PDB-6qr1: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qr1

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6qr1.ent.gz	142.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qr1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qr1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6qr1_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	6qr1_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qr1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qquC 6qqvC 6qqwC 6qqzC 6qr0C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qqx-d 6qqz-d 6qqy-d 6nw7-d 6qow-d 6qr3-d 6qo4-d 6qoq-d 6qr9-d 6qou-d 6nw6-d 6qrc-d 6qr8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.432, 77.484, 86.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JFT / 3-azanyl-5-[3-chloranyl-1-(pyridin-3-ylmethyl)indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile 分子量: 348.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₃ClN₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9159 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.67→77.48 Å / Num. obs: 59078 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.98 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 24.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.67-1.76	9.1	0.738	8538	0.847	0.257	0.782	100
5.28-77.48	7.8	0.03	2057	0.999	0.011	0.032	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.67→56.48 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	2936	4.98 %
R_work	0.1797	-	-
obs	0.1809	59003	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.56 Å² / B_iso mean: 35.774 Å² / B_iso min: 20.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.67→56.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3145	0	50	270	3465
B_iso mean	-	-	31.78	44.6	-
残基数	-	-	-	-	414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	4521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	581
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.013	1180

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6686-1.696	0.2523	133	0.2519	2644	2777
1.696-1.7252	0.2699	142	0.2359	2650	2792
1.7252-1.7566	0.2856	138	0.2195	2627	2765
1.7566-1.7904	0.2585	147	0.2125	2634	2781
1.7904-1.8269	0.2429	120	0.1951	2630	2750
1.8269-1.8666	0.2212	126	0.1918	2674	2800
1.8666-1.9101	0.1956	137	0.1814	2646	2783
1.9101-1.9578	0.2229	147	0.177	2609	2756
1.9578-2.0108	0.2241	151	0.1782	2651	2802
2.0108-2.0699	0.243	148	0.1824	2647	2795
2.0699-2.1368	0.2301	125	0.1827	2635	2760
2.1368-2.2131	0.189	148	0.1792	2660	2808
2.2131-2.3017	0.2003	146	0.1718	2640	2786
2.3017-2.4065	0.1782	150	0.1751	2660	2810
2.4065-2.5334	0.2371	122	0.1769	2681	2803
2.5334-2.6921	0.2167	112	0.1896	2711	2823
2.6921-2.8999	0.2421	146	0.1994	2670	2816
2.8999-3.1918	0.2353	149	0.198	2686	2835
3.1918-3.6535	0.1952	159	0.178	2702	2861
3.6535-4.6028	0.1602	140	0.1526	2753	2893
4.6028-56.5119	0.1995	150	0.1782	2857	3007

