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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q1p | ||||||
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タイトル | Glucocerebrosidase in complex with pharmacological chaperone norIMX8 | ||||||
![]() | Glucosylceramidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / pharmacological chaperone / Gaucher disease / glycosidase / inhibitor / pKa / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / sphingosine biosynthetic process / regulation of TOR signaling / glucosyltransferase activity / ceramide biosynthetic process / lipid storage / microglia differentiation / response to thyroid hormone / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to testosterone / glycosyltransferase activity / response to dexamethasone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / negative regulation of interleukin-6 production / antigen processing and presentation / cell maturation / homeostasis of number of cells / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / establishment of skin barrier / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / : / negative regulation of MAP kinase activity / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / determination of adult lifespan / negative regulation of inflammatory response / trans-Golgi network / autophagy / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / lysosomal membrane / signaling receptor binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vickers, C. / Withers, S.G. / Boraston, A.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Pharmacological chaperones for GCase that switch conformation with pH enhance enzyme levels in Gaucher animal models. 著者: Santana, A.G. / Robinson, K. / Vickers, C. / Chen, H. / Zhou, S. / Boraston, A.B. / Clarke, L.A. / Withers, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 173.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B2R6A7, UniProt: P04062*PLUS, glucosylceramidase |
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-糖 , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 179分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/P8Y.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/P8Y.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis Tris (pH 4.9) containing 0.1 M CsCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.796→50 Å / Num. obs: 36172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 48.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 4.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.66 Å2 / Biso mean: 43.8092 Å2 / Biso min: 17.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.796→33.993 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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