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- PDB-6ol2: Crystallography of novel WNK1 and WNK3 inhibitors discovered from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ol2
タイトルCrystallography of novel WNK1 and WNK3 inhibitors discovered from high-throughput-screening
要素Serine/threonine-protein kinase WNK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / monoatomic cation homeostasis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / lymphocyte migration into lymph node / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / negative regulation of sodium ion transport / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of mitotic cytokinesis ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / monoatomic cation homeostasis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / lymphocyte migration into lymph node / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / negative regulation of sodium ion transport / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of mitotic cytokinesis / intracellular membraneless organelle / monoatomic ion homeostasis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / intracellular chloride ion homeostasis / regulation of mRNA export from nucleus / negative regulation of kinase activity / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of sodium ion transmembrane transport / potassium ion homeostasis / cellular response to chemokine / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / membraneless organelle assembly / cellular hyperosmotic response / cell volume homeostasis / potassium channel inhibitor activity / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / regulation of sodium ion transport / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of protein localization to plasma membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / protein kinase activator activity / monoatomic ion transport / phosphatase binding / negative regulation of protein ubiquitination / cellular response to calcium ion / negative regulation of autophagy / sodium ion transmembrane transport / molecular condensate scaffold activity / mitotic spindle / regulation of blood pressure / modulation of chemical synaptic transmission / GABA-ergic synapse / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / heart development / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein autophosphorylation / protein kinase activity / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / WNK CCTL2 domain / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / : / WNK CCTL2 domain / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-MU7 / Serine/threonine-protein kinase WNK1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chlebowicz, J. / Akella, R. / Sekulski, K. / Humphreys, J.M. / Durbacz, M.Z. / He, H. / Rodan, A. / Posner, B. / Goldsmith, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association16SA285300002 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallography of novel WNK1 and WNK3 inhibitors discovered from high throughput screening
著者: Chlebowicz, J. / Akella, R. / Sekulski, K. / Humphreys, J.M. / Durbacz, M.Z. / He, H. / Rodan, A. / Posner, B. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5059
ポリマ－33,4811
非ポリマー1,0248
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.925, 60.204, 65.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1


分子量: 33481.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 194-483 / 変異: S382A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Wnk1, Hsn2, Prkwnk1 / プラスミド: pHis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9JIH7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MU7 / N-[2-(5,8-dimethoxy-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)ethyl]-2-iodobenzamide


分子量: 478.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19IN2O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 % / 解説: Plates
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 18499 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 600 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5DRB

5drb


解像度: 2.1→34.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 11.202 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26754 811 5 %RANDOM
Rwork0.20209 ---
obs0.20528 15346 90.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.844 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.09 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→34.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 63 198 2497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0122336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5811.6623132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6735278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.04321.88117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.51415437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.5981516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4831.6781119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7272.481392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.52.1611217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.14823.9053703
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 45 -
Rwork0.204 953 -
obs--75.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.5044 Å / Origin y: -0.448 Å / Origin z: 15.9866 Å
111213212223313233
T0.0826 Å20.0035 Å20.0059 Å2-0.1193 Å20.0083 Å2--0.0068 Å2
L0.4507 °20.0019 °2-0.259 °2-0.419 °2-0.3259 °2--0.7639 °2
S0.0082 Å °0.1991 Å °-0.0123 Å °0.1059 Å °-0.0745 Å °-0.0264 Å °0.0532 Å °0.0076 Å °0.0663 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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