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6022	-0.0414	-0.0992	0.1313	-0.1649	0.2462	-0.0348	0.6288	-0.0587	-0.5473	-0.1704	0.0539	0.1503	-0.3919	0.0004	0.3672	-0.0184	0.0333	0.4028	0.0095	0.2358	-32.1434	13.3605	-22.3897
2	1.7493	0.1579	-0.0504	0.4508	-0.5472	0.7877	0.0063	0.2069	0.0847	-0.1851	0.1117	-0.0189	-0.1983	-0.1105	-0.0002	0.2679	0.0049	0.0004	0.3023	0.0233	0.2822	-36.1486	18.7953	-14.163
3	0.3178	-0.0862	0.069	0.2103	-0.0574	0.3519	-0.0586	0.1018	-0.0645	-0.0023	0.0488	0.1055	0.0728	-0.2336	-0.0001	0.25	-0.0229	0.0117	0.2732	0.0049	0.2767	-36.9916	10.5471	-8.8203
4	0.7795	0.0146	0.1669	0.0561	-0.1631	0.5136	-0.1513	-0.0465	-0.1647	0.0304	-0.0054	-0.1938	0.3166	0.357	0.0002	0.3064	-0.0041	0.0369	0.2493	-0.029	0.2881	-20.0642	4.2598	-12.6706
5	0.9745	0.0184	0.1404	0.0174	-0.1582	0.8586	-0.1372	0.1478	0.1008	-0.378	0.0937	-0.0658	-0.239	-0.0202	-0.0014	0.2997	-0.0459	0.0012	0.2709	-0.0053	0.2838	-30.4174	14.0608	-11.4858
6	0.9002	-0.4653	-0.2021	0.0395	0.0605	0.0438	-0.0385	-0.1385	0.0817	-0.0642	0.0852	0.0314	0.0827	0.0481	0	0.2558	-0.0196	0.0041	0.2504	-0.015	0.2398	-26.727	12.3207	-6.534
7	0.9069	0.2027	0.3975	0.3944	-0.4215	0.7236	0.1221	0.5602	-0.2478	-0.1013	-0.1893	0.1039	0.1062	-0.0919	-0.001	0.2819	-0.0417	0.0081	0.3105	-0.0618	0.2776	-20.3992	5.3051	-22.9857
8	0.4652	-0.089	0.2139	0.5362	0.2793	0.2606	-0.022	0.0131	0.0424	-0.2743	0.2081	-0.1568	-0.067	0.2105	-0	0.3566	-0.0633	0.0447	0.2855	-0.027	0.2617	2.3912	4.76	-40.8303
9	0.8976	0.2368	-0.5582	0.2353	-0.1532	0.2882	-0.0055	-0.1012	0.1934	0.1568	0.1675	-0.2871	0.1772	0.3216	0.0004	0.2933	0.0396	-0.0683	0.3319	-0.034	0.2564	2.6452	2.1232	-24.3007
10	1.1466	-0.6221	-0.1213	0.7564	-0.3106	0.5465	0.0301	0.2834	0.2467	-0.092	-0.0322	0.5133	-0.2229	-0.3414	-0.0003	0.3979	0.0165	-0.0306	0.3693	0.025	0.319	-18.3775	22.7081	-34.4472
11	0.227	-0.0452	0.0363	0.0895	-0.058	0.032	-0.1771	0.2311	-0.186	0.0086	0.0621	0.3094	0.0001	-0.0407	-0.0003	0.3255	-0.0394	0.0178	0.2919	-0.0239	0.261	-8.7974	3.6197	-40.8394
12	1.156	-0.2887	-0.3049	0.5939	0.3808	1.3465	0.0099	0.072	0.0857	-0.1749	0.021	-0.0758	-0.162	0.0235	-0.0001	0.3093	-0.042	0.0204	0.2207	0.0003	0.2409	-7.8204	20.1291	-29.6328
13	0.084	-0.0574	-0.0113	0.1563	0.098	0.1122	0.0396	-0.1451	-0.0141	-0.2745	0.1386	-0.0246	-0.0326	0.2469	0.0001	0.2993	-0.0944	0.0439	0.2659	-0.0321	0.2686	-0.3629	18.7869	-33.2028
14	0.3921	0.424	-0.3369	0.3678	-0.476	0.403	-0.0182	0.0472	0.1063	0.0137	0.0099	0.0566	0.0089	-0.1559	-0.0001	0.2586	-0.01	0.0002	0.2662	-0.0154	0.2591	-15.8635	17.0802	-22.0297
15	0.0844	0.1067	-0.0132	0.0741	0.0361	0.1343	-0.0114	-0.1798	0.1037	0.1264	-0.1224	-0.1893	-0.3133	0.2024	0.0005	0.3574	0.0005	-0.0424	0.313	0.0046	0.369	-16.4197	25.4896	-7.326
16	0.3851	-0.1798	-0.4654	0.1201	0.1734	0.4994	0.0151	-0.4909	0.3606	0.0621	0.0202	0.1627	0.1436	-0.0149	0.0036	0.2973	0.0194	0.0194	0.3529	-0.0829	0.2928	-33.452	22.4207	6.5558
17	0.3818	0.1493	-0.5965	0.1433	-0.1821	0.3557	-0.1556	-0.4376	0.1268	0.2758	0.242	0.0007	0.0789	-0.0351	0.0001	0.2971	0.0373	-0.0529	0.5624	-0.0936	0.3511	-18.7094	19.6293	5.9435
18	0.152	-0.0299	-0.0957	0.013	-0.0015	0.0379	-0.0706	0.2539	-0.2558	-0.0852	0.0853	-0.2121	0.1987	-0.4499	0.0001	0.3411	-0.0356	-0.031	0.3332	-0.0426	0.4129	-8.1949	9.5783	-1.7612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 62 )	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 83 )	A	63 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 101 through 115 )	A	101 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 141 )	A	116 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 180 )	A	142 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 181 through 203 )	A	181 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 40 )	B	0 - 40
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 41 through 62 )	B	41 - 62
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 63 through 115 )	B	63 - 115
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 116 through 131 )	B	116 - 131
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 132 through 155 )	B	132 - 155
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 156 through 182 )	B	156 - 182
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 204 through 222 )	B	204 - 222
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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