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- PDB-6pwh: Cystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni co-crystall... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pwh
タイトルCystal structure of Myotoxin II from Bothrops moojeni co-crystallized with Varespladib (LY315920)
要素Basic phospholipase A2 homolog 2
キーワードTOXIN / Myotoxin II / MjTX-II / Lys49-PLA2 / Varespladib
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / defense response to fungus / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium ...calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / defense response to fungus / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VRD / Basic phospholipase A2 homolog myotoxin II
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops moojeni (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.749 Å
データ登録者Salvador, G.H.M. / Fontes, M.R.M.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/24167-7 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural basis for phospholipase A2-like toxin inhibition by the synthetic compound Varespladib (LY315920).
著者: Salvador, G.H.M. / Gomes, A.A.S. / Bryan-Quiros, W. / Fernandez, J. / Lewin, M.R. / Gutierrez, J.M. / Lomonte, B. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic phospholipase A2 homolog 2
B: Basic phospholipase A2 homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7416
ポリマ－27,8242
非ポリマー9174
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.864, 37.189, 68.681
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog 2 / svPLA2 homolog / M-VI / MjTX-II / Myotoxin II


分子量: 13912.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 組織: Venom Gland / 参照: UniProt: Q9I834
#2: 化合物 ChemComp-VRD / ({3-[amino(oxo)acetyl]-1-benzyl-2-ethyl-1H-indol-4-yl}oxy)acetic acid / Varespladib / バレスプラジブ


分子量: 380.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% v/w PEG4000, 0.1M Tris HCl, 0.2M Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.749→40 Å / Num. obs: 25514 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 34.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.813.80.42224400.9320.2380.4870.94894.9
1.81-1.894.40.31325400.9520.1650.3560.99898.2
1.89-1.974.70.25825060.9670.1320.2911.05498.4
1.97-2.074.60.17125360.9780.090.1941.05599.1
2.07-2.24.50.12525700.9850.0670.1421.07299.2
2.2-2.384.10.10225470.9890.0570.1181.04899.5
2.38-2.614.60.08725740.9920.0460.0981.04599.8
2.61-2.994.70.08125850.9930.0420.0911.01699.9
2.99-3.774.40.07225830.9920.0390.0831.01299.2
3.77-404.10.06226330.9940.0340.0710.99497.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.75 Å33.44 Å
Translation1.75 Å33.44 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.8.4データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KF3

4kf3


解像度: 1.749→33.438 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 1254 4.92 %
Rwork0.2122 --
obs0.2132 25477 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.87 Å2 / Biso mean: 57.037 Å2 / Biso min: 23.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.749→33.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1879 0 64 93 2036
Biso mean--48.75 51.83 -
残基数----244
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7493-1.81930.29171340.2906256595
1.8193-1.90210.30061350.2645267198
1.9021-2.00240.29871390.2686266599
2.0024-2.12780.26041400.2491266799
2.1278-2.29210.24311420.2392273299
2.2921-2.52260.23061400.23062698100
2.5226-2.88750.30721450.22592740100
2.8875-3.63720.2451380.2051271299
3.6372-33.4380.18421410.1874277398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.00891.424-0.69434.7295-1.58714.0006-0.04880.3223-0.09490.07280.0154-0.577-0.1686-0.0388-0.03270.27180.03390.00330.2184-0.0550.204-4.9467-3.261475.7691
24.7051-0.63094.30384.7316-4.48297.37020.05641.61920.669-0.2131-0.0703-0.5551-0.25340.91970.00770.5016-0.04530.23020.75480.10490.89239.35941.966767.305
38.02040.90090.06092.8729-2.41833.60890.2216-0.3599-0.63460.1925-0.2586-0.6509-0.06130.16020.04460.30750.00680.0050.2191-0.04520.3402-4.5655-6.888279.5783
48.50660.4459-0.28584.35590.13714.17540.05260.69670.0782-0.0868-0.09560.3991-0.18-0.36190.03370.2881-0.0095-0.02960.59670.10260.3754-29.249-5.588177.63
56.56681.85242.99413.5311.18821.40060.8089-3.57610.1221.26690.0063-0.0058-0.2479-0.002-0.04250.7144-0.1780.09091.528-0.43230.4739-37.82-0.991589.9358
69.29730.382-0.94681.2735-1.58844.06040.27221.30050.4191-0.27850.01380.4653-0.1029-0.5906-0.30060.3385-0.0107-0.02340.7517-0.01420.4434-29.8594-4.810974.4746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 74 )A1 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 88 )A75 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 133 )A89 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 57 )B1 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 58 through 88 )B58 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 89 through 133 )B89 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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