243
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 244 through 264 )	A	244 - 264
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 19 through 89 )	B	19 - 89
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 90 through 116 )	B	90 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 117 through 139 )	B	117 - 139
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 140 through 162 )	B	140 - 162
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 163 through 181 )	B	163 - 181
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 182 through 208 )	B	182 - 208
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 209 through 243 )	B	209 - 243
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 244 through 264 )	B	244 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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