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- PDB-6r4k: Structure of beta-glucosidase A from Paenibacillus polymyxa compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r4k
タイトルStructure of beta-glucosidase A from Paenibacillus polymyxa complexed with a monovalent inhibitor
要素Beta-glucosidase A
キーワードHYDROLASE / BETA-GLUCOSIDASE / GLYCOSIDASE / CARBOHYDRATE / CARBOHYDRATE METABOLISM / POLISACCHARIDE DEGRADATION / COMPLEX / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JSK / Beta-glucosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus polymyxa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of the inhibition of GH1 beta-glucosidases by multivalent pyrrolidine iminosugars.
著者: Martinez-Bailen, M. / Jimenez-Ortega, E. / Carmona, A.T. / Robina, I. / Sanz-Aparicio, J. / Talens-Perales, D. / Polaina, J. / Matassini, C. / Cardona, F. / Moreno-Vargas, A.J.
履歴
登録2019年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase A
B: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0004
ポリマ－103,2172
非ポリマー7832
水8,251458
1
A: Beta-glucosidase A
B: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子

A: Beta-glucosidase A
B: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子

A: Beta-glucosidase A
B: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子

A: Beta-glucosidase A
B: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,00116
ポリマ－412,8708
非ポリマー3,1318
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.725, 146.725, 140.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase A / BGA / Amygdalase / Beta-D-glucoside glucohydrolase / Cellobiase / Gentiobiase


分子量: 51608.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus polymyxa (バクテリア)
遺伝子: bglA / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22073, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-JSK / (2~{S},3~{S},4~{R})-2-[[4-[4-[2-[2-(2-azanylidenehydrazinyl)ethoxy]ethoxy]phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]methyl]pyrrolidine-3,4-diol


分子量: 391.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N7O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 % / 解説: Prismatic crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium nitrate, 3% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, and 5% n-Dodecyl beta-D-maltoside. Cryoprotectant mother liquor supplemented with 25% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→48.91 Å / Num. obs: 85545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.13→2.17 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4461 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.299 / Rrim(I) all: 0.765 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimless7.0.057データスケーリング
MOLREP7.0.066位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E4I

1e4i


解像度: 2.13→48.646 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 83 / 位相誤差: 28.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 4518 5.28 %
Rwork0.2159 --
obs0.2175 85512 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→48.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7294 0 56 458 7808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.210298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7464316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.16670.3262170.30373977X-RAY DIFFRACTION94
2.1667-2.20610.33192130.29434007X-RAY DIFFRACTION95
2.2061-2.24850.31572440.27623968X-RAY DIFFRACTION94
2.2485-2.29440.29272210.28544019X-RAY DIFFRACTION95
2.2944-2.34430.28272420.28123980X-RAY DIFFRACTION94
2.3443-2.39880.28562200.27493995X-RAY DIFFRACTION95
2.3988-2.45870.34092350.26894000X-RAY DIFFRACTION94
2.4587-2.52520.32552380.2654001X-RAY DIFFRACTION94
2.5252-2.59940.28532130.24954019X-RAY DIFFRACTION95
2.5994-2.68320.27222390.24364005X-RAY DIFFRACTION94
2.6832-2.7790.26472520.24754007X-RAY DIFFRACTION94
2.779-2.89020.27372090.24274014X-RAY DIFFRACTION95
2.8902-3.02160.26242260.23444054X-RAY DIFFRACTION95
3.0216-3.18060.25942130.22174075X-RAY DIFFRACTION95
3.1806-3.37960.23911820.20524107X-RAY DIFFRACTION96
3.3796-3.640.21622070.19554084X-RAY DIFFRACTION95
3.64-4.00520.18571910.17174116X-RAY DIFFRACTION95
4.0052-4.58240.17312360.1594079X-RAY DIFFRACTION94
4.5824-5.76440.18692120.17284167X-RAY DIFFRACTION95
5.7644-27.24840.22182370.1974341X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8397 Å / Origin y: -39.7753 Å / Origin z: 45.1114 Å
111213212223313233
T0.1944 Å20.0047 Å20.252 Å2-0.1861 Å2-0.0153 Å2--0.4217 Å2
L0.3898 °20.0214 °20.1097 °2-0.3005 °2-0.0161 °2--0.0557 °2
S-0.0342 Å °0.0489 Å °0.3393 Å °-0.0438 Å °-0.0006 Å °-0.1071 Å °0.0197 Å °0.0416 Å °0.021 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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