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- PDB-6qce: Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator isoquercetin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qce
タイトルHuman Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator isoquercetin
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
キーワードHYDROLASE / Deacylase / Activator / Quercetin derivative / Allosteric / Isoform-selective
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / ketone biosynthetic process / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / chromosome, subtelomeric region / regulation of lipid catabolic process / positive regulation of protein localization to chromatin ...histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / ketone biosynthetic process / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / chromosome, subtelomeric region / regulation of lipid catabolic process / positive regulation of protein localization to chromatin / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / DNA damage sensor activity / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of D-glucose import across plasma membrane / positive regulation of chondrocyte proliferation / transposable element silencing / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / cardiac muscle cell differentiation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / pericentric heterochromatin formation / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of blood vessel branching / protein localization to site of double-strand break / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / TORC2 complex binding / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of protein secretion / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of gene expression, epigenetic / lncRNA binding / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of telomere maintenance / negative regulation of cellular senescence / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of fat cell differentiation / subtelomeric heterochromatin formation / site of DNA damage / pericentric heterochromatin / regulation of protein localization to plasma membrane / response to UV / nucleosome binding / negative regulation of protein localization to chromatin / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of protein export from nucleus / determination of adult lifespan / circadian regulation of gene expression / positive regulation of insulin secretion / regulation of circadian rhythm / base-excision repair / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / protein destabilization / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / damaged DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #200 / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / Rubrerythrin, domain 2 / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Single Sheet ...Rubrerythrin, domain 2 - #200 / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / Rubrerythrin, domain 2 / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Single Sheet / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / isoquercetin / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者You, W. / Steegborn, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the activation and inhibition of Sirtuin 6 by quercetin and its derivatives.
著者: You, W. / Zheng, W. / Weiss, S. / Chua, K.F. / Steegborn, C.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,55421
ポリマ－67,2632
非ポリマー3,29119
水4,035224
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,44913
ポリマ－33,6321
非ポリマー1,81812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1058
ポリマ－33,6321
非ポリマー1,4737
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.413, 91.413, 144.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-622-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A10 - 298
2113B10 - 298

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.349439, -0.936947, 0.004709), (-0.936948, -0.349455, -0.00311), (0.00456, -0.003326, -0.999984)-0.18962, 0.17448, 61.39918

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 / Regulatory protein SIR2 homolog 6 / SIR2-like protein 6


分子量: 33631.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT6, SIR2L6 / プラスミド: pET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 (DE3) pLysS
参照: UniProt: Q8N6T7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 6種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-HW2 / isoquercetin / クエルセチン3-グルコシド


分子量: 464.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O12
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
PH範囲: 5.7-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.276
11-K, -H, -L20.724
反射解像度: 1.9→45.71 Å / Num. obs: 53635 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 41.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 8592 / CC1/2: 0.378 / Rrim(I) all: 1.63 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MF6

5mf6


解像度: 1.9→43.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18692 2047 3.8 %RANDOM
Rwork0.15164 ---
obs0.15293 51587 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.13 Å2-0 Å2-0 Å2
2---17.13 Å2-0 Å2
3---34.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→43.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 201 224 4785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0134679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0174358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1061.6786373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3891.5910098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0185563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35419.959244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.42515773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5091549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.025082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0240.02975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.474.2822240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4694.2792239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4376.4062795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4376.4092796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8695.0222439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8685.0232440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.147.3063575
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.10351.1244999
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.10251.135000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2625loose positional0.135
1617tight thermal4.440.5
2625loose thermal4.8810
LS精密化 シェル解像度: 1.899→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 157 -
Rwork0.32 3760 -
obs--98.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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