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- PDB-6r0u: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r0u
タイトルCereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 5a and hydrolysis product
要素Cereblon isoform 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / proteolysis targeting chimera / PROTAC / protein degradation / hydrolysis product
機能・相同性CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / S-Thalidomide / Chem-JO5 / Chem-JO8 / PHOSPHATE ION / Cereblon isoform 4
機能・相同性情報
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Heim, C. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: De-Novo Design of Cereblon (CRBN) Effectors Guided by Natural Hydrolysis Products of Thalidomide Derivatives.
著者: Heim, C. / Pliatsika, D. / Mousavizadeh, F. / Bar, K. / Hernandez Alvarez, B. / Giannis, A. / Hartmann, M.D.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cereblon isoform 4
B: Cereblon isoform 4
C: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,45714
ポリマ－41,1113
非ポリマー1,34711
水3,315184
1
A: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1585
ポリマ－13,7041
非ポリマー4544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1775
ポリマ－13,7041
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1234
ポリマ－13,7041
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.952, 59.583, 89.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA19 - 12220 - 123
21ALAALABB19 - 12220 - 123
12GLYGLYAA18 - 12219 - 123
22GLYGLYCC18 - 12219 - 123
13ALAALABB19 - 12220 - 123
23ALAALACC19 - 12220 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cereblon isoform 4


分子量: 13703.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0

-
非ポリマー , 7種, 195分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EF2 / S-Thalidomide / (S)-サリドマイド


分子量: 258.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-JO8 / 3-azanyl-2-[[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]carbamoyl]benzoic acid


分子量: 277.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-JO5 / 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]isoindole-1,3-dione


分子量: 259.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4 M Ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.98 Å / Num. obs: 33924 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.34 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.22
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 12.75 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 5368 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V2Y

4v2y


解像度: 1.7→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.264 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22674 1688 5 %RANDOM
Rwork0.18694 ---
obs0.18892 32233 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.033 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.94 Å2-0 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2481 0 78 185 2744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192680
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0621.9363642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0793.0015314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6585329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5922.185119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.83915378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7131519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0652.5531289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0652.5511288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1093.8111609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1083.8131610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4552.8761391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4512.8631387
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8494.192022
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.57429.9672997
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.54329.732976
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A60420.13
12B60420.13
21A58060.14
22C58060.14
31B57040.16
32C57040.16
LS精密化 シェル解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 112 -
Rwork0.334 2293 -
obs--95.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39470.17171.08881.36360.28013.2710.10670.0471-0.14880.045-0.00990.12270.07060.0168-0.09680.01130.0151-0.01510.0657-0.04260.05219.150717.62752.6723
21.5332-0.968-0.18992.0851-0.25421.93470.0491-0.05260.0008-0.0969-0.01670.0117-0.06210.124-0.03240.0642-0.02990.02390.0370.00210.024732.1387.484323.9144
32.18510.75590.66491.3548-0.04441.99360.1146-0.2583-0.2436-0.06960.09570.03130.3096-0.2578-0.21030.0642-0.0582-0.04180.08660.04680.058327.7132-6.365-6.8821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3C18 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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