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- PDB-6rkt: Crystal Structure of TGT in complex with N2-methyl-1H,7H,8H-imida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rkt
タイトルCrystal Structure of TGT in complex with N2-methyl-1H,7H,8H-imidazo[4,5-g]quinazoline-2,6-diamine
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TGT / TRNA / GUANINE EXCHANGE ENZYME / PROTEIN INTERFACE / transglycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K7H / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.746 Å
データ登録者Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Fragment Screening Hit Draws Attention to a Novel Transient Pocket Adjacent to the Recognition Site of the tRNA-Modifying Enzyme TGT.
著者: Hassaan, E. / Hohn, C. / Ehrmann, F.R. / Goetzke, F.W. / Movsisyan, L. / Hufner-Wulsdorf, T. / Sebastiani, M. / Hartsch, A. / Reuter, K. / Diederich, F. / Klebe, G.
履歴
登録2019年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2155
ポリマ－41,7631
非ポリマー4524
水3,459192
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,43110
ポリマ－83,5272
非ポリマー9048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area3910 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.629, 64.588, 71.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-683-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 41763.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / Variant: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODONPLUS
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-K7H / ~{N}2-methyl-7,8-dihydro-3~{H}-imidazo[4,5-g]quinazoline-2,6-diamine


分子量: 216.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000, 100mM MES, 1mM DTT, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.746→44.738 Å / Num. obs: 40353 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 17.56
反射 シェル解像度: 1.746→1.754 Å / Num. unique obs: 6118 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LBU

4lbu


解像度: 1.746→38.895 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 2014 5 %
Rwork0.1695 --
obs0.1712 40307 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.746→38.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2783 0 27 192 3002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9973904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5261744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7456-1.78930.33061230.31622339X-RAY DIFFRACTION84
1.7893-1.83770.32611450.27092741X-RAY DIFFRACTION98
1.8377-1.89180.28021450.24582780X-RAY DIFFRACTION100
1.8918-1.95280.27391460.23012773X-RAY DIFFRACTION100
1.9528-2.02260.26141450.20342750X-RAY DIFFRACTION100
2.0226-2.10360.23651470.18632794X-RAY DIFFRACTION100
2.1036-2.19930.22221460.18122786X-RAY DIFFRACTION99
2.1993-2.31520.24091450.17612766X-RAY DIFFRACTION99
2.3152-2.46030.2161450.16562754X-RAY DIFFRACTION99
2.4603-2.65020.18671450.17882753X-RAY DIFFRACTION98
2.6502-2.91680.20691450.16682756X-RAY DIFFRACTION98
2.9168-3.33870.19491410.16852664X-RAY DIFFRACTION95
3.3387-4.20560.1641480.14622814X-RAY DIFFRACTION99
4.2056-38.90510.19511480.15212823X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2184-0.3997-0.27070.0281-0.00731.2946-0.041-0.0176-0.00450.08350.0459-0.0082-0.0557-0.0162-00.33880.01770.00380.2296-0.00780.30494.62370.324889.4741
20.0420.0057-0.02460.0147-0.00770.0322-0.2264-0.33960.2240.0161-0.1184-0.21870.0895-0.3579-0.00060.80210.0692-0.14320.4345-0.14570.592.74522.833699.7773
30.11770.05150.18350.00620.04360.2059-0.0437-0.34250.1690.13820.063-0.0273-0.2992-0.065400.42070.0234-0.00320.3539-0.0570.30542.20789.2242100.7827
40.5611-0.4839-0.11840.4170.25770.5666-0.0255-0.52960.13640.16280.0881-0.1122-0.18490.24350.01810.3855-0.0412-0.02610.4173-0.09080.324414.91789.6959103.8439
50.69090.0415-0.51710.73750.50260.6560.0402-0.16510.2279-0.05030.1105-0.1582-0.15880.1520.00020.3196-0.0344-0.00030.3541-0.0350.375721.53016.62389.3346
60.472-0.5090.9201-0.0788-0.47850.98950.01360.1965-0.0296-0.0395-0.0237-0.00340.01550.209200.34310.00610.01950.32780.0080.308613.53693.149268.7075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 108 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 133 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 134 through 158 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 159 through 230 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 231 through 284 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 285 through 383 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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