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- PDB-6rnm: Crystal structure of a complex between the LlFpg protein, a THF-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rnm
タイトルCrystal structure of a complex between the LlFpg protein, a THF-DNA and an inhibitor
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*(3DR)P*TP*TP*TP*CP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
  • Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / DNA glycosylase complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-azanyl-9~{H}-purine-8-thiol / DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Coste, F. / Goffinont, S. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Thiopurine Derivative-Induced Fpg/Nei DNA Glycosylase Inhibition: Structural, Dynamic and Functional Insights.
著者: Rieux, C. / Goffinont, S. / Coste, F. / Tber, Z. / Cros, J. / Roy, V. / Guerin, M. / Gaudon, V. / Bourg, S. / Biela, A. / Aucagne, V. / Agrofoglio, L. / Garnier, N. / Castaing, B.
履歴
登録2019年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
D: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*(3DR)P*TP*TP*TP*CP*TP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9447
ポリマ－39,5273
非ポリマー4174
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.957, 91.957, 142.182
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

21A-681-

HOH

31A-733-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Fapy-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase MutM / AP lyase MutM


分子量: 31116.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
遺伝子: mutM, fpg, NCDO763_0992 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A165FVI1, UniProt: P42371*PLUS, DNA-formamidopyrimidine glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*TP*TP*(3DR)P*TP*TP*TP*CP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4054.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4355.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 453分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-KB5 / 6-azanyl-9~{H}-purine-8-thiol / 6-アミノ-9H-プリン-8-チオ-ル


分子量: 167.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES, SODIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→59.13 Å / Num. obs: 61222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 32.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.957 / Num. unique obs: 3017 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PM5

1pm5


解像度: 1.76→59.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.085 / SU Rfree Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.076
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 3161 5.19 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 60912 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.71 Å2 / Biso mean: 38.53 Å2 / Biso min: 18.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6138 Å20 Å20 Å2
2---1.6138 Å20 Å2
3---3.2276 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→59.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2165 557 24 449 3195
Biso mean--45.91 49.11 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d991SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes368HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2899HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion380SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3525SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2899HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4013HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.16
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 221 4.98 %
Rwork0.215 4214 -
all0.215 4435 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8022-0.34130.5170.7485-0.63191.8546-0.01840.05170.07890.0312-0.0109-0.07740.04010.08190.0293-0.09810.00910.0195-0.0548-0.0106-0.060590.80779.205954.8237
21.84350.43340.20990.56090.17211.5687-0.02450.2121-0.4513-0.0228-0.01540.0890.7003-0.09260.03990.01560.0090.0216-0.0827-0.0463-0.050988.856861.405847.9247
31.63850.4085-1.10357.7957-4.96776.81170.0968-0.0371-0.2593-0.3062-0.373-0.31770.89970.57890.2762-0.00980.00920.0364-0.1385-0.0142-0.162289.373261.783947.0404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 271
2X-RAY DIFFRACTION2{ D|* }D1 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3{ E|* }E15 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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