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万見
- PDB-6q2t: Human sterol 14a-demethylase (CYP51) in complex with the function... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q2t
タイトルHuman sterol 14a-demethylase (CYP51) in complex with the functionally irreversible inhibitor (R)-N-(1-(3-chloro-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-4-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-(3-fluoro-5-(5-fluoropyrimidin-4-yl)phenyl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide
要素Lanosterol 14-alpha demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / monooxygenase / sterol biosynthesis / cytochrome P450 / structure-based drug design / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol biosynthetic process via 24,25-dihydrolanosterol / sterol 14-demethylase activity / sterol 14alpha-demethylase / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol metabolic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / steroid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cholesterol biosynthetic process ...cholesterol biosynthetic process via 24,25-dihydrolanosterol / sterol 14-demethylase activity / sterol 14alpha-demethylase / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol metabolic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / steroid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of protein secretion / Endogenous sterols / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of protein catabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-PJM / Lanosterol 14-alpha demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Friggeri, L. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Lepesheva, G.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01067871 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Validation of Human Sterol 14 alpha-Demethylase (CYP51) Druggability: Structure-Guided Design, Synthesis, and Evaluation of Stoichiometric, Functionally Irreversible Inhibitors.
著者: Friggeri, L. / Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Guengerich, F.P. / Lepesheva, G.I.
履歴
登録2019年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
B: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,51315
ポリマ－102,1052
非ポリマー6,40813
水52229
1
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,16612
ポリマ－51,0531
非ポリマー5,11311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3473
ポリマ－51,0531
非ポリマー1,2952
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.664, 117.664, 157.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Lanosterol 14-alpha demethylase / LDM / CYPLI / Cytochrome P450 51A1 / Cytochrome P450-14DM / Cytochrome P45014DM / Cytochrome P450LI ...LDM / CYPLI / Cytochrome P450 51A1 / Cytochrome P450-14DM / Cytochrome P45014DM / Cytochrome P450LI / Sterol 14-alpha demethylase


分子量: 51052.539 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 61-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP51A1, CYP51 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174
参照: UniProt: Q16850, sterol 14alpha-demethylase, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PJM / N-[(1R)-1-(3-chloro-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl]-4-{5-[3-fluoro-5-(5-fluoropyrimidin-4-yl)phenyl]-1,3,4-oxadiazol-2-yl}benzamide


分子量: 678.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H23ClF3N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DXC / (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / DEOXYCHOLIC ACID


分子量: 392.572 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15 mM sodium cholate, 8% PEG3350, 0.2 M potassium formate, pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月19日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→94.35 Å / Num. obs: 26405 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.996 / Num. unique obs: 1871 / CC1/2: 0.853 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4UHI

4uhi


解像度: 2.8→28.098 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 23.112 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 1258 4.785 %
Rwork0.2268 --
all0.228 --
obs-26289 99.561 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.581 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.581 Å2-0 Å2
3----3.162 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7172 0 457 29 7658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0147871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0187284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1661.74110757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1341.67616933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1655887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.61121.744390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.007151280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0191550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.2320.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.21933
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2580.27508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.23861
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.23133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0830.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2980.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3510.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.34810.0683554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.34210.0673553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.12915.094439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.12915.0924440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.92310.4144316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.92210.4134317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.79215.3666318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.79115.3656319
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.389117.9919179
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other15.388117.9859180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.8730.387770.3741871X-RAY DIFFRACTION99.9487
2.873-2.9520.365840.3751811X-RAY DIFFRACTION99.8946
2.952-3.0370.38830.3551737X-RAY DIFFRACTION99.8902
3.037-3.130.392940.3411695X-RAY DIFFRACTION99.9441
3.13-3.2330.323790.3221657X-RAY DIFFRACTION99.9424
3.233-3.3460.345720.2971604X-RAY DIFFRACTION99.9404
3.346-3.4720.328680.2771586X-RAY DIFFRACTION99.819
3.472-3.6140.32550.2621481X-RAY DIFFRACTION99.7403
3.614-3.7740.314840.2631381X-RAY DIFFRACTION99.6599
3.774-3.9580.306840.2451387X-RAY DIFFRACTION99.6612
3.958-4.1720.24920.2241238X-RAY DIFFRACTION99.5509
4.172-4.4250.219740.211213X-RAY DIFFRACTION99.536
4.425-4.7290.258610.1881147X-RAY DIFFRACTION99.67
4.729-5.1070.264400.1951087X-RAY DIFFRACTION99.4704
5.107-5.5930.237650.193978X-RAY DIFFRACTION99.618
5.593-6.2510.23450.204887X-RAY DIFFRACTION99.3603
6.251-7.2120.176370.194802X-RAY DIFFRACTION99.1726
7.212-8.820.128390.156675X-RAY DIFFRACTION99.1667
8.82-12.420.165180.143521X-RAY DIFFRACTION98.7179
12.42-280.2970.231273X-RAY DIFFRACTION87.7743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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