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- PDB-6qav: Crystal structure of ULK2 in complexed with MRT68921 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qav
タイトルCrystal structure of ULK2 in complexed with MRT68921
要素Serine/threonine-protein kinase ULK2
キーワードTRANSFERASE / ULK2 / autophagy / kinase / inhibitor complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collateral sprouting / collateral sprouting / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / axon extension / phagophore assembly site / reticulophagy / response to starvation / autophagosome assembly / autophagosome ...negative regulation of collateral sprouting / collateral sprouting / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / axon extension / phagophore assembly site / reticulophagy / response to starvation / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of autophagy / cytoplasmic vesicle membrane / autophagy / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / : / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / Atg1-like, MIT domain 1 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / : / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / Atg1-like, MIT domain 1 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HVH / Serine/threonine-protein kinase ULK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Conservation of structure, function and inhibitor binding in UNC-51-like kinase 1 and 2 (ULK1/2).
著者: Chaikuad, A. / Koschade, S.E. / Stolz, A. / Zivkovic, K. / Pohl, C. / Shaid, S. / Ren, H. / Lambert, L.J. / Cosford, N.D.P. / Brandts, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase ULK2
B: Serine/threonine-protein kinase ULK2
C: Serine/threonine-protein kinase ULK2
D: Serine/threonine-protein kinase ULK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,94726
ポリマ－127,0714
非ポリマー2,87722
水6,431357
1
A: Serine/threonine-protein kinase ULK2
B: Serine/threonine-protein kinase ULK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,01614
ポリマ－63,5352
非ポリマー1,48112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
2
C: Serine/threonine-protein kinase ULK2
D: Serine/threonine-protein kinase ULK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,93112
ポリマ－63,5352
非ポリマー1,39610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.648, 69.050, 107.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA0 - 2724 - 276
21SERSERGLUGLUBB0 - 2724 - 276
12METMETLEULEUAA1 - 2715 - 275
22METMETLEULEUCC1 - 2715 - 275
13METMETGLUGLUAA1 - 2725 - 276
23METMETGLUGLUDD1 - 2725 - 276
14METMETGLNGLNBB1 - 2735 - 277
24METMETGLNGLNCC1 - 2735 - 277
15METMETGLUGLUBB1 - 2725 - 276
25METMETGLUGLUDD1 - 2725 - 276
16METMETGLUGLUCC1 - 2725 - 276
26METMETGLUGLUDD1 - 2725 - 276

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase ULK2 / Unc-51-like kinase 2


分子量: 31767.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK2, KIAA0623 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2
参照: UniProt: Q8IYT8, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 379分子

#2: 化合物
ChemComp-HVH / ~{N}-[3-[[5-cyclopropyl-2-[(2-methyl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-6-yl)amino]pyrimidin-4-yl]amino]propyl]cyclobutanecarboxamide


分子量: 434.577 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N6O
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 37.5% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate, pH 5.9, 0.15 M MgCl2, 0.1 M bis-tris, pH 5.5, 5% glycerol
PH範囲: 5.5-5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→57.97 Å / Num. obs: 68365 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6706 / CC1/2: 0.842 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WNO

4wno


解像度: 2.05→57.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 12.057 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.181 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23085 3331 4.9 %RANDOM
Rwork0.19518 ---
obs0.19696 65014 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å2-0.38 Å2
2--2.79 Å20 Å2
3----1.88 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.292 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→57.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8578 0 201 357 9136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0149050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.64512182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9051.66819539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88351087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.75921.929477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.276151616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8771561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8512.2924320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8512.2914311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1043.4255391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1043.4255392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9822.5614730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9822.5614730
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1923.7176764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.56926.4159812
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.56926.429813
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A81400.1
12B81400.1
21A81750.11
22C81750.11
31A77510.1
32D77510.1
41B82670.11
42C82670.11
51B76170.11
52D76170.11
61C76840.11
62D76840.11
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 238 -
Rwork0.3 4818 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7395-0.4106-0.19120.18990.11150.5155-0.0289-0.0127-0.1319-0.0299-0.01370.016-0.0788-0.16560.04260.24770.00760.05150.2153-0.00320.0887-99.9723-8.3988-55.6092
22.97260.82-1.38260.61230.46773.14190.1443-0.9197-0.0595-0.1103-0.0632-0.0624-0.18990.6666-0.08120.2374-0.05680.03660.56360.0260.0125-97.6586-3.2349-33.8583
31.2531-0.60670.12420.45810.19390.61380.0805-0.0114-0.00750.0063-0.05260.01090.061-0.0061-0.02790.2837-0.00080.01780.1680.00330.0914-68.8148-16.3554-58.0287
42.8573-0.1335-0.17350.64290.7682.9351-0.117-0.4344-0.02240.17030.07790.06820.2129-0.26110.03910.36430.0029-0.00050.27010.02750.0098-66.7696-20.8106-36.1199
50.9993-0.02490.08980.398-0.33421.251-0.01830.10720.01080.11130.0149-0.1241-0.0625-0.05310.00340.19670.01510.02990.24730.02180.1189-101.9783-10.07637.6467
61.1733-0.04330.61141.7392-0.48222.04410.02820.4467-0.0506-0.1055-0.0091-0.15730.12120.0491-0.01920.1278-0.00670.05170.45270.03180.0448-104.6579-10.1229-14.3666
73.5028-0.86710.32330.2692-0.19510.791-0.19040.0807-0.04210.0990.04470.0049-0.06160.08930.14580.20880.03960.01380.2014-0.00220.1414-70.2389-18.22684.9297
85.6407-0.62361.66682.1603-1.00132.63130.07311.64280.35460.0014-0.33340.2411-0.23210.75380.26030.1882-0.0381-0.04240.78830.10040.1193-68.17-16.887-17.3724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2A188 - 272
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4B188 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6C188 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8D189 - 272

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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