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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oz6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MraY bound to 3'-hydroxymureidomycin A | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN/TRANSFERASE / peptidoglycan biosynthesis / antibiotic target / integral membrane enzyme / translocase / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-TRANSFERASE complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division ...phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mashalidis, E.H. / Lee, S.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Chemical logic of MraY inhibition by antibacterial nucleoside natural products. 著者: Mashalidis, E.H. / Kaeser, B. / Terasawa, Y. / Katsuyama, A. / Kwon, D.Y. / Lee, K. / Hong, J. / Ichikawa, S. / Lee, S.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 613.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 511.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 15057.651 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 40954.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: VF5 / 遺伝子: mraY, aq_053 / Variant: VF5 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O66465, phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.88 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 20% polyethylene glycol, 0.2 M ammonium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.7→73.717 Å / Num. obs: 31974 / % possible obs: 91.15 % / 冗長度: 15.4 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 3.55 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.832 Å / Num. unique obs: 2414 / CC1/2: 0.664 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CKR 解像度: 3.7→73.717 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.78
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.7→73.717 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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