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- PDB-6pht: Crystal structure of Marinobacter subterrani acetylpolyamine amid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pht
タイトルCrystal structure of Marinobacter subterrani acetylpolyamine amidohydrolase (msAPAH) complexed with 5-[(3-aminopropyl)amino]pentylboronic acid
要素Acetylpolyamine amidohydrolase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / acetylpolyamine amidohydrolase / polyamine deacetylase / hydrolase / hydrolase inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / {5-[(3-aminopropyl)amino]pentyl}boronic acid / Acetoin utilization deacetylase AcuC
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter subterrani (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Osko, J.D. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM49758 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structure and Function of the Acetylpolyamine Amidohydrolase from the Deep Earth HalophileMarinobacter subterrani.
著者: Osko, J.D. / Roose, B.W. / Shinsky, S.A. / Christianson, D.W.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylpolyamine amidohydrolase
B: Acetylpolyamine amidohydrolase
C: Acetylpolyamine amidohydrolase
D: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,37025
ポリマ－151,9224
非ポリマー1,44821
水10,755597
1
A: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子

C: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,69713
ポリマ－75,9612
非ポリマー73611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area5660 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
2
B: Acetylpolyamine amidohydrolase
D: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,67312
ポリマ－75,9612
非ポリマー71210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.630, 163.480, 65.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Acetylpolyamine amidohydrolase


分子量: 37980.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinobacter subterrani (バクテリア)
遺伝子: Msub_13096 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J7JFD7

-
非ポリマー , 5種, 618分子

#2: 化合物
ChemComp-OKP / {5-[(3-aminopropyl)amino]pentyl}boronic acid


分子量: 188.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H21BN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mg/ml msAPAH protein, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 25% w/v PEG 3350, 1:1 ratio protein to precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→65.44 Å / Num. obs: 125734 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 12518 / Rpim(I) all: 0.312

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB: 4ZUM

4zum


解像度: 1.8→65.44 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 6545 5.21 %
Rwork0.1935 --
obs0.1952 125734 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→65.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10571 0 69 597 11237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89114795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0647523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.28142130.22814035X-RAY DIFFRACTION99
1.8205-1.84190.27371920.23263903X-RAY DIFFRACTION98
1.8419-1.86430.27922230.22493952X-RAY DIFFRACTION98
1.8643-1.88790.2932210.21933922X-RAY DIFFRACTION97
1.8879-1.91280.28722440.21743805X-RAY DIFFRACTION96
1.9128-1.9390.26342280.21153856X-RAY DIFFRACTION95
1.939-1.96670.27191840.20933654X-RAY DIFFRACTION92
1.9667-1.9960.25852200.2083757X-RAY DIFFRACTION94
1.996-2.02720.25081850.20444004X-RAY DIFFRACTION99
2.0272-2.06050.2492210.20544053X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.0960.23972080.19254048X-RAY DIFFRACTION100
2.096-2.13410.23242140.19453990X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.17520.23192180.19334015X-RAY DIFFRACTION100
2.1752-2.21960.20612530.18983948X-RAY DIFFRACTION100
2.2196-2.26780.24922230.1954053X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.32060.24242310.19313968X-RAY DIFFRACTION100
2.3206-2.37860.23762190.19524021X-RAY DIFFRACTION100
2.3786-2.4430.2282550.19523997X-RAY DIFFRACTION100
2.443-2.51480.21172400.18664006X-RAY DIFFRACTION100
2.5148-2.5960.23382210.18983988X-RAY DIFFRACTION100
2.596-2.68880.23342340.19364019X-RAY DIFFRACTION100
2.6888-2.79650.23762500.19693974X-RAY DIFFRACTION100
2.7965-2.92370.21812170.20354019X-RAY DIFFRACTION100
2.9237-3.07790.23421710.2024048X-RAY DIFFRACTION99
3.0779-3.27070.21671910.20784086X-RAY DIFFRACTION100
3.2707-3.52320.2112140.19993934X-RAY DIFFRACTION98
3.5232-3.87770.22522150.193967X-RAY DIFFRACTION97
3.8777-4.43880.17492240.16214013X-RAY DIFFRACTION100
4.4388-5.59190.1552140.16134042X-RAY DIFFRACTION100
5.5919-65.4860.20282020.16964112X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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