PDB-6qr9: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qr9

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qr9.cif.gz	176.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qr9.ent.gz	139.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qquC 6qqvC 6qqwC 6qqzC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qqy-d 6qou-d 6qoc-d 6qow-d 6qqx-d 6qqz-d 6qo4-d 6qr4-d 6qom-d 6qr1-d 6qr5-d 6nw7-d 6qox-d 6qr6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.679, 77.179, 87.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JEE / 5-azanyl-3-[1-[[4-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]methyl]indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile 分子量: 412.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₆O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.42→77.18 Å / Num. obs: 20277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.7 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.229 / R_pim(I) all: 0.083 / R_rim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.42-2.55	8.5	1.373	2893	0.676	0.497	1.462	100
7.64-77.18	7.2	0.078	724	0.996	0.029	0.084	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Packing: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 2.42→54.036 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2461	963	4.76 %
R_work	0.1818	-	-
obs	0.1849	20225	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.63 Å² / B_iso mean: 42.1764 Å² / B_iso min: 15.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.42→54.036 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3171	0	62	63	3296
B_iso mean	-	-	41.65	43.48	-
残基数	-	-	-	-	417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3321
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	4546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.4	1189

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.4169-2.5443	0.3233	118	0.2273	2710	2828
2.5443-2.7037	0.2889	125	0.2309	2720	2845
2.7037-2.9125	0.2783	159	0.2078	2710	2869
2.9125-3.2055	0.2352	129	0.1917	2711	2840
3.2055-3.6693	0.263	148	0.175	2740	2888
3.6693-4.6225	0.2201	133	0.1535	2778	2911
4.6225-54.0491	0.2249	151	0.1761	2893	3044

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.078	0.5067	0.913	2.2054	1.0716	2.1951	0.053	-0.4524	0.1574	0.3116	0.0613	-0.0893	0.0028	-0.3069	-0.1559	0.3303	0.0756	0.0401	0.6233	0.0038	0.3566	-32.9116	-10.094	25.2968
2	1.4802	0.111	0.5395	1.0719	0.629	2.415	0.0627	-0.2988	-0.179	0.2112	0.24	0.0441	0.383	-0.0005	-0.2388	0.2474	-0.0236	-0.01	0.3486	0.0699	0.3328	-37.3619	-23.299	9.8956
3	1.7997	0.2861	0.7105	0.8522	-0.0787	1.8985	-0.0043	-0.0831	0.0931	0.1033	0.0264	-0.0451	-0.1604	-0.036	-0.0385	0.2342	0.0204	-0.0026	0.2257	-0.0125	0.2319	-28.3238	-10.1658	11.206
4	3.16	-1.6362	0.6857	0.9906	-0.4705	0.2334	0.1299	-0.5135	0.7333	0.713	-0.1144	0.0157	-0.3559	-0.1758	-0.0805	0.5023	0.0017	0.1877	0.4441	-0.1447	0.3334	-18.0757	-0.3116	26.1377
5	1.4507	0.3602	-0.4939	1.5407	0.0788	1.2419	0.0192	-0.0158	-0.2949	0.355	0.1485	-0.2688	-0.206	0.1807	-0.1375	0.3137	0.0242	-0.0328	0.326	-0.0335	0.3018	1.9595	-4.7814	40.2537
6	1.5446	0.5619	0.013	3.7089	2.5546	3.0969	0.0558	0.0941	-0.173	-0.5142	-0.0313	0.0132	-0.2906	0.05	-0.2361	0.2444	-0.0277	0.0014	0.3326	-0.0371	0.2452	2.5347	-1.9193	24.3291
7	2.2125	-2.0062	-0.683	4.9348	1.5386	2.1751	-0.2079	-0.0755	-0.4276	0.0803	0.198	0.6738	0.5658	-0.2283	0.141	0.4032	-0.0073	-0.0086	0.2774	0.026	0.3893	-19.6276	-22.9564	32.339
8	3.2667	2.12	2.7094	7.3267	3.996	4.1354	-0.1551	-0.5338	-0.0889	0.5014	-0.0104	0.4583	-0.1377	0.0007	-0.0474	0.3959	0.0091	0.0309	0.4364	0.1069	0.2068	-15.7228	-18.4166	43.0332
9	0.2051	0.4832	0.2873	1.2133	0.9662	1.3109	-0.0014	-0.0565	-0.1531	0.3735	0.0293	-0.072	0.4055	0.1492	-0.0201	0.2928	0.0419	-0.0463	0.2199	-0.0043	0.2809	-7.8137	-16.8117	31.9722
10	0.4699	0.7534	0.0828	1.2947	0.4953	1.134	0.0517	-0.0391	-0.0933	0.1789	0.0401	-0.0492	0.2696	0.0596	-0.0151	0.316	0.0466	0.0008	0.276	-0.0293	0.2818	-9.4999	-17.9393	26.674
11	1.4084	0.5511	0.6229	1.0235	-0.8328	1.73	-0.5124	0.0141	-0.0545	-0.1283	0.0701	0.0532	0.6811	0.3722	-0.0788	0.405	0.0846	0.0855	0.2504	-0.0065	0.3225	-20.0217	-23.209	3.3163
12	1.9038	0.3267	-0.0773	0.8792	-0.2845	0.2488	-0.0801	0.3733	-0.2207	-0.3064	0.12	-0.0971	-0.0026	0.0305	-0.0274	0.3092	-0.021	0.021	0.4037	-0.0466	0.2451	-23.1738	-19.0382	-5.1003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 29 )	A	-1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 62 )	A	30 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 155 )	A	63 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 179 )	A	156 - 179
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 180 through 203 )	A	180 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 29 )	B	0 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 30 through 48 )	B	30 - 48
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 49 through 116 )	B	49 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 117 through 155 )	B	117 - 155
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 156 through 184 )	B	156 - 184
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 185 through 231 )	B	185 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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