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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rne | |||||||||
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タイトル | DPP1 in complex with inhibitor | |||||||||
要素 | (Dipeptidyl peptidase ...) x 3 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / DIPEPTIDYL PEPTIDASE I / INHIBITOR COMPLEX / Cathepsin C | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dipeptidyl-peptidase I / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of myelination / positive regulation of microglial cell activation / Cargo concentration in the ER / dipeptidyl-peptidase activity / COPII-mediated vesicle transport / chloride ion binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle ...dipeptidyl-peptidase I / peptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of proteolysis involved in protein catabolic process / negative regulation of myelination / positive regulation of microglial cell activation / Cargo concentration in the ER / dipeptidyl-peptidase activity / COPII-mediated vesicle transport / chloride ion binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / phosphatase binding / cysteine-type peptidase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / MHC class II antigen presentation / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of apoptotic signaling pathway / T cell mediated cytotoxicity / azurophil granule lumen / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / lysosome / immune response / endoplasmic reticulum lumen / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / centrosome / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Kack, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019 タイトル: DPP1 Inhibitors: Exploring the Role of Water in the S2 Pocket of DPP1 with Substituted Pyrrolidines. 著者: Kack, H. / Doyle, K. / Hughes, S.J. / Bodnarchuk, M.S. / Lonn, H. / Van De Poel, A. / Palmer, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rne.cif.gz | 159.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rne.ent.gz | 124.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rne.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rne_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6rne_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6rne_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rne_validation.cif.gz | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rne | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Dipeptidyl peptidase ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 13500.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSC, CPPI 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53634, dipeptidyl-peptidase I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18630.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSC, CPPI 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53634, dipeptidyl-peptidase I |
#3: タンパク質 | 分子量: 7583.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSC, CPPI 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53634, dipeptidyl-peptidase I |
-糖 , 2種, 3分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 |
-非ポリマー , 6種, 236分子
#6: 化合物 | ChemComp-DMS / #7: 化合物 | ChemComp-KA8 / ( | #8: 化合物 | ChemComp-CL / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-PEG / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 3350, 0.2 M Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→28.3 Å / Num. obs: 53715 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 28.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.73 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Num. unique obs: 7719 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1K3B 解像度: 1.65→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.084 / SU Rfree Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.081
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.11 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.28 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.66 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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