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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rp3 | ||||||
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タイトル | Truncated Norcoclaurine synthase with reaction intermediate mimic | ||||||
![]() | S-norcoclaurine synthase | ||||||
![]() | LYASE / tetrahydroisoquinoline synthase / biotransformation | ||||||
機能・相同性 | ![]() (S)-norcoclaurine synthase / (S)-norcoclaurine synthase activity / alkaloid metabolic process / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Keep, N.H. / Roddan, R. / Sula, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Acceptance and Kinetic Resolution of alpha-Methyl-Substituted Aldehydes by Norcoclaurine Synthases 著者: Roddan, R. / Gygli, G. / Sula, A. / Lichman, B.R. / Pleiss, J. / Ward, J.M. / Keep, N.H. / Hailes, H.C. #1: ![]() タイトル: Structural Evidence for the Dopamine-First Mechanism of Norcoclaurine Synthase. 著者: Lichman, B.R. / Sula, A. / Pesnot, T. / Hailes, H.C. / Ward, J.M. / Keep, N.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5n8qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18238.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-KCZ / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% polyethylene glycol monomethylether 5000, 80 mM Bis-Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→43.5 Å / Num. obs: 15507 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.86 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 2.045 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1116 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.864 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5N8Q 解像度: 1.81→43.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 7.953 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.18 Å2 / Biso mean: 46.437 Å2 / Biso min: 21.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→43.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.856 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.479 Å / Origin y: -20.377 Å / Origin z: 6.995 Å
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