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- PDB-6oe3: Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oe3 | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ635), a Non-nucleoside Inhibitor | ||||||||||||
![]() | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / NNRTIs / HIV-1 / drug design | ||||||||||||
Function / homology | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / structural molecule activity / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Bertoletti, N. / Kudalkar, S.N. / Anderson, K.S. / Cisneros Trigo, J.A. / Jorgensen, W.L. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and pharmacological evaluation of a novel non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor as a promising long acting nanoformulation for treating HIV. Authors: Kudalkar, S.N. / Ullah, I. / Bertoletti, N. / Mandl, H.K. / Cisneros, J.A. / Beloor, J. / Chan, A.H. / Quijano, E. / Saltzman, W.M. / Jorgensen, W.L. / Kumar, P. / Anderson, K.S. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 400.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 327.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5tw3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 63989.238 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K172A, K173A, C280S, C258Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: gag-pol / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
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#2: Protein | Mass: 50039.488 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: gag-pol / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 16 molecules ![](data/chem/img/M9A.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-M9A / |
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#4: Chemical | ChemComp-MG / |
#5: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.4 % / Description: thin plate |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 50 mM MES pH 6.0, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 34181 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.07 Å / Redundancy: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5280 / CC1/2: 0.63 / Rsym value: 1.098 / % possible all: 94.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TW3 Resolution: 2.9→43.171 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.4
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→43.171 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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