PDB-6ott: Structure of PurF in complex with ppApp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ott

タイトル

Structure of PurF in complex with ppApp

要素

Amidophosphoribosyltransferase, PurF

キーワード

cytosolic protein / transferase / complex with ppApp

機能・相同性

機能・相同性情報

amidophosphoribosyltransferase / amidophosphoribosyltransferase activity / purine nucleobase biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / glutamine metabolic process / glycosyltransferase activity / magnesium ion binding / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Grant, R.A. / Wang, B. / Laub, M.T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: An interbacterial toxin inhibits target cell growth by synthesizing (p)ppApp.
著者: Ahmad, S. / Wang, B. / Walker, M.D. / Tran, H.R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. / Grant, R.A. / McArthur, A.G. / Laub, M.T. / Whitney, J.C.

履歴

登録	2019年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6ott.ent.gz	483.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ott_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ott_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ott_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	6ott_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6ott ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/6ott	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ox6C 6czf C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6czf-d 1ecg-1 1ecj-d 1ecf-1 10890 1ecc-1 5t5v-d 3cc1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (4)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Amidophosphoribosyltransferase, PurF

B: Amidophosphoribosyltransferase, PurF

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amidophosphoribosyltransferase, PurF

B: Amidophosphoribosyltransferase, PurF

ヘテロ分子

A: Amidophosphoribosyltransferase, PurF

B: Amidophosphoribosyltransferase, PurF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
228 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.230, 156.830, 107.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
1	2	chain A
2	2	chain B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	1 - 496
2	2	1	chain B	B	1 - 496
1	1	2	chain C	A - C	501 - 502
2	2	2	chain D	B - D	501 - 502

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Amidophosphoribosyltransferase, PurF / ATase / Glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase / GPATase 分子量: 56422.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: purF, b2312, JW2309 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG16, amidophosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-N7Y / adenosine 3',5'-bis(trihydrogen diphosphate) / アデノシン3′,5′-ビス(二りん酸) 分子量: 587.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₅O₁₆P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Well buffer: 0.1 M HEPES 7.5, 22% PEG-3350, 4% isopropanol Protein: PurF (25mg/mL) with 5 mM ppApp and 10 mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→47.607 Å / Num. obs: 32044 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.812 % / B_iso Wilson estimate: 74.425 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 8.98 / Num. measured all: 186253

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.62	6.182	1.27	1.01	14491	2345	2344	0.523	1.388	100
2.62-2.69	6.135	1.083	1.22	13982	2279	2279	0.64	1.184	100
2.69-2.77	5.969	0.906	1.59	13286	2228	2226	0.658	0.994	99.9
2.77-2.85	5.731	0.758	1.97	12345	2159	2154	0.778	0.835	99.8
2.85-2.94	5.42	0.65	2.42	11311	2087	2087	0.823	0.721	100
2.94-3.05	6.146	0.494	3.49	12501	2034	2034	0.916	0.541	100
3.05-3.16	6.08	0.362	4.92	11886	1956	1955	0.949	0.397	99.9
3.16-3.29	6.011	0.272	6.23	11354	1890	1889	0.973	0.298	99.9
3.29-3.44	5.857	0.202	8.18	10602	1811	1810	0.986	0.222	99.9
3.44-3.61	5.78	0.153	10.25	10092	1749	1746	0.989	0.169	99.8
3.61-3.8	5.712	0.137	11.3	9413	1649	1648	0.991	0.151	99.9
3.8-4.03	5.417	0.107	13.68	8596	1589	1587	0.993	0.119	99.9
4.03-4.31	4.844	0.092	15.4	6971	1457	1439	0.992	0.104	98.8
4.31-4.66	5.756	0.08	19.54	8081	1404	1404	0.994	0.087	100
4.66-5.1	5.95	0.072	20.49	7556	1271	1270	0.996	0.079	99.9
5.1-5.7	5.935	0.075	20.27	6831	1152	1151	0.995	0.083	99.9
5.7-6.58	5.812	0.068	19.99	6050	1042	1041	0.997	0.075	99.9
6.58-8.06	5.429	0.058	21.82	4750	878	875	0.997	0.064	99.7
8.06-11.4	5.602	0.041	26.34	3899	698	696	0.999	0.045	99.7
11.4-47.607	5.516	0.045	27.11	2256	416	409	0.997	0.05	98.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.35 Å	47.61 Å
Translation	5.35 Å	47.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→47.607 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2614	1995	6.23 %
R_work	0.2228	30028	-
obs	0.2252	32023	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 291 Å² / B_iso mean: 92.1599 Å² / B_iso min: 47.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→47.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7798	0	94	0	7892
B_iso mean	-	-	66.62	-	-
残基数	-	-	-	-	992

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4873	X-RAY DIFFRACTION	4.087	TORSIONAL
1	2	B	4873	X-RAY DIFFRACTION	4.087	TORSIONAL
2	1	A	50	X-RAY DIFFRACTION	4.087	TORSIONAL
2	2	B	50	X-RAY DIFFRACTION	4.087	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5501-2.6138	0.4104	140	0.3715	2116	2256	100
2.6138-2.6845	0.4142	141	0.3534	2127	2268	100
2.6845-2.7635	0.353	140	0.3409	2107	2247	100
2.7635-2.8527	0.3513	141	0.3347	2123	2264	100
2.8527-2.9546	0.3612	142	0.3178	2139	2281	100
2.9546-3.0729	0.4173	139	0.3125	2113	2252	100
3.0729-3.2127	0.3682	142	0.31	2125	2267	100
3.2127-3.3821	0.3515	142	0.3014	2131	2273	100
3.3821-3.5939	0.2723	143	0.2489	2146	2289	100
3.5939-3.8713	0.254	142	0.2347	2137	2279	100
3.8713-4.2606	0.2176	144	0.2021	2143	2287	99
4.2606-4.8766	0.1963	143	0.161	2162	2305	100
4.8766-6.1419	0.2562	144	0.1911	2177	2321	100
6.1419-47.6148	0.1999	152	0.1675	2282	2434	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7683	0.01	0.7719	1.7067	-0.0406	0.8269	-0.0864	0.0059	0.1278	-0.2451	0.2561	-0.1462	-0.43	-0.082	-0	0.5476	0.008	-0.0351	0.648	0.0023	0.6891	44.0041	25.1768	-24.8284
2	2.1971	-0.7797	-0.5183	1.7947	-0.0126	1.1202	-0.1019	-0.0275	-0.2035	0.0103	0.0015	-0.0138	0.0845	-0.1968	-0	0.5549	-0.0243	-0.0119	0.6127	0.0113	0.6619	43.2623	10.073	-19.0862
3	0.3326	-0.3328	-0.3819	2.5003	1.4499	1.7427	0.007	-0.134	-0.0144	0.1675	-0.0546	0.1576	-0.0464	-0.436	0	0.6242	0.0579	0.0686	0.7984	0.0434	0.7331	32.5192	29.4368	4.7103
4	0.6731	-0.368	0.292	0.803	-0.0241	0.7986	-0.0557	0.0339	0.544	0.282	0.3255	-0.6424	-0.3972	0.379	-0	0.9562	0.0308	0.0204	0.9373	-0.1011	0.9334	48.4568	43.3587	4.3017
5	0.9349	-0.6165	-0.104	2.5419	0.7568	2.3708	-0.1464	-0.0324	-0.0689	0.2768	0.2014	-0.1821	0.0317	0.1275	-0	0.7368	0.0185	0.0405	0.7796	0.0322	0.6999	42.8958	24.2837	10.0925
6	0.2047	0.2005	-0.0899	0.0674	-0.1042	-0.016	0.2105	0.7554	-0.7848	0.6746	-0.1524	-0.6276	-1.0989	0.6255	-0.0002	1.3424	-0.2184	-0.1506	1.5161	0.0856	1.4962	62.9904	22.129	-5.5282
7	0.664	0.323	0.0384	1.8025	-0.2987	1.8132	-0.4767	0.0604	-0.4372	-0.3805	0.3278	-0.3267	-0.371	0.0285	0	0.8855	-0.0687	0.058	0.6805	-0.0587	0.7942	54.2259	53.8398	-13.2337
8	2.629	0.1845	-0.1357	2.9843	-1.1146	2.8811	0.2137	-0.055	0.2695	-0.2757	-0.0071	0.0337	-0.8422	-0.1921	-0	1.325	0.0721	0.1425	0.6012	-0.0453	0.7045	49.2431	70.1706	-19.2352
9	1.8117	1.3453	-0.3195	1.6396	0.2853	1.2149	0.2735	-0.2454	0.1638	0.2014	-0.1369	0.1722	-0.6391	-0.1996	0	0.9892	0.1659	0.0755	0.8163	-0.0207	0.669	36.2367	59.4257	-2.321
10	1.4888	-0.357	-0.0293	1.4596	-0.4678	0.7431	0.0568	0.371	0.1629	-0.2702	0.0062	0.0291	0.1901	-0.347	-0	0.7444	0.0609	-0.0073	0.9204	-0.0148	0.8074	26.112	35.2315	-13.5075
11	1.0631	-0.2348	0.6851	1.4382	-0.49	1.9617	-0.0653	0.2026	0.108	-0.2248	0.2285	0.2727	-0.678	-0.6103	0	0.8226	0.2786	0.0531	1.0261	-0.009	0.8421	19.7554	53.841	-14.4651
12	0.0232	0.0671	0.0422	0.1627	0.134	-0.0938	0.2793	0.4711	-0.9571	-0.5471	-0.1506	1.1054	-0.1068	1.4699	0.0002	1.5562	0.4069	-0.347	1.664	-0.1902	1.5264	36.8973	56.7545	-33.6944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 62 )	A	1 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 242 )	A	63 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 243 through 331 )	A	243 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 332 through 372 )	A	332 - 372
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 373 through 471 )	A	373 - 471
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 472 through 496 )	A	472 - 496
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 60 )	B	1 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 61 through 182 )	B	61 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 183 through 305 )	B	183 - 305
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 306 through 361 )	B	306 - 361
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 362 through 471 )	B	362 - 471
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 472 through 496 )	B	472 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